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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Mathematical model in Immunity

自然免疫系の双安定ダイナミクスのモデリング

Sarah Kadelka;...;Stanca M. Ciupe(2018.11, Bulletin of Mathematical Biology)[Modeling the Bistable Dynamics of the Innate Immune System] 理由 参考文献を探して 概要 リポポリサッカライドの初期負荷の大きさは、二度目のポリサッカライド負荷を受…

自然免疫の動態モデルにおけるペプチドと線維芽細胞によって逆戻りする不可逆遷移と複雑な安定性

Abulikemu Abudukelimu;...;Hans V. Westerhoff(2020.2, Front. Immunol.)[Complex Stability and an Irrevertible Transition Reverted by Peptide and Fibroblasts in a Dynamic Model of Innate Immunity] 理由 参考文献を探して 概要 ここでは、調節分析…

複雑な酵素駆動的反応ネットワークにおける双安定性を理解する

Gheorghe Craciun;...;Martin Feinberg(2006.6, PNAS)[Understanding bistability in complex enzyme-driven reaction networks] 理由 参考文献を探して 概要 重要な生化学反応ネットワークに存在するかもしれない双安定的かつスイッチ状のふるまいが最近注…

健康と病気のシステム-理論的な枠組み:抽象的なモデルの観点からの炎症と事前準備

Voit EO(2008.9, Mathematical Biosciences)[A systems-theoretical framework for health and disease: inflammation and preconditioning from an abstract modeling point of view.] 理由 参考文献シリーズ 概要 分子生物学における現代の進歩により、細…

数理モデルを用いて壊死性全腸炎におけるプロバイオティクスと炎症の役割を解析する

Arciero JC;...;Rubin JE(2010.4, Plos one)[Using a mathematical model to analyze the role of probiotics and inflammation in necrotizing enterocolitis.] 理由 参考文献を探して 概要 壊死性全腸炎(NEC)は、妊娠の37週間前に生まれた乳児の消化管の深…

ポジティブフィードバックループは線維芽細胞を双安定的に活性化する

So-Young Yeo;...;Seok-Hyung Kim(2018.8, Nature Communications)[A positive feedback loop bi-stably activates fibroblasts] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 線維芽細胞は通常の組織では不活化しているが、創傷治癒の際は爆発的な活性化を示し…

ピロリ菌感染間のCD4+濾胞性ヘルパーT細胞と制御性T細胞の双安定性解析

Andrew Leber;...;Bassaganya-Riera(2016.7, Journal of Theoretical Biology)[Bistability analyses of CD4+ T follicular helper and regulatory cells during Helicobacter pylori infection] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 濾胞性ヘルパーT(Tf…

炎症を介するポジティブフィードバックはHIV組織保護における双安定なふるまいを生み出す。

Aditya Jagarapu;...;Ryan Zurakowski(2019.7, Proc Am Control Conf.)[Positive feedback through inflammation creates bistable behavior in HIV tissue sanctuaries] 理由 参考文献になりそうだったので 概要 抗レトロウイルス併用療法(cART)は、患者の…

新しい計算機モデルによって、リンパ節におけるケモカイン勾配形成の重要な制御因子とCCL19とACKR4の場所特異的な役割が予想された。

Mohammad Jafarnejad;...;James E. Moore Jr.(2017.10, J Immunol)[A Novel Computational Model Predicts Key Regulators of Chemokine Gradient Formation in Lymph Nodes and Site-Specific Roles for CCL19 and ACKR4] 理由 免疫関係の数理モデル研究を…

英国における口蹄疫流行:拡大パターンと仲介の効果

Neil M. Ferguson;...;Neil M. Ferguson(2001.5, Science)[The Foot-and-Mouth Epidemic in Great Britain: Pattern of Spread and Impact of Interventions] 理由 とあるセミナーで紹介されていた 概要 英国におけるウイルス拡大の最初2ヶ月にわたる最近の…

共通のアンジオテンシン受容体阻害剤はVDR,PPAR,そしてCCR2bを介して免疫系を直接調整する可能性がある

Trevor G Marshall;...;Frances E Marshall (2006.1, BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Common angiotensin receptor blockers may directly modulate the immune system via VDR, PPAR and CCR2b] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medica…

感受性保持者-感染者-感受性保持者のダイナミクスのあるネットワークモデルのペアワイズ近似の促進

Trystan Leng; Matt J.Keeling(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Improving pairwise approximations for network models with susceptible-infected-susceptible dynamics] 理由 自分の専門分野の論文を読もう 概要 感染症拡大のネットワークモデル…

関節リウマチを理解するための定量的予測的なモデリング方法:短いレビュー

Fiona R. Macfarlane;...;Raluca Eftimie(2019.12, Cells)[Quantitative Predictive Modelling Approaches to Understanding Rheumatoid Arthritis: A Brief Review] 理由 自分の研究発表で使う数式化の参考に 概要 関節リウマチは主な公衆衛生の問題である…

自然免疫系の計算機モデリング

Alexandre Bittencourt Pigozzo;...;Marcelo Lobosco(2013.4, BMC Bioinformatics)[On the computational modeling of the innate immune system] 理由 自分の研究関連 概要 近年、ヒトの免疫系(HIS)の数理的、計算機的モデリングへの関心が高まってきた。HI…

牛乳房炎と最適疾患管理:動的プログラミング解析

Tokuharu Sekiya;...;Yoh Iwasa(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[Bovine mastitis and optimal disease management: Dynamic programming analysis] 理由 JTBを読もう 概要 感染症に対処する賢い意思決定は、公衆衛生と同様に畜産、農業の成功にも…

病原体感染によって開始される自己免疫疾患:数理モデル

Akane Hara; Yoh Iwasa(2020.8、Journal of Theoretical Biology)[Autoimmune diseases initiated by pathogen infection: Mathematical modeling] 理由 JTBを読もう 概要 人における多くの不治の病は自己免疫と関係があり、書記にはウイルス感染によって誘…

宿主-ウイルス系の持続におけるウイルスの可塑性の効果

Melinda Choua;...;Juan A.Bonachela(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[The effect of viral plasticity on the persistence of host-virus systems] 理由 JTBを読もう 概要 表現型の可塑性は個人の生存において重要な役割を果たす。微生物の宿主-ウ…

感染やワクチンからの免疫の漸減や上昇のモデリング

Rose-MarieCarlsson;..;GergelyRöst(2020.7, Journal of Theoretical Biology)[Modeling the waning and boosting of immunity from infection or vaccination] 理由 JTBを読もう 概要 自然感染や免疫性獲得に従う免疫は、感染やワクチン接種からの時間とと…

数理モデルによって、マクロファージは黄色ブドウ球菌複製を減らし、殺菌能力における制限がバクテリア除去を限定することが示された。

Alex Best;...;Helen Marriott(Journal of Theoretical Biology 2020.7)[A mathematical model shows macrophages delay Staphylococcus aureus replication, but limitations in microbicidal capacity restrict bacterial clearance] 理由 JTBを読もうキャ…

エボラウイルスに対するワクチン後の免疫反応の開始と維持、そして再活性化のモデル

Irene Balelli;...; Rodolphe Thiébaut(2020.6, Journal of Theoretical Biology)[A model for establishment, maintenance and reactivation of the immune response after vaccination against Ebola virus] 理由 JTBを読もうキャンペーン 概要 東アフリカ…

フェロトーシスのシステム生物学:モデリング法

Anna Konstorum;...;Suzy V.Torti(2020.5, Journal of Theoretical Biology)[Systems biology of ferroptosis: A modeling approach] 理由 JTBを読もうキャンペーン 概要 フェロトーシスは、最