これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Biology

2次元の川系における魚の移動の個体ベースモデリング

Marcía N. Snyder;...;Druscilla Keenan (2019.3, Landscape Ecology)[Individual based modeling of fish migration in a 2-D river system: model description and case study] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 文脈 太平洋岸北西部における通し回遊魚の…

葉序の遷移における一連の対称性の破れ

HIROYASU YAMADA;...;TOSHIYUKI NAKAGAKI(2004, Bulletin of Mathematical Biology)[Sequences of Symmetry-Breaking in Phyllotactic Transitions] 理由 ラボセミナーで取り上げられてた 概要 この論文では、群論的な方法で葉序パターンの遷移を研究する。…

進化的多様化に対する進化する表現型分布の重要性に関して

Gil Jorge Barros Henriques;...;Michael Doebeli(2021.2, PLoS Comp. Biol.)[On the importance of evolving phenotype distributions on evolutionary diversification] 理由 ラボSlack 概要 単峰形の表現型分布の集団が、2つ以上の系統を含む多峰性の分布…

ヒト頭蓋形態に応用する発生の運河化のモデル

Philipp Mitteroecker; Ekaterina Stansfield(2021.2, PLOS Comp. Biol.)[A model of developmental canalization, applied to human cranial form] 理由 ラボSlackで流れてきたやつ 概要 生物の発達(目的成長や代償成長)の摂動を方向付けて補填する発生メカ…

概日リズムとドーパミンの数理モデル

Ruby Kim; Michael C. Reed(2021.2, Theoretical Biology and Medical Modelling)[A mathematical model of circadian rhythms and dopamine] 理由 購読してた雑誌から久々に新着記事来た 概要 背景 視交叉上核(SCN)は、哺乳類の一次概日時計(24h)を与え、睡…

生化学スイッチは食道上皮における恒常性への遷移を制御する

Jamie McGinn;...; Maria P. Alcolea(2021.3, bioRxiv)[A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in esophageal epithelium.] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 上皮細胞は非常に動的で、組織の摂動や組織損傷の増加に対応して…

体節化の時間と場所

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

恒常的な上皮幹細胞の自己更新は局所的な分化によって駆動される

Kailin R.Mesa;...;Valentina Greco(2018.11, Cell Stem cell)[Homeostatic Epidermal Stem Cell Self-Renewal Is Driven by Local Differentiation] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 成体の組織の維持は、常在する幹細胞集団の活性の持続に依存するが…

自己分泌された唾液による鳥の泥の巣

Yeonsu Jung;...;Ho-Young Kim(2021.1, PNAS)[Avian mud nest architecture by self-secreted saliva] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 ツバメ(Hirundinidae)やフィービー(Sayornis)によって建造される泥の巣は、崖や壁、天井に接着する安定な粒の山で…

アロステリック分子における緩和経路の遷移:酵素動力学的拘束モデル

Tetsuhiro S;...;Kunihiko Kaneko(2020.1, PHYSICAL REVIEW RESEARCH)[Transition in relaxation paths in allosteric molecules: Enzymatic kinetically constrained model] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 タイムスケールの階層性は生物系において偏在し…

急性炎症の数理モデルと炎症ストレス下でのガス交換の全肺モデル

Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…

反対の酵素のフィードバック制御が頑健かつ全か無かの双安定の反応を生み出す。

James E.FerrellJr.(2008.3, Current Biology)[Feedback regulation of opposing enzymes generates robust, all-or-none bistable responses] 理由 Slackで流れてきたんだっけ 概要 正のフィードバックループと二重の負のフィードバックループが双安定性を…

空間的な相関は、角膜上皮の恒常性における細胞の寿命とパターン形成を拘束する

Lior Strinkovsky;...; Yonatan Savir(2021.1, eLife)[Spatial correlations constrain cellular lifespan and pattern formation in corneal epithelium homeostasis] 理由 Slackで流れてきたんだっけな 概要 成体組織における恒常性は、幹細胞やそれらの前…

上皮組織の複雑な3次元組織化

Pedro Gómez-Gálvez;...;Luis M. Escudero(2021.1, Development)[The complex three-dimensional organization of epithelial tissues] 理由 ラボSlackで見つけたんだっけなぁ 概要 組織の細胞組織化を理解することは、発生生物学において重要である。この複…

警告色の被食者の被食-捕食系におけるダイナミクスと時空間パターン

Sourav Kumar Sasmal;...;Yasuhiro Takeuchi(2019.5, Mathematical Biosciences and Engineering)[Dynamics and spatio-temporal patterns in a prey–predator system with aposematic prey] 理由 警告色が面白いなって思って探したやつ 概要 被食者の警告時…

生物の設計原理を理解するための表現型中心的なモデリング

Miguel A.Valderrama-Gómez;...;Michael A.Savageau(2018.10, Journal of Theoretical Biology)[Phenotype-centric modeling for elucidation of biological design principles] 理由 ラボSlackで紹介されてた 概要 最近開発された"表現型中心的な"モデリン…

