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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Immunity

熱傷誘導性急性炎症の定量モデル

QianYang;..;Ioannis P.Androulakis(2021.2, Mathematical Biosciences)[A quantitative model of thermal injury-induced acute inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 重度熱傷は不慮の自己による死亡の原因の中で最も多いものである。熱誘導性の全身炎…

免疫系と悪性腫瘍の競合の数理モデル

Marzio Pennisi(2012.6, Computational and Mathematical Methods in Medicine)[A Mathematical Model of Immune-System-Melanoma Competition] 理由 自分の研究関連 概要 活性化OT1細胞傷害性Tリンパ球(CTLs)と抗CD137モノクローナル抗体を組み合わせた複合…

免疫細胞流入とマクロファージ二極化の数理モデルの炎症過程における重要なパラメーターの同定

Marcella Torres;....;Angela M. Reynolds(2019.7, PLoS Comput Biol.)[Identifying important parameters in the inflammatory process with a mathematical model of immune cell influx and macrophage polarization] 理由 自分の研究関連 概要 炎症の状…

縮日振動とパルス:細胞応答と細胞運命決定の協調

Akihiro Isomura, Ryoichiro Kageyama(2014 Development)[Ultradian oscillations and pulses: coordinating cellular responses and cell fate decisions] 理由 自分の研究関連 概要 生物学時計は、個体発生、恒常性そして機能に重要な役割を果たす。近年、…

ウイルス特異的な記憶性CD8 T細胞の恒常的ターンオーバーは確率的に起こり、CD4 T細胞の援助に依存する

Daniel K. Choo;...;Rafi Ahmed(2010.9, J Immunol.)[Homeostatic Turnover of Virus-Specific Memory CD8 T Cells Occurs Stochastically and Is Independent of CD4 T Cell Help] 理由 自分の研究関連 概要 記憶性CD8 T細胞は、Ag非依存的な恒常性維持増殖…

ナイーブT細胞恒常性の決定論モデル・確率モデル

Grant Lythe;...;Carmen Molina‐París(2018.8, Immunological Reviews)[Some deterministic and stochastic mathematical models of naïve T‐cell homeostasis] 理由 自分の研究関連 概要 ヒトは数十年生きる一方で、マウスは数ヶ月しか生きない。これらの長…

T細胞ダイナミクスの定量化:テロメアからDNAラベリングまで

José A. M. Borghans; Rob J. De Boer(2007.3, Immunological reviews)[Quantification of T‐cell dynamics: from telomeres to DNA labeling] 理由 自分の研究関連 概要 免疫学は、従来免疫系やそれらの機能の細胞や分子要素を記述する定性科学であった。ご…

数理モデルから、インフルエンザに対する再起応答における記憶性CD8T細胞集団の役割が解明された

Veronika I. Zarnitsyna;...;Rustom Antia(2016.5, Front Immunol.)[Mathematical Model Reveals the Role of Memory CD8 T Cell Populations in Recall Responses to Influenza] 理由 自分の研究関連 概要 現在のインフルエンザのワクチンは、ワクチンに含…

組織常在T細胞由来のサイトカインは単純ヘルペスウイルス感染細胞を除去する

Pavitra Roychoudhury;...; Joshua T. Schiffer(2020.3, The Journal of Clinical Investigation)[Tissue-resident T cell–derived cytokines eliminate herpes simplex virus-2–infected cells] 理由 自分の研究関連 概要 CD8+とCD4+組織常在性T細胞(Trm細…

炎症促進と炎症抑制シグナルの動的なバランスは疾患を制御し、病理を制限する

Joseph M Cicchese;...;Denise E Kirschner(2018.9, Immunol Rev.)[Dynamic balance of pro- and anti-inflammatory signals controls disease and limits pathology] 理由 自分の研究関連 概要 病原体に対する免疫反応は複雑であり、多くの疾患でよく理解さ…

メカニズム機械学習モデルを用いた日常の発疹症状スコアの個別化予測

Guillem Hurault;...;Reiko J. Tanaka(2020.8, Clinical & Experimental Allergy)[Personalized prediction of daily eczema severity scores using a mechanistic machine learning model] 理由 自分の研究関連 概要 背景 アトピー性皮膚炎(AD)は、炎症と寛…

急性炎症の数理モデルと炎症ストレス下でのガス交換の全肺モデル

Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…

重度の臨床的外傷の脳傷害における神経炎症の数理モデル

Leah E. Vaughan,;...;Jonathan E. Rubin(2018.12, Journal of Neuroinflammation)[A mathematical model of neuroinflammation in severe clinical traumatic brain injury] 理由 自分の研究関連 概要 背景 外傷性脳損傷(TBI)に続く組織損傷の炎症メディエ…

肺の感染と傷害における炎症反応の数理モデルの総説

Sarah B. Minucci;...;Angela M. Reynolds(2020.8, Frontiers in Applied Mathematics and Statistics)[Review of Mathematical Modeling of the Inflammatory Response in Lung Infections and Injuries] 理由 自分の研究関連 概要 ウイルスや細菌感染、構…

急性炎症反応の削減した数理モデル:Ⅰ.抗炎症のモデルの導出と解析

Angela Reynolds;...;G. Bard Ermentrout(2006.2, Journal of Theoretical Biology)[A reduced mathematical model of the acute inflammatory response: I. Derivation of model and analysis of anti-inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 急性炎症反応…

