これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Bioinformatics

生体内における発生学を再度考える:工学とデータ科学と理論の間の相乗効果

Nicola Gritti;...; Vikas Trivedi(2020.11, Developmental Biology)[Rethinking embryology in vitro: A synergy between engineering, data science and theory] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 近年、人工多能性幹細胞は、生体内の後生動物の胚発…

PREvaILは、機械学習の枠組みにおける配列・構造・ネットワークの特徴を用いて触媒残基を推察する統合的な方法である。

Song, J.,... Webb, G.I.(2018.4, Journal of Theoretical Biology)[PREvaIL, an integrative approach for inferring catalytic residues using sequence, structural, and network features in a machine-learning framework] 理由 JTBの最も引用されてる…

統合失調症遺伝子の候補であるDアミノ酸オキシダーゼ活性因子(DAOA)の構造、系統発生、そして結合研究

Sheikh Arslan Sehgal;...;Asif Mir(2013.1, BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Structural, phylogenetic and docking studies of D-amino acid oxidase activator (DAOA), a candidate schizophrenia gene] 理由 BMCのTheoretical Biology a…

ネットワーク理論に基づく代謝系の形成と適応の最近の理解

Kazuhiro Takemoto(2012.9, Metabolites)[Current Understanding of the Formation and Adaptation of Metabolic Systems Based on Network Theory] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章13. 「代謝ネットワークを用いた微生物生態系の可視化」の参考文献2 概…

細胞全体の計算モデルは遺伝型から表現型を予測する

Karr JR;..;Covert MW.(2012.7, Cell)[A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype.] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章8. 「生物機能のコンピューター支援設計(CAD)」の参考文献 概要 個々の分子とそれらの相互作用から複雑な表…

ヒトの遺伝子疾患における広範囲の巨大分子相互作用の阻害

Nidhi Sahni;..;Vidal M(2015.4, Cell)[Widespread macromolecular interaction perturbations in human genetic disorders.] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章2. 「DNAバーコードによる生命科学実験の限界突破」の参考文献 概要 生物学的ネットワークの…

微生物学におけるメタゲノミクスとバイオインフォマティクス:最近の状態と展望

Satoshi Hiraoka;...;Wataru Iwasaki(2016.7, Microbes Environ.)[Metagenomics and Bioinformatics in Microbial Ecology: Current Status and Beyond] 理由 実験医学数理モデル特集の第1章2.「バイオインフォマティクスの全体像」の参考文献 概要 メタゲノ…