動物の色素パターンを生成するメカニズムの理論解析

Shigeru Kondo; Hideaki Shirota(2008.10, Seminars in Cell & Developmental Biology)[Theoretical analysis of mechanisms that generate the pigmentation pattern of animals] 理由 パターン形成は楽しいね 概要 動物の皮膚色素パターン形成のメカニズム…

分化ダイナミクスにおける同調性とノイズ依存性

Gürol M. Süel;...;Michael B. Elowitz(2007.3, Science)[Tunability and Noise Dependence in Differentiation Dynamics] 理由 ラボの実習で使う論文 概要 分化の動的過程は、根底にある遺伝的回路の構造と定量的パラメーターとノイズに依存する。しかしな…

コストのかかる断片化下での多細胞生活環の進化

Yuriy Pichugin; Arne Traulsen(2020.11, PLoS Comp.)[Evolution of multicellular life cycles under costly fragmentation] 理由 ラボSlackに上がってたやつ 概要 生活環の魅力的な富は、単細胞性から多細胞単位の協調的な断片化まで生物で観察される。し…

チューリングと3Dバーテックスモデルを組み合わせることで、うねりや管状、分岐のある自律的な形態形成が再現される

Satoru Okuda;...;Mototsugu Eiraku(2018.2, Scientific Reports )[Combining Turing and 3D vertex models reproduces autonomous multicellular morphogenesis with undulation, tubulation, and branching] 理由 セミナーでちょっと出てきた 概要 本研究…

分子機械とシステムのfine-tuningをモデル化する統計的方法の利用

Steinar Thorvaldsen; OlaHössjer(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Using statistical methods to model the fine-tuning of molecular machines and systems] 理由 JTBで最も引用されてるとかなんとか 概要 Fine-tuningは物理学で高い関心を受けて…

デボン紀のParaspirifer bownockeri(腕足動物)の計算機的な流束動態シミュレーション

Yuta Shiino;...;Nobuhiro Yoshikawa(2009.4, Journal of Theoretical Biology)[Computational fluid dynamics simulations on a Devonian spiriferid Paraspirifer bownockeri (Brachiopoda): Generating mechanism of passive feeding flows] 理由 ラボセ…

生物システムにおける結晶粒粗大化の検出

Eric M Kramer(2003.5, Phys.Rev.E)[Defect coarsening in a biological system: The vascular cambium of cottonwood trees] 理由 木目っていいよね 概要 綿の木(Populus deltoides)の維管束形成相における位相欠陥のペアの消滅と欠損調節的な粗大化のミク…

木の維管束形成層におけるパタン形成の数理モデル

ERIC M.KRAMER(2002.5, Journal of Theoretical Biology)[A Mathematical Model of Pattern Formation in the Vascular Cambium of Trees] 理由 木目について調べてたときに見つけたやつ 概要 木目に現れる美しいパターンは、木の維管束形成相における紡錘形…

一つのチャネルと細胞全体の電流の決定論的モデル

Kenia L.Juayerk-Herrera;...;Godínez-Fernández(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Deterministic modeling of single-channel and whole-cell currents] 理由 JTBの新しいやつ 概要 実験研究を補完するものとして、数理モデルはイオンチャネルの機…

グルコース代謝における腎臓とその役割の現象に基づく準物理的モデル

LauraLema-Perez;...;Hernan Alvarez(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[A phenomenological-based semi-physical model of the kidneys and its role in glucose metabolism] 理由 JTBの新しい論文を読もうね 概要 腎臓は3つの方法でグルコース代謝…

パターンの混ぜ合わせによって動物の配色の多様性を豊かにする

Seita Miyazawa(2020.12, Science Advances )[Pattern blending enriches the diversity of animal colorations] 理由 Twitterで流れてきたので 概要 動物は、鮮やかな多様な皮膚のパターンを示すが、この多様性の根底にあるメカニズムは、特に複雑かつ迷彩…

PafBC調節性反応は、抗酸菌における双安定なDNA損傷反応を感作する

Cody E.Fitz; Geralda James P.Keener(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[The PafBC-mediated response sensitizes a bistable DNA damage response in Mycobacteria] 理由 JTBの新しい論文 概要 抗酸菌が住んでいる環境の遺伝毒性に厳しい環境のため…

螺旋の葉序の2段階のメカニズム

Takuya Okabe;...;Jin Yoshimura(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Two-step mechanism of spiral phyllotaxis] 理由 JTBのアラートでおもしろそうだったので 概要 5,8,13といったフィボナッチ数は、植物における頂端の側方器官の螺旋配置に生じる。…

自律的な転写後パターン形成の設計原理

Shuhei S. Sugai;...;Hiroki R. Ueda(2017.4, Cell reports)[A Design Principle for an Autonomous Post-translational Pattern Formation] 理由 ラボセミナーで紹介されてたやつ 概要 他の多細胞生物と一緒に、植物は適切な組織成長と形態形成を達成するた…