Sakashita M;...Kondo S; (2021.6, PLOS Computational Biology) [Three-dimensional topology optimization model to simulate the external shapes of bone.] 理由 ラボSlackに流れてきました 概要 骨の形が形成されるメカニズムを解明することは、脊椎動…

Régis Chirat;...;Alain Goriely(2013.4, PNAS)[Mechanical basis of morphogenesis and convergent evolution of spiny seashells] 理由 ラボセミナーで流れてきたやつ 概要 収斂進化は、関係が近くない種で独立に同じ特徴が進化する現象である。そして収斂…

Haozhe Zhang and Robert Sinclair(2015.6, Ecological Complexity)[Namibian fairy circles and epithelial cells share emergent geometric order] 理由 なんかで見つけた・・けど忘れた・・・。 概要 フェアリーリングは、ナミブ砂漠の景観の謎の特徴であ…

Antoine Fruleux and Arezki Boudaoud(2021.4, Phys. Rev. Research)[Cellular Fourier analysis for geometrically disordered materials] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ？ 概要 多くの媒体は、不規則な形と大きさの基本単位に分割されている。例えば、磁…

Janaki Sheth;...Alex J. Levine(2021.5, PHYSICAL REVIEW RESEARCH)[Violation of generalized fluctuation-dissipation theorem in biological limit cycle oscillators with state-dependent internal drives: Applications to hair cell oscillations] …

Liam J. Ruske and Julia M. Yeomans(2021.4, PHYSICAL REVIEW X)[Morphology of Active Deformable 3D Droplets] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 3次元での活発なネマティック液滴の形態とディスクリネーション線を数値的に調べる。我々のモデルはアキラ…

Chikara Furusawa and Kunihiko Kaneko(2012.5, Phys. Rev. Lett.)[Adaptation to Optimal Cell Growth through Self-Organized Criticality] 理由 なんかで気になった論文 概要 触媒反応ネットワークで構成される単純な細胞モデル研究の目的は、細胞状態が…

Luciano Marcon;..; Patrick Müller()2016.4, eLife)[High-throughput mathematical analysis identifies Turing networks for patterning with equally diffusing signals] 理由 自分の研究関連 概要 チューリング反応拡散モデルから、同一の細胞がどのよう…

Carly Williamson;..;Adriana T.Dawes(2021.5, Journal of Theoretical Biology)[Coordination of local and long range signaling modulates developmental patterning] 理由 JTBの最新論文で気になったやつ 概要 多細胞生物の発生は、成熟した個体で機能的…

David Karig;...;Ron Weiss(2018.8, PNAS)[Stochastic Turing patterns in a synthetic bacterial population] 理由 自分の研究関連 概要 生物形態と形状の起源は、科学における最も深い問題の一つであり、生物系の発生と機能の理解の根底にある。1952年に、…

Anis Senoussi;...; André Estevez-Torres(2021.3, bioRxiv)[Programmed mechano-chemical coupling in reaction-diffusion active matter] 理由 ラボSlackあたりに来たやつかな 概要 胚の形態形成には、パタン形成メカニズムの複雑な組み合わせが関与する。…

Yin Hoon Chew;...;, Karen J. Halliday(2014.1, The Plant Cell)[Mathematical Models Light Up Plant Signaling] 理由 こないだ研究室に落ちてたバナナから植物の色が気になってきた 概要 植物は、異なる組織、器官そして植物全体における分子シグナリング…

Stella Nannyonga;..;Konstantinos Kostas Gkatzionis(2016.6, Journal of Food Engineering)[Mathematical modelling of color, texture kinetics and sensory attributes characterisation of ripening bananas for waste critical point determination] …

Konstantin Gavriljuk;...;Philippe I. H. Bastiaens(2021.3, Nature Communications)[A self-organized synthetic morphogenic liposome responds with shape changes to local light cues] 理由 ラボSlackだったはず 概要 細胞外シグナルを細胞骨格変化に…

