Mathematical model in Biology
Akiko Nakamasu;..;Shigeru Kondo(2009.4, PNAS)[Interactions between zebrafish pigment cells responsible for the generation of Turing patterns] 理由 博論の参考文献 概要 反応拡散系は、空間的な周期構造を自発的に生み出すような最も研究された非線…
Keiko U. Torii(2012.8, Trends in Cell Biology)[Two-dimensional spatial patterning in developmental systems] 理由 自分の研究関連 概要 多細胞生物は、特殊化した細胞種をもつ複雑な組織を生み出す。動物の発生中に、膨大な細胞間相互作用が、接触依存…
Lei Dai;...;Jeff Gore(2012.6, Science)[Generic Indicators for Loss of Resilience Before a Tipping Point Leading to Population Collapse] 理由 前の論文読んでたら引用されてた 概要 理論から、自然系(例えば生態系や気候)における壊滅的な閾値に近づ…
Takashi Hayashi;...;Makoto Sato(2022.5, Current Biology)[Tiling mechanisms of the Drosophila compound eye through geometrical tessellation] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 タイル張りメカニズムは多くの生物構造で観察される。複眼は興味深いタ…
George Em Karniadakis;...;Liu Yang(2021.5, Nature Reviews Physics)[Physics-informed machine learning] 理由 ラボSlackシリーズ最後！（現状） 概要 偏微分方程式(PDEs)の数理離散化を用いる複数の物理問題の数値計算が大きく発展したにもかかわらず、…
Jason H.Yang;...;James J.Collins(2019.5, Cell)[A White-Box Machine Learning Approach for Revealing Antibiotic Mechanisms of Action] 理由 ラボセミナーで出てきた 概要 最近の機械学習技術により、生物シグナルと測定された表現型との相関関連付けを…
Allison J. Lopatkin & James J. Collins(2020.5, Nature Reviews Microbiology)[Predictive biology: modelling, understanding and harnessing microbial complexity] 理由 ラボセミナーで出てきた 概要 予測生物学は、特に微生物における合成生物学とシス…
Shao-Zhen Lin;...; Jean-Francois Rupprecht(2022.1, The European Physical Journal E)[Implementation of cellular bulk stresses in vertex models of biological tissues] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 バーテックスモデルは多角形のタイルとして生…
Haitham A. Elmarakeby;...; Eliezer M. Van Allen(2021.9, Nature)[Biologically informed deep neural network for prostate cancer discovery] 理由 これもラボSlackから 概要 前駆ガンにおいて臨床的に攻撃的な表現型を調整する分子特徴の決定は、依然と…
Yipei Guo;...;Michael P. Brenner(2021.11, PLoS Comp. BIol.)[Programming cell growth into different cluster shapes using diffusible signals] 理由 これもたしかラボSlack 概要 遺伝子工学技術における進歩により、人工遺伝子回路の構築が可能になっ…
Erin L. Attrill;....;Stefano Pagliara(2021.10, PLOS Biology)[Individual bacteria in structured environments rely on phenotypic resistance to phage] 理由 ラボSlackにたまってたやつ 概要 バクテリオファージは現在の抗生物質耐性問題を克服する方…
Jennifer P Owen;...;Christian A Yates (2020.7, elife)[A quantitative modelling approach to zebrafish pigment pattern formation] 理由 自分の研究関連 概要 パターン形成は発生の重要な面である。成体のゼブラフィッシュは3つの異なる色素胞の自己組…
Nen Saito & Satoshi Sawai(2021.10, iScience)[Three-dimensional morphodynamic simulations of macropinocytic cups] 理由 昨日の論文について調べてたら見つけた 概要 マクロピノサイトーシスとは細胞外の液体の非特異的な取り込みを差し、細胞成長や免…
Gen Honda;...;Satoshi Sawai(2021.12, PNAS)[Microtopographical guidance of macropinocytic signaling patches] 理由 Twitterで見つけたような気がする 概要 意義 粘菌や免疫細胞の形態は変形可能かつダイナミックである。この形態は細胞外溶質や粒子の取…
James Cotterell & James Sharpe(2010.11, Molecular Systems Biology)[An atlas of gene regulatory networks reveals multiple three-gene mechanisms for interpreting morphogen gradients] 理由 こちらも実習で使う論文 概要 モルフォゲン勾配の解釈は…
