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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Immunity

炎症の解消における空間的考慮:実験的に調整したエージェントベースモデルを介した白血球相互作用の解明

Bayani A;...; Nelson MR (2020.11, PLoS Comput Biol)[Spatial considerations in the resolution of inflammation: Elucidating leukocyte interactions via an experimentally-calibrated agent-based model.] 理由 自分の研究関連 概要 多くの一般的な病…

LPS刺激されたTreg細胞とIL-10によるヒトIL-10誘導性好中球の誘導

Lewkowicz N;..; Lewkowicz P.(2016.3, Mucosal Immunol.) [Induction of human IL-10-producing neutrophils by LPS-stimulated Treg cells and IL-10.] 理由 博論の参考文献 概要 最近の証拠から、微生物感染中の好中球が果たす意外な抑制的な役割が解明さ…

変形性関節症軟骨におけるサイトカイン、MMPs、フィブロネクチン断片の数理モデリング

Baker M, Brook BS, Owen MR. (2017.10, J Math Biol.)[Mathematical modelling of cytokines, MMPs and fibronectin fragments in osteoarthritic cartilage] 理由 博論の参考文献 概要 変形性関節症軟骨(OA)とは、関節に痛みとこわばりを生じる変性疾患で…

マクロファージにおける炎症性と抗炎症性シグナリングの数理モデリング

Maiti S;...;Jayaraman A.(2014.12, Processes)[Mathematical Modeling of Pro- and Anti-Inflammatory Signaling in Macrophages] 理由 博論の参考文献 概要 炎症とは、たいてい傷害や感染がきっかけである有益なメカニズムであり、体に恒常性を取り戻すう…

炎症促進と炎症抑制シグナルの動的なバランスが疾患を制御し、病状を制限する

Joseph M. Cicchese;...;Denise E. Kirschner(2018.9, Immunol Rev.)[Dynamic balance of pro- and anti-inflammatory signals controls disease and limits pathology] 理由 博論の参考文献 概要 病原体に対する免疫反応は複雑であり、多くの疾患、特に持続…

慢性疾患における急性重症度変化の一般リスクマーカーとしての回復緩和

Marcel G. M. Olde Rikkert.;...;Marten Scheffer(2016.3, Critical Care Medicine)[Slowing Down of Recovery as Generic Risk Marker for Acute Severity Transitions in Chronic Diseases] 理由 こないだ読んだ論文で引用されてたやつ 概要 目的 喘息、心…

免疫反応の基本的な数理モデル

H. Mayer, K. S. ;...; Heiden(1995, Chaos)[A basic mathematical model of the immune response] 理由 ラボで紹介されてたので 概要 細菌やウイルス、抗原や腫瘍細胞のような標的集団と免疫系の相互作用は、動的過程と考えられるべきである。この過程を二…

肺血症やSIRSのような外傷後重篤疾患における生理的分類、重症度分類、サイトカイン精巧化との関係、予後予測

Rixen, Dieter;...;Herman P. MPhil(1996.10, The Journal of Trauma)["Sepsis/SIRS," Physiologic Classification, Severity Stratification, Relation to Cytokine Elaboration and Outcome Prediction in Posttrauma Critical Illness] 理由 自分の関連論…

急性炎症の動的な知見を表すエージェントベースのマルチスケールモジュール構造の紹介

Gary An(2008.5, Theoretical Biology and Medical Modelling)[Introduction of an agent-based multi-scale modular architecture for dynamic knowledge representation of acute inflammation] 理由 こないだ読んだ論文の参照文献 概要 背景 生物医学研究…

炎症の力学シミュレーション:近況と展望

Yoram Vodovotz;...;Gary Anbg(2009.1, Mathematical Biosciences)[Mechanistic simulations of inflammation: Current state and future prospects] 理由 こないだ読んだ論文で引用されてた 概要 炎症は標準かつ頑健な生理過程である。炎症は、自己免疫疾患…

動的な疾患:非線形ダイナミクスと医学の挑戦

Leon Glass(2015.3, Chaos)[Dynamical disease: Challenges for nonlinear dynamics and medicine] 理由 指導教官が紹介してくれた 概要 動的な疾患とは、いくつかの体の機能のダイナミクスの顕著な変化と関連する病気のことである。生理学的システムの数理…

熱傷誘導性急性炎症の定量モデル

QianYang;..;Ioannis P.Androulakis(2021.2, Mathematical Biosciences)[A quantitative model of thermal injury-induced acute inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 重度熱傷は不慮の自己による死亡の原因の中で最も多いものである。熱誘導性の全身炎…

免疫系と悪性腫瘍の競合の数理モデル

Marzio Pennisi(2012.6, Computational and Mathematical Methods in Medicine)[A Mathematical Model of Immune-System-Melanoma Competition] 理由 自分の研究関連 概要 活性化OT1細胞傷害性Tリンパ球(CTLs)と抗CD137モノクローナル抗体を組み合わせた複合…

免疫細胞流入とマクロファージ二極化の数理モデルの炎症過程における重要なパラメーターの同定

Marcella Torres;....;Angela M. Reynolds(2019.7, PLoS Comput Biol.)[Identifying important parameters in the inflammatory process with a mathematical model of immune cell influx and macrophage polarization] 理由 自分の研究関連 概要 炎症の状…

縮日振動とパルス:細胞応答と細胞運命決定の協調

Akihiro Isomura, Ryoichiro Kageyama(2014 Development)[Ultradian oscillations and pulses: coordinating cellular responses and cell fate decisions] 理由 自分の研究関連 概要 生物学時計は、個体発生、恒常性そして機能に重要な役割を果たす。近年、…

