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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Immunity

メカニズム機械学習モデルを用いた日常の発疹症状スコアの個別化予測

Guillem Hurault;...;Reiko J. Tanaka(2020.8, Clinical & Experimental Allergy)[Personalized prediction of daily eczema severity scores using a mechanistic machine learning model] 理由 自分の研究関連 概要 背景 アトピー性皮膚炎(AD)は、炎症と寛…

急性炎症の数理モデルと炎症ストレス下でのガス交換の全肺モデル

Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…

重度の臨床的外傷の脳傷害における神経炎症の数理モデル

Leah E. Vaughan,;...;Jonathan E. Rubin(2018.12, Journal of Neuroinflammation)[A mathematical model of neuroinflammation in severe clinical traumatic brain injury] 理由 自分の研究関連 概要 背景 外傷性脳損傷(TBI)に続く組織損傷の炎症メディエ…

肺の感染と傷害における炎症反応の数理モデルの総説

Sarah B. Minucci;...;Angela M. Reynolds(2020.8, Frontiers in Applied Mathematics and Statistics)[Review of Mathematical Modeling of the Inflammatory Response in Lung Infections and Injuries] 理由 自分の研究関連 概要 ウイルスや細菌感染、構…

急性炎症反応の削減した数理モデル:Ⅰ.抗炎症のモデルの導出と解析

Angela Reynolds;...;G. Bard Ermentrout(2006.2, Journal of Theoretical Biology)[A reduced mathematical model of the acute inflammatory response: I. Derivation of model and analysis of anti-inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 急性炎症反応…

皮膚常在免疫細胞は、健康時の上皮細胞内の分布を能動的に調整する。

Sangbum Park;...;Valentina Greco(2021.1, bioRxiv)[Skin-resident immune cells actively coordinate their distribution with epidermal cells during homeostasis] 理由 ラボSlackで流れてきた 概要 ヒトの器官は、適切な構造と機能を確保する複数種の細…

興奮性媒体としての舌

Gabriel Seiden and Sofia Curland(2015.3, New Journa of Physics)[The tongue as an excitable medium] 理由 これもなんかの論文に引用されてた 概要 地図状舌(GT)は人口の約2%に影響を与える病状であり、ゆっくりした炎症の拡大によって舌の上部を覆う乳…

エンドトキシン攻撃に対する急性炎症反応の数理モデル

Anirban Roy;...;Robert S Parker(2007.1, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING)[A mathematical model of acute inflammatory response to endotoxin challenge] 理由 自分の研究関連 概要 エンドトキシンに対して、体は急性炎症反応を引き起こすこと…

中国江蘇における結核に対する汚染環境の効果のモデリング

Yongli Cai;...;Weiming Wang(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Modelling the effects of the contaminated environments on tuberculosis in Jiangsu, China] 理由 JTBを読もうね 概要 結核(TB)は中国江蘇州においてまだ重要な健康問題である。本…

自然免疫系の双安定ダイナミクスのモデリング

Sarah Kadelka;...;Stanca M. Ciupe(2018.11, Bulletin of Mathematical Biology)[Modeling the Bistable Dynamics of the Innate Immune System] 理由 参考文献を探して 概要 リポポリサッカライドの初期負荷の大きさは、二度目のポリサッカライド負荷を受…

自然免疫の動態モデルにおけるペプチドと線維芽細胞によって逆戻りする不可逆遷移と複雑な安定性

Abulikemu Abudukelimu;...;Hans V. Westerhoff(2020.2, Front. Immunol.)[Complex Stability and an Irrevertible Transition Reverted by Peptide and Fibroblasts in a Dynamic Model of Innate Immunity] 理由 参考文献を探して 概要 ここでは、調節分析…

複雑な酵素駆動的反応ネットワークにおける双安定性を理解する

Gheorghe Craciun;...;Martin Feinberg(2006.6, PNAS)[Understanding bistability in complex enzyme-driven reaction networks] 理由 参考文献を探して 概要 重要な生化学反応ネットワークに存在するかもしれない双安定的かつスイッチ状のふるまいが最近注…

健康と病気のシステム-理論的な枠組み:抽象的なモデルの観点からの炎症と事前準備

Voit EO(2008.9, Mathematical Biosciences)[A systems-theoretical framework for health and disease: inflammation and preconditioning from an abstract modeling point of view.] 理由 参考文献シリーズ 概要 分子生物学における現代の進歩により、細…

数理モデルを用いて壊死性全腸炎におけるプロバイオティクスと炎症の役割を解析する

Arciero JC;...;Rubin JE(2010.4, Plos one)[Using a mathematical model to analyze the role of probiotics and inflammation in necrotizing enterocolitis.] 理由 参考文献を探して 概要 壊死性全腸炎(NEC)は、妊娠の37週間前に生まれた乳児の消化管の深…

ポジティブフィードバックループは線維芽細胞を双安定的に活性化する

So-Young Yeo;...;Seok-Hyung Kim(2018.8, Nature Communications)[A positive feedback loop bi-stably activates fibroblasts] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 線維芽細胞は通常の組織では不活化しているが、創傷治癒の際は爆発的な活性化を示し…

