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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Biology

大量処理数理解析によって、等しく拡散するシグナルを持つパターニングのチューリングネットワークが見つかった。

Luciano Marcon;..; Patrick Müller()2016.4, eLife)[High-throughput mathematical analysis identifies Turing networks for patterning with equally diffusing signals] 理由 自分の研究関連 概要 チューリング反応拡散モデルから、同一の細胞がどのよう…

短距離と長距離のシグナリングの協調が発生パターニングを調節する

Carly Williamson;..;Adriana T.Dawes(2021.5, Journal of Theoretical Biology)[Coordination of local and long range signaling modulates developmental patterning] 理由 JTBの最新論文で気になったやつ 概要 多細胞生物の発生は、成熟した個体で機能的…

合成バクテリア集団における確率的なチューリングパターン

David Karig;...;Ron Weiss(2018.8, PNAS)[Stochastic Turing patterns in a synthetic bacterial population] 理由 自分の研究関連 概要 生物形態と形状の起源は、科学における最も深い問題の一つであり、生物系の発生と機能の理解の根底にある。1952年に、…

反応拡散アクティブマターにおけるプログラム化された物理-化学共役

Anis Senoussi;...; André Estevez-Torres(2021.3, bioRxiv)[Programmed mechano-chemical coupling in reaction-diffusion active matter] 理由 ラボSlackあたりに来たやつかな 概要 胚の形態形成には、パタン形成メカニズムの複雑な組み合わせが関与する。…

数理モデルから植物のシグナリングが解明される

Yin Hoon Chew;...;, Karen J. Halliday(2014.1, The Plant Cell)[Mathematical Models Light Up Plant Signaling] 理由 こないだ研究室に落ちてたバナナから植物の色が気になってきた 概要 植物は、異なる組織、器官そして植物全体における分子シグナリング…

熟成バナナの廃棄臨界点決定のための、色と食感の動力学と官能特性の特徴化の数理モデル

Stella Nannyonga;..;Konstantinos Kostas Gkatzionis(2016.6, Journal of Food Engineering)[Mathematical modelling of color, texture kinetics and sensory attributes characterisation of ripening bananas for waste critical point determination] …

自己組織的な合成形態形成リポソームは、局所光刺激に対する形の変化に応答する

Konstantin Gavriljuk;...;Philippe I. H. Bastiaens(2021.3, Nature Communications)[A self-organized synthetic morphogenic liposome responds with shape changes to local light cues] 理由 ラボSlackだったはず 概要 細胞外シグナルを細胞骨格変化に…

大腸菌の走化性は情報が制限されている

H.H. Mattingly;...;T. Emonet(2021.2, bioRxiv)[E. coli chemotaxis is information-limited] 理由 ラボSlackに流れてきた気がする 概要 生物はそれらの行動を左右するため環境情報を獲得して利用しなければならない。しかしながら、情報が行動を制限するの…

組織の成長が根の組織の輪郭を同じ形状に制約する

Motohiro Fujiwara;...;Koichi Fujimoto(2021.2, Development)[Tissue growth constrains root organ outlines into an isometrically scalable shape] 理由 自分の分野関連 概要 組織の形態は多様であるだけでなく、種間で共有される発生的制約下で保存され…

木は同じ分岐角度をもつか?

Robert M.Beyer;...;HansPretzsch(2021.3, Journal of Theoretical Biology)[Do trees have constant branch divergence angles?] 理由 気になったやつ 概要 多くの草本植物の特徴は中心の軸に沿った側方器官の驚くほど規則的な配置である。これらの葉序パタ…

胚盤葉上層の管腔形成の解明から、胚成長とパターン形成の原始羊膜腔制御が解明された

Yung Su Kim;...;Ivan Bedzhov(2021.3, Science Advances)[Deciphering epiblast lumenogenesis reveals proamniotic cavity control of embryo growth and patterning] 理由 ラボSlackで来たやつ 概要 着床前後の段階の間、マウス胚はその見た目を根本的に…

ヒドラにおけるパターン形成のモデリング:発生の重要な段階の理解への道筋

HANS MEINHARDT(2012.1 ,Int. J. Dev. Biol)[Modeling pattern formation in hydra: A route to understanding essential steps in development] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 ヒドラにおけるパターン形成のモデリングは、複雑かつ自己制御的なパタ…

形態の複雑性の進化と発生に関して:遺伝子制御ネットワークの観点から

Pascal F. Hagolani;...;Isaac Salazar-Ciudad (2021.2, PLoS Comput Biol)[On the evolution and development of morphological complexity: A view from gene regulatory networks] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 形態の複雑性はどのように進化するのか…

2次元の川系における魚の移動の個体ベースモデリング

Marcía N. Snyder;...;Druscilla Keenan (2019.3, Landscape Ecology)[Individual based modeling of fish migration in a 2-D river system: model description and case study] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 文脈 太平洋岸北西部における通し回遊魚の…