Shuji Ishihara;...; Tatsuo Shibata(2005.9, Genes Cells.)[Cross talking of network motifs in gene regulation that generates temporal pulses and spatial stripes] 理由 演習で使う論文。冬休みで時間に余裕が出てきたので 概要 遺伝子制御ネットワー…
Masayo Inoue and Kunihiko Kaneko (2021.8 Phys. Rev. Research)[Entangled gene regulatory networks with cooperative expression endow robust adaptive responses to unforeseen environmental changes] 理由 Slackに流れ着いていたので 概要 生物は環…
Masatomo Iwasa; Dan Tanaka(2017.9, Physics Letters A)[Mechanism underlying the diverse collective behavior in the swarm oscillator model] 理由 こないだ参加した学会で見た 概要 泳ぐ振動子モデルは相互作用する化学走性粒子の長期的な振舞いを記述…
Jeff Jones(2010.4, Artificial Life)[Characteristics of Pattern Formation and Evolution in Approximations of Physarum Transport Networks] 理由 アリの輸送ネットワークの論文を紹介したら、後輩が教えてくれた 概要 パターン形成の多くの研究は、複…
Siavash Monfared;...;Amin Doostmohammadi(bioRxiv, 2021.8)[Mechanics of Live Cell Elimination] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 細胞層は押し出し過程を通じて不要な細胞を除去する。この過程は健康な組織と欠陥のある組織のふるまいが重要である…
Guénaël Cabanes;...;Tanya Latty(2015.1, Behavioral Ecology)[Ants build transportation networks that optimize cost and efficiency at the expense of robustness] 理由 ラボの助教が教えてくれたやつ 概要 現代の人間社会のように、多くの生物システ…
Qiuting Zhang;...;Jing Yan(2021.8, PNAS)[Morphogenesis and cell ordering in confined bacterial biofilms] 理由 セミナーで出てきた 概要 バイオフィルムは、細胞外マトリックスによって囲まれた細菌細胞の集合体である。個体基質上のバイオフィルム成…
Philip K. Maini;...;S. Seirin Lee(2012.2, Interface Focus)[Turing's model for biological pattern formation and the robustness problem] 理由 自分の研究関連 概要 発生生物学における基本的な疑問の一つは、ほとんど均一な受精卵から自然に見られる…
Serdar Göktepe;..;· Ellen Kuh(2009.10, Arch Appl Mech)[Atrial and ventricular fibrillation: computational simulation of spiral waves in cardiac tissue] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、心臓電気生理学の計算機シミュレーションの新しい効…
Keisuke Matsuda;...; Shigeru Kondo (2017.10, Scientific Reports)[Complex furrows in a 2D epithelial sheet code the 3D structure of a beetle horn] 理由 こないだ聞いたセミナーで見つけた 概要 完全変態昆虫の外部器官は、2つの構成過程から生じる…
Kazuaki Amikura;...;Miho S. Kitazawa (2021.7, Scientific Reports)[Discovery of spatial pattern of prickles on stem of Rosa hybrida ‘Red Queen’ and mathematical model of the pattern] 理由 昔bioRxiv版を論文紹介したやつが査読を通ったようなの…
Allen R. Sanderson;...;Lingfa Yang(2006, Journal of Graphics Tools )[Advanced Reaction-Diffusion Models for Texture Synthesis] 理由 反応拡散の復習 概要 1990年代初頭に反応拡散モデルを用いたテクスチャ号合成が導入されてから、それはまだ広く活…
Sophie A Montandon;...;Michel C Milinkovitch(2019.6, eLife)[Elastic instability during branchial ectoderm development causes folding of the Chlamydosaurus erectile frill] 理由 ラボセミナー 概要 エリマキトカゲ(Chlamydosaurus kingii)の華々し…
Fan Xu;...;Yifan Yang(2020.1, PHYSICAL REVIEW LETTERS)[Water Affects Morphogenesis of Growing Aquatic Plant Leaves] 理由 これもラボセミナーで出てきたはず 概要 水の上に浮かぶハスの葉は、中心に向かって減少するような短波長の端の縮みをいつも受…
Adam Runions;...; Przemyslaw Prusinkiewicz (2017.3, New Phytologist)[A common developmental program can produce diverse leaf shapes] 理由 ラボセミナーかなんかで話題になったやつ？ 概要 真性双子葉植物の葉は、驚くほど多様な形態を持つ。本論文…
