これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2次元の川系における魚の移動の個体ベースモデリング

Marcía N. Snyder;...;Druscilla Keenan (2019.3, Landscape Ecology)[Individual based modeling of fish migration in a 2-D river system: model description and case study] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 文脈 太平洋岸北西部における通し回遊魚の…

葉序の遷移における一連の対称性の破れ

HIROYASU YAMADA;...;TOSHIYUKI NAKAGAKI(2004, Bulletin of Mathematical Biology)[Sequences of Symmetry-Breaking in Phyllotactic Transitions] 理由 ラボセミナーで取り上げられてた 概要 この論文では、群論的な方法で葉序パターンの遷移を研究する。…

細胞運命決定における確率性と決定論

Christoph Zechner;...;Caren Norden(2020.7, Development)[Stochasticity and determinism in cell fate decisions] 理由 ラボセミナーで出てきて面白そうだったので 概要 発生の間、正確な数と種類の細胞が、正確な時間と場所で確定するように保証するため…

進化的多様化に対する進化する表現型分布の重要性に関して

Gil Jorge Barros Henriques;...;Michael Doebeli(2021.2, PLoS Comp. Biol.)[On the importance of evolving phenotype distributions on evolutionary diversification] 理由 ラボSlack 概要 単峰形の表現型分布の集団が、2つ以上の系統を含む多峰性の分布…

ヒト頭蓋形態に応用する発生の運河化のモデル

Philipp Mitteroecker; Ekaterina Stansfield(2021.2, PLOS Comp. Biol.)[A model of developmental canalization, applied to human cranial form] 理由 ラボSlackで流れてきたやつ 概要 生物の発達(目的成長や代償成長)の摂動を方向付けて補填する発生メカ…

概日リズムとドーパミンの数理モデル

Ruby Kim; Michael C. Reed(2021.2, Theoretical Biology and Medical Modelling)[A mathematical model of circadian rhythms and dopamine] 理由 購読してた雑誌から久々に新着記事来た 概要 背景 視交叉上核(SCN)は、哺乳類の一次概日時計(24h)を与え、睡…

ヒト大脳オルガノイドの転写因子プロファイルへの初期の幾何的閉じ込めの効果

Dilara Sen;..;Albert J. Keung(2021.2, bioRxiv)[Effects of early geometric confinement on the transcriptomic profile of human cerebral organoids] 理由 ラボSlackで拾った 概要 背景:形や機械的な力のような生物物理学的要因は、幹細胞分化や胚発生…

CFTRを発現する塩類細胞を含めた気道上皮階層性の見直し

Daniel T. Montoro;...;Jayaraj Rajagopal(2018.8, nature)[A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 肺の気道は、喘息や嚢胞性線維症での主な疾患部位である。ここでは、単細胞RNAシー…

気道上皮の単細胞解剖からCFTR豊富な肺塩類細胞が解明された

Lindsey W. Plasschaert;...; Aron B. Jaffe(Nature, 2018.8)[A single-cell atlas of the airway epithelium reveals the CFTR-rich pulmonary ionocyte] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 上皮組織の機能は、組織が含んでいる分化細胞の種類、量、分布…

生化学スイッチは食道上皮における恒常性への遷移を制御する

Jamie McGinn;...; Maria P. Alcolea(2021.3, bioRxiv)[A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in esophageal epithelium.] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 上皮細胞は非常に動的で、組織の摂動や組織損傷の増加に対応して…

ケモカイン受容体CCR3はアトピー性皮膚炎中の組織再構成に関与する

Krisztian Gaspar;...;Bernhard Homey(2013, Journal of Dermatological Science)[The chemokine receptor CCR3 participates in tissue remodeling duringatopic skin inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 背景:最近の研究から、アトピー性皮膚炎にお…

局所炎症と癌に対する任務部隊:皮膚に追従するものと皮膚内にいるリンパ球

Fanny Lafouresse and Joanna R. Groom(2018.10, Front. Immunol.,)[A Task Force Against Local Inflammation and Cancer: Lymphocyte Trafficking to and Within the Skin] 理由 自分の研究関連 概要 皮膚は、常在の炎症性と記憶性のリンパ球集団で構成さ…

皮膚炎の病態生理学におけるカンナビノイド

Cristian Scheau;.. Ana Caruntu(2020.2, Molecules)[Cannabinoids in the Pathophysiology of Skin Inflammation] 理由 面白そうだったのでつい 概要 カンナビノイドは慢性痛やいくつかの神経精神障害の治療や最近では炎症要素のある皮膚疾患の治療に使用が…

炎症、浮腫そして薬剤に基づく治療を模した皮膚オンチップモデル

Maierdanjiang Wufuer;...SangHoon Lee (2016.11, Scientific Reports)[Skin-on-a-chip model simulating inflammation, edema and drug-based treatment] 理由 実験系の勉強 概要 マイクロ流体細胞培養における最近の進歩によって、薬物毒性試験と疾患研究…

皮膚内におけるIL-1β産生の生体内イメージング

Kentaro Takei;...;AkiraTakashima(2010.6,Journal of Investigative Dermatology)[Intravital Imaging of IL-1β Production in Skin] 理由 共同研究先に教わったやつ 概要 IL-1は多様な皮膚疾患で病的な役割をもつ原型の炎症性サイトカインである。ランゲル…