皮膚常在免疫細胞は、健康時の上皮細胞内の分布を能動的に調整する。

Sangbum Park;...;Valentina Greco(2021.1, bioRxiv)[Skin-resident immune cells actively coordinate their distribution with epidermal cells during homeostasis] 理由 ラボSlackで流れてきた 概要 ヒトの器官は、適切な構造と機能を確保する複数種の細…

興奮性媒体としての舌

Gabriel Seiden and Sofia Curland(2015.3, New Journa of Physics)[The tongue as an excitable medium] 理由 これもなんかの論文に引用されてた 概要 地図状舌(GT)は人口の約2%に影響を与える病状であり、ゆっくりした炎症の拡大によって舌の上部を覆う乳…

エンドトキシン攻撃に対する急性炎症反応の数理モデル

Anirban Roy;...;Robert S Parker(2007.1, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING)[A mathematical model of acute inflammatory response to endotoxin challenge] 理由 自分の研究関連 概要 エンドトキシンに対して、体は急性炎症反応を引き起こすこと…

中国江蘇における結核に対する汚染環境の効果のモデリング

Yongli Cai;...;Weiming Wang(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Modelling the effects of the contaminated environments on tuberculosis in Jiangsu, China] 理由 JTBを読もうね 概要 結核(TB)は中国江蘇州においてまだ重要な健康問題である。本…

自然免疫系の双安定ダイナミクスのモデリング

Sarah Kadelka;...;Stanca M. Ciupe(2018.11, Bulletin of Mathematical Biology)[Modeling the Bistable Dynamics of the Innate Immune System] 理由 参考文献を探して 概要 リポポリサッカライドの初期負荷の大きさは、二度目のポリサッカライド負荷を受…

自然免疫の動態モデルにおけるペプチドと線維芽細胞によって逆戻りする不可逆遷移と複雑な安定性

Abulikemu Abudukelimu;...;Hans V. Westerhoff(2020.2, Front. Immunol.)[Complex Stability and an Irrevertible Transition Reverted by Peptide and Fibroblasts in a Dynamic Model of Innate Immunity] 理由 参考文献を探して 概要 ここでは、調節分析…

複雑な酵素駆動的反応ネットワークにおける双安定性を理解する

Gheorghe Craciun;...;Martin Feinberg(2006.6, PNAS)[Understanding bistability in complex enzyme-driven reaction networks] 理由 参考文献を探して 概要 重要な生化学反応ネットワークに存在するかもしれない双安定的かつスイッチ状のふるまいが最近注…

健康と病気のシステム-理論的な枠組み:抽象的なモデルの観点からの炎症と事前準備

Voit EO(2008.9, Mathematical Biosciences)[A systems-theoretical framework for health and disease: inflammation and preconditioning from an abstract modeling point of view.] 理由 参考文献シリーズ 概要 分子生物学における現代の進歩により、細…

数理モデルを用いて壊死性全腸炎におけるプロバイオティクスと炎症の役割を解析する

Arciero JC;...;Rubin JE(2010.4, Plos one)[Using a mathematical model to analyze the role of probiotics and inflammation in necrotizing enterocolitis.] 理由 参考文献を探して 概要 壊死性全腸炎(NEC)は、妊娠の37週間前に生まれた乳児の消化管の深…

ポジティブフィードバックループは線維芽細胞を双安定的に活性化する

So-Young Yeo;...;Seok-Hyung Kim(2018.8, Nature Communications)[A positive feedback loop bi-stably activates fibroblasts] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 線維芽細胞は通常の組織では不活化しているが、創傷治癒の際は爆発的な活性化を示し…

ピロリ菌感染間のCD4+濾胞性ヘルパーT細胞と制御性T細胞の双安定性解析

Andrew Leber;...;Bassaganya-Riera(2016.7, Journal of Theoretical Biology)[Bistability analyses of CD4+ T follicular helper and regulatory cells during Helicobacter pylori infection] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 濾胞性ヘルパーT(Tf…

炎症を介するポジティブフィードバックはHIV組織保護における双安定なふるまいを生み出す。

Aditya Jagarapu;...;Ryan Zurakowski(2019.7, Proc Am Control Conf.)[Positive feedback through inflammation creates bistable behavior in HIV tissue sanctuaries] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 抗レトロウイルス併用療法(cART)は、患者の…

新しい計算機モデルによって、リンパ節におけるケモカイン勾配形成の重要な制御因子とCCL19とACKR4の場所特異的な役割が予想された。

Mohammad Jafarnejad;...;James E. Moore Jr.(2017.10, J Immunol)[A Novel Computational Model Predicts Key Regulators of Chemokine Gradient Formation in Lymph Nodes and Site-Specific Roles for CCL19 and ACKR4] 理由 免疫関係の数理モデル研究を…

英国における口蹄疫流行:拡大パターンと仲介の効果

Neil M. Ferguson;...;Neil M. Ferguson(2001.5, Science)[The Foot-and-Mouth Epidemic in Great Britain: Pattern of Spread and Impact of Interventions] 理由 とあるセミナーで紹介されていた 概要 英国におけるウイルス拡大の最初2ヶ月にわたる最近の…

共通のアンジオテンシン受容体阻害剤はVDR,PPAR,そしてCCR2bを介して免疫系を直接調整する可能性がある

Trevor G Marshall;...;Frances E Marshall (2006.1, BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Common angiotensin receptor blockers may directly modulate the immune system via VDR, PPAR and CCR2b] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medica…