葉序の遷移における一連の対称性の破れ

HIROYASU YAMADA;...;TOSHIYUKI NAKAGAKI(2004, Bulletin of Mathematical Biology)[Sequences of Symmetry-Breaking in Phyllotactic Transitions] 理由 ラボセミナーで取り上げられてた 概要 この論文では、群論的な方法で葉序パターンの遷移を研究する。…

進化的多様化に対する進化する表現型分布の重要性に関して

Gil Jorge Barros Henriques;...;Michael Doebeli(2021.2, PLoS Comp. Biol.)[On the importance of evolving phenotype distributions on evolutionary diversification] 理由 ラボSlack 概要 単峰形の表現型分布の集団が、2つ以上の系統を含む多峰性の分布…

ヒト頭蓋形態に応用する発生の運河化のモデル

Philipp Mitteroecker; Ekaterina Stansfield(2021.2, PLOS Comp. Biol.)[A model of developmental canalization, applied to human cranial form] 理由 ラボSlackで流れてきたやつ 概要 生物の発達(目的成長や代償成長)の摂動を方向付けて補填する発生メカ…

概日リズムとドーパミンの数理モデル

Ruby Kim; Michael C. Reed(2021.2, Theoretical Biology and Medical Modelling)[A mathematical model of circadian rhythms and dopamine] 理由 購読してた雑誌から久々に新着記事来た 概要 背景 視交叉上核(SCN)は、哺乳類の一次概日時計(24h)を与え、睡…

生化学スイッチは食道上皮における恒常性への遷移を制御する

Jamie McGinn;...; Maria P. Alcolea(2021.3, bioRxiv)[A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in esophageal epithelium.] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 上皮細胞は非常に動的で、組織の摂動や組織損傷の増加に対応して…

体節化の時間と場所

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

恒常的な上皮幹細胞の自己更新は局所的な分化によって駆動される

Kailin R.Mesa;...;Valentina Greco(2018.11, Cell Stem cell)[Homeostatic Epidermal Stem Cell Self-Renewal Is Driven by Local Differentiation] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 成体の組織の維持は、常在する幹細胞集団の活性の持続に依存するが…

自己分泌された唾液による鳥の泥の巣

Yeonsu Jung;...;Ho-Young Kim(2021.1, PNAS)[Avian mud nest architecture by self-secreted saliva] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 ツバメ(Hirundinidae)やフィービー(Sayornis)によって建造される泥の巣は、崖や壁、天井に接着する安定な粒の山で…

アロステリック分子における緩和経路の遷移:酵素動力学的拘束モデル

Tetsuhiro S;...;Kunihiko Kaneko(2020.1, PHYSICAL REVIEW RESEARCH)[Transition in relaxation paths in allosteric molecules: Enzymatic kinetically constrained model] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 タイムスケールの階層性は生物系において偏在し…

急性炎症の数理モデルと炎症ストレス下でのガス交換の全肺モデル

Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…

反対の酵素のフィードバック制御が頑健かつ全か無かの双安定の反応を生み出す。

James E.FerrellJr.(2008.3, Current Biology)[Feedback regulation of opposing enzymes generates robust, all-or-none bistable responses] 理由 Slackで流れてきたんだっけ 概要 正のフィードバックループと二重の負のフィードバックループが双安定性を…

空間的な相関は、角膜上皮の恒常性における細胞の寿命とパターン形成を拘束する

Lior Strinkovsky;...; Yonatan Savir(2021.1, eLife)[Spatial correlations constrain cellular lifespan and pattern formation in corneal epithelium homeostasis] 理由 Slackで流れてきたんだっけな 概要 成体組織における恒常性は、幹細胞やそれらの前…

上皮組織の複雑な3次元組織化

Pedro Gómez-Gálvez;...;Luis M. Escudero(2021.1, Development)[The complex three-dimensional organization of epithelial tissues] 理由 ラボSlackで見つけたんだっけなぁ 概要 組織の細胞組織化を理解することは、発生生物学において重要である。この複…

警告色の被食者の被食-捕食系におけるダイナミクスと時空間パターン

Sourav Kumar Sasmal;...;Yasuhiro Takeuchi(2019.5, Mathematical Biosciences and Engineering)[Dynamics and spatio-temporal patterns in a prey–predator system with aposematic prey] 理由 警告色が面白いなって思って探したやつ 概要 被食者の警告時…

生物の設計原理を理解するための表現型中心的なモデリング

Miguel A.Valderrama-Gómez;...;Michael A.Savageau(2018.10, Journal of Theoretical Biology)[Phenotype-centric modeling for elucidation of biological design principles] 理由 ラボSlackで紹介されてた 概要 最近開発された"表現型中心的な"モデリン…

動物の色素パターンを生成するメカニズムの理論解析

Shigeru Kondo; Hideaki Shirota(2008.10, Seminars in Cell & Developmental Biology)[Theoretical analysis of mechanisms that generate the pigmentation pattern of animals] 理由 パターン形成は楽しいね 概要 動物の皮膚色素パターン形成のメカニズム…