ウイルス特異的な記憶性CD8 T細胞の恒常的ターンオーバーは確率的に起こり、CD4 T細胞の援助に依存する

Daniel K. Choo;...;Rafi Ahmed(2010.9, J Immunol.)[Homeostatic Turnover of Virus-Specific Memory CD8 T Cells Occurs Stochastically and Is Independent of CD4 T Cell Help] 理由 自分の研究関連 概要 記憶性CD8 T細胞は、Ag非依存的な恒常性維持増殖…

ナイーブT細胞恒常性の決定論モデル・確率モデル

Grant Lythe;...;Carmen Molina‐París(2018.8, Immunological Reviews)[Some deterministic and stochastic mathematical models of naïve T‐cell homeostasis] 理由 自分の研究関連 概要 ヒトは数十年生きる一方で、マウスは数ヶ月しか生きない。これらの長…

T細胞ダイナミクスの定量化:テロメアからDNAラベリングまで

José A. M. Borghans; Rob J. De Boer(2007.3, Immunological reviews)[Quantification of T‐cell dynamics: from telomeres to DNA labeling] 理由 自分の研究関連 概要 免疫学は、従来免疫系やそれらの機能の細胞や分子要素を記述する定性科学であった。ご…

数理モデルから、インフルエンザに対する再起応答における記憶性CD8T細胞集団の役割が解明された

Veronika I. Zarnitsyna;...;Rustom Antia(2016.5, Front Immunol.)[Mathematical Model Reveals the Role of Memory CD8 T Cell Populations in Recall Responses to Influenza] 理由 自分の研究関連 概要 現在のインフルエンザのワクチンは、ワクチンに含…

組織常在T細胞由来のサイトカインは単純ヘルペスウイルス感染細胞を除去する

Pavitra Roychoudhury;...; Joshua T. Schiffer(2020.3, The Journal of Clinical Investigation)[Tissue-resident T cell–derived cytokines eliminate herpes simplex virus-2–infected cells] 理由 自分の研究関連 概要 CD8+とCD4+組織常在性T細胞(Trm細…

炎症促進と炎症抑制シグナルの動的なバランスは疾患を制御し、病理を制限する

Joseph M Cicchese;...;Denise E Kirschner(2018.9, Immunol Rev.)[Dynamic balance of pro- and anti-inflammatory signals controls disease and limits pathology] 理由 自分の研究関連 概要 病原体に対する免疫反応は複雑であり、多くの疾患でよく理解さ…

メカニズム機械学習モデルを用いた日常の発疹症状スコアの個別化予測

Guillem Hurault;...;Reiko J. Tanaka(2020.8, Clinical & Experimental Allergy)[Personalized prediction of daily eczema severity scores using a mechanistic machine learning model] 理由 自分の研究関連 概要 背景 アトピー性皮膚炎(AD)は、炎症と寛…

急性炎症の数理モデルと炎症ストレス下でのガス交換の全肺モデル

Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…

重度の臨床的外傷の脳傷害における神経炎症の数理モデル

Leah E. Vaughan,;...;Jonathan E. Rubin(2018.12, Journal of Neuroinflammation)[A mathematical model of neuroinflammation in severe clinical traumatic brain injury] 理由 自分の研究関連 概要 背景 外傷性脳損傷(TBI)に続く組織損傷の炎症メディエ…

肺の感染と傷害における炎症反応の数理モデルの総説

Sarah B. Minucci;...;Angela M. Reynolds(2020.8, Frontiers in Applied Mathematics and Statistics)[Review of Mathematical Modeling of the Inflammatory Response in Lung Infections and Injuries] 理由 自分の研究関連 概要 ウイルスや細菌感染、構…

急性炎症反応の削減した数理モデル:Ⅰ.抗炎症のモデルの導出と解析

Angela Reynolds;...;G. Bard Ermentrout(2006.2, Journal of Theoretical Biology)[A reduced mathematical model of the acute inflammatory response: I. Derivation of model and analysis of anti-inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 急性炎症反応…

皮膚常在免疫細胞は、健康時の上皮細胞内の分布を能動的に調整する。

Sangbum Park;...;Valentina Greco(2021.1, bioRxiv)[Skin-resident immune cells actively coordinate their distribution with epidermal cells during homeostasis] 理由 ラボSlackで流れてきた 概要 ヒトの器官は、適切な構造と機能を確保する複数種の細…

興奮性媒体としての舌

Gabriel Seiden and Sofia Curland(2015.3, New Journa of Physics)[The tongue as an excitable medium] 理由 これもなんかの論文に引用されてた 概要 地図状舌(GT)は人口の約2%に影響を与える病状であり、ゆっくりした炎症の拡大によって舌の上部を覆う乳…

エンドトキシン攻撃に対する急性炎症反応の数理モデル

Anirban Roy;...;Robert S Parker(2007.1, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING)[A mathematical model of acute inflammatory response to endotoxin challenge] 理由 自分の研究関連 概要 エンドトキシンに対して、体は急性炎症反応を引き起こすこと…

中国江蘇における結核に対する汚染環境の効果のモデリング

Yongli Cai;...;Weiming Wang(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Modelling the effects of the contaminated environments on tuberculosis in Jiangsu, China] 理由 JTBを読もうね 概要 結核(TB)は中国江蘇州においてまだ重要な健康問題である。本…