単細胞レベルでの細胞内カルシウムイオン濃度の一過的な上昇は、角質化の間の上皮角化細胞の形態的問題に先行する

Teruasa Murata;...;Kenji Kabashima(2018.4. Scientific Reports)[Transient elevation of cytoplasmic calcium ion concentration at a single cell level precedes morphological changes of epidermal keratinocytes during cornification] 理由 共同研…

体と組織の形の発生

Ansa E. Cobham;...;Christen K. Mirth(2020.10, BMC Zoology)[The development of body and organ shape] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 背景 個体は、それらの系統に特徴的かつ環境への適応に重要な体と組織の形を驚くべきほど多様で数多く示す。こ…

上皮細胞の不死化の根底にある遺伝子制御ネットワーク

Luis Fernando Méndez-López;...;Elena R. Alvarez-Buylla(2017.2, BMC Systems Biology )[Gene regulatory network underlying the immortalization of epithelial cells] 理由 参考文献探してて見つけたやつ 概要 背景 成体内におけるヒト上皮細胞の腫瘍形…

上皮細胞はケルビンのテトラカイデカヘドロンに基づくタイトジャンクションを介して更新する

Mariko Yokouchi;...;Akiharu Kubo(2016.11, eLife)[Epidermal cell turnover across tight junctions based on Kelvin's tetrakaidecahedron cell shape] 理由 参考文献探してて見つけた 概要 多細胞組織において、細胞は、効果的に機能を与えるような内皮…

メカニズム機械学習モデルを用いた日常の発疹症状スコアの個別化予測

Guillem Hurault;...;Reiko J. Tanaka(2020.8, Clinical & Experimental Allergy)[Personalized prediction of daily eczema severity scores using a mechanistic machine learning model] 理由 自分の研究関連 概要 背景 アトピー性皮膚炎(AD)は、炎症と寛…

皮膚の免疫学的解剖

Kenji Kabashima;...; Gyohei Egawa(2018.11, nature reviews immunology)[The immunological anatomy of the skin] 理由 自分の研究関連 概要 皮膚は体の最も外側の器官であり、常に外部病原体に晒されている。炎症時に、多様な免疫細胞は常在していたり皮…

皮膚常在細菌に対する免疫は、乾癬様の皮膚炎を促進する

Charlotte Hurabielle;...;Yasmine Belkaid(2020.7, PNAS)[Immunity to commensal skin fungi promotes psoriasiform skin inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 安定な状態下では、免疫系は微生物を感知し応答する態勢にある。なので、T細胞反応を含む微…

皮膚創傷治癒:最近の知見と概念の更新

Sorg H;...;Mirastschijski U.(European Surgical Research)[Skin Wound Healing: An Update on the Current Knowledge and Concepts] 理由 自分の研究関連 概要 背景:健康な皮膚の完全性は、人体の生理学的恒常性の維持に重要な役割を果たす。皮膚は体のな…

微小管細胞骨格の渦を起こす不安定性

David B. Stein;....;Raymond E. Goldstein(2021.1, PHYSICAL REVIEW LETTERS)[Swirling Instability of the Microtubule Cytoskeleton] 理由 ラボSlackに来てたかな 概要 原形質流動の細胞現象において、微小管ネットワークに沿って貨物を運搬する分子モー…

表皮バリア恒常性における未開拓領域-表皮カルシウム動態の数理モデリング

Mitsuhiro Denda...;Masaharu Nagayama (2013.12, Experimental Dermatology)[Frontiers in epidermal barrier homeostasis – an approach to mathematical modelling of epidermal calcium dynamics] 理由 一緒に議論した相手から教えてもらった 概要 完全…

イソギンチャクDiadumene lineataにおける集団遺伝構造に対するクローン性の寄与

Will H Ryan;...;Stacy A Krueger-Hadfield(2021.1, Journal of Heredity)[The Contribution of Clonality to Population Genetic Structure in the Sea Anemone, Diadumene lineata] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 生態過程や進化過程は、遺伝的多様…

Hox遺伝子は、成体の動物における無性的生殖行動と組織分節化を制御する

Christopher P. Arnold;...;Alejandro Sánchez Alvarado(2021.1, bioRxiv)[Hox genes regulate asexual reproductive behavior and tissue segmentation in adult animals] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 Hox遺伝子は、胚の前後(A/P)軸の分節パターニ…

体節化の時間と場所

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

瞬時の原形質のゲル化を介する真菌の創傷治癒

Tu Anh Nguyen;..;Gregory Jedd(2020.11, Current Biology)[Fungal Wound Healing through Instantaneous Protoplasmic Gelation] 理由 ラボSlackシリーズ 概要 多細胞生物は流体輸送ネットワークを活用して、拡散の制限を克服し、必須の長距離輸送を促進す…

後生動物の進化と発生における対称性の変換

Valeria V. Isaeva;...;Nickolay V. Kasyanov (2021.1, Symmetry)[Symmetry Transformations in Metazoan Evolution and Development] 理由 ラボSlackに流れ着いたやつ 概要 この総説では、後生動物の進化と発生、遺伝的基盤そして異なる軸のボディプランの…