H.H. Mattingly;...;T. Emonet(2021.2, bioRxiv)[E. coli chemotaxis is information-limited] 理由 ラボSlackに流れてきた気がする 概要 生物はそれらの行動を左右するため環境情報を獲得して利用しなければならない。しかしながら、情報が行動を制限するの…

Motohiro Fujiwara;...;Koichi Fujimoto(2021.2, Development)[Tissue growth constrains root organ outlines into an isometrically scalable shape] 理由 自分の分野関連 概要 組織の形態は多様であるだけでなく、種間で共有される発生的制約下で保存され…

Robert M.Beyer;...;HansPretzsch(2021.3, Journal of Theoretical Biology)[Do trees have constant branch divergence angles?] 理由 気になったやつ 概要 多くの草本植物の特徴は中心の軸に沿った側方器官の驚くほど規則的な配置である。これらの葉序パタ…

Yung Su Kim;...;Ivan Bedzhov(2021.3, Science Advances)[Deciphering epiblast lumenogenesis reveals proamniotic cavity control of embryo growth and patterning] 理由 ラボSlackで来たやつ 概要 着床前後の段階の間、マウス胚はその見た目を根本的に…

HANS MEINHARDT(2012.1 ,Int. J. Dev. Biol)[Modeling pattern formation in hydra: A route to understanding essential steps in development] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 ヒドラにおけるパターン形成のモデリングは、複雑かつ自己制御的なパタ…

Pascal F. Hagolani;...;Isaac Salazar-Ciudad (2021.2, PLoS Comput Biol)[On the evolution and development of morphological complexity: A view from gene regulatory networks] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 形態の複雑性はどのように進化するのか…

Marcía N. Snyder;...;Druscilla Keenan (2019.3, Landscape Ecology)[Individual based modeling of fish migration in a 2-D river system: model description and case study] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 文脈 太平洋岸北西部における通し回遊魚の…

HIROYASU YAMADA;...;TOSHIYUKI NAKAGAKI(2004, Bulletin of Mathematical Biology)[Sequences of Symmetry-Breaking in Phyllotactic Transitions] 理由 ラボセミナーで取り上げられてた 概要 この論文では、群論的な方法で葉序パターンの遷移を研究する。…

Gil Jorge Barros Henriques;...;Michael Doebeli(2021.2, PLoS Comp. Biol.)[On the importance of evolving phenotype distributions on evolutionary diversification] 理由 ラボSlack 概要 単峰形の表現型分布の集団が、2つ以上の系統を含む多峰性の分布…

Philipp Mitteroecker; Ekaterina Stansfield(2021.2, PLOS Comp. Biol.)[A model of developmental canalization, applied to human cranial form] 理由 ラボSlackで流れてきたやつ 概要 生物の発達(目的成長や代償成長)の摂動を方向付けて補填する発生メカ…

Ruby Kim; Michael C. Reed(2021.2, Theoretical Biology and Medical Modelling)[A mathematical model of circadian rhythms and dopamine] 理由 購読してた雑誌から久々に新着記事来た 概要 背景 視交叉上核(SCN)は、哺乳類の一次概日時計(24h)を与え、睡…

Jamie McGinn;...; Maria P. Alcolea(2021.3, bioRxiv)[A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in esophageal epithelium.] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 上皮細胞は非常に動的で、組織の摂動や組織損傷の増加に対応して…

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

Kailin R.Mesa;...;Valentina Greco(2018.11, Cell Stem cell)[Homeostatic Epidermal Stem Cell Self-Renewal Is Driven by Local Differentiation] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 成体の組織の維持は、常在する幹細胞集団の活性の持続に依存するが…

Yeonsu Jung;...;Ho-Young Kim(2021.1, PNAS)[Avian mud nest architecture by self-secreted saliva] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 ツバメ(Hirundinidae)やフィービー(Sayornis)によって建造される泥の巣は、崖や壁、天井に接着する安定な粒の山で…

Tetsuhiro S;...;Kunihiko Kaneko(2020.1, PHYSICAL REVIEW RESEARCH)[Transition in relaxation paths in allosteric molecules: Enzymatic kinetically constrained model] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 タイムスケールの階層性は生物系において偏在し…