ピロリ菌感染間のCD4+濾胞性ヘルパーT細胞と制御性T細胞の双安定性解析

Andrew Leber;...;Bassaganya-Riera(2016.7, Journal of Theoretical Biology)[Bistability analyses of CD4+ T follicular helper and regulatory cells during Helicobacter pylori infection] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 濾胞性ヘルパーT(Tf…

炎症を介するポジティブフィードバックはHIV組織保護における双安定なふるまいを生み出す。

Aditya Jagarapu;...;Ryan Zurakowski(2019.7, Proc Am Control Conf.)[Positive feedback through inflammation creates bistable behavior in HIV tissue sanctuaries] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 抗レトロウイルス併用療法(cART)は、患者の…

新しい計算機モデルによって、リンパ節におけるケモカイン勾配形成の重要な制御因子とCCL19とACKR4の場所特異的な役割が予想された。

Mohammad Jafarnejad;...;James E. Moore Jr.(2017.10, J Immunol)[A Novel Computational Model Predicts Key Regulators of Chemokine Gradient Formation in Lymph Nodes and Site-Specific Roles for CCL19 and ACKR4] 理由 免疫関係の数理モデル研究を…

英国における口蹄疫流行:拡大パターンと仲介の効果

Neil M. Ferguson;...;Neil M. Ferguson(2001.5, Science)[The Foot-and-Mouth Epidemic in Great Britain: Pattern of Spread and Impact of Interventions] 理由 とあるセミナーで紹介されていた 概要 英国におけるウイルス拡大の最初2ヶ月にわたる最近の…

共通のアンジオテンシン受容体阻害剤はVDR,PPAR,そしてCCR2bを介して免疫系を直接調整する可能性がある

Trevor G Marshall;...;Frances E Marshall (2006.1, BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Common angiotensin receptor blockers may directly modulate the immune system via VDR, PPAR and CCR2b] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medica…

感受性保持者-感染者-感受性保持者のダイナミクスのあるネットワークモデルのペアワイズ近似の促進

Trystan Leng; Matt J.Keeling(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Improving pairwise approximations for network models with susceptible-infected-susceptible dynamics] 理由 自分の専門分野の論文を読もう 概要 感染症拡大のネットワークモデル…

関節リウマチを理解するための定量的予測的なモデリング方法:短いレビュー

Fiona R. Macfarlane;...;Raluca Eftimie(2019.12, Cells)[Quantitative Predictive Modelling Approaches to Understanding Rheumatoid Arthritis: A Brief Review] 理由 自分の研究発表で使う数式化の参考に 概要 関節リウマチは主な公衆衛生の問題である…

自然免疫系の計算機モデリング

Alexandre Bittencourt Pigozzo;...;Marcelo Lobosco(2013.4, BMC Bioinformatics)[On the computational modeling of the innate immune system] 理由 自分の研究関連 概要 近年、ヒトの免疫系(HIS)の数理的、計算機的モデリングへの関心が高まってきた。HI…

牛乳房炎と最適疾患管理:動的プログラミング解析

Tokuharu Sekiya;...;Yoh Iwasa(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[Bovine mastitis and optimal disease management: Dynamic programming analysis] 理由 JTBを読もう 概要 感染症に対処する賢い意思決定は、公衆衛生と同様に畜産、農業の成功にも…

病原体感染によって開始される自己免疫疾患:数理モデル

Akane Hara; Yoh Iwasa(2020.8、Journal of Theoretical Biology)[Autoimmune diseases initiated by pathogen infection: Mathematical modeling] 理由 JTBを読もう 概要 人における多くの不治の病は自己免疫と関係があり、書記にはウイルス感染によって誘…

宿主-ウイルス系の持続におけるウイルスの可塑性の効果

Melinda Choua;...;Juan A.Bonachela(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[The effect of viral plasticity on the persistence of host-virus systems] 理由 JTBを読もう 概要 表現型の可塑性は個人の生存において重要な役割を果たす。微生物の宿主-ウ…

感染やワクチンからの免疫の漸減や上昇のモデリング

Rose-MarieCarlsson;..;GergelyRöst(2020.7, Journal of Theoretical Biology)[Modeling the waning and boosting of immunity from infection or vaccination] 理由 JTBを読もう 概要 自然感染や免疫性獲得に従う免疫は、感染やワクチン接種からの時間とと…

数理モデルによって、マクロファージは黄色ブドウ球菌複製を減らし、殺菌能力における制限がバクテリア除去を限定することが示された。

Alex Best;...;Helen Marriott(Journal of Theoretical Biology 2020.7)[A mathematical model shows macrophages delay Staphylococcus aureus replication, but limitations in microbicidal capacity restrict bacterial clearance] 理由 JTBを読もうキャ…

エボラウイルスに対するワクチン後の免疫反応の開始と維持、そして再活性化のモデル

Irene Balelli;...; Rodolphe Thiébaut(2020.6, Journal of Theoretical Biology)[A model for establishment, maintenance and reactivation of the immune response after vaccination against Ebola virus] 理由 JTBを読もうキャンペーン 概要 東アフリカ…

フェロトーシスのシステム生物学:モデリング法

Anna Konstorum;...;Suzy V.Torti(2020.5, Journal of Theoretical Biology)[Systems biology of ferroptosis: A modeling approach] 理由 JTBを読もうキャンペーン 概要 フェロトーシスは、最近発見された鉄依存的制御の細胞死(RCD)の形態であり、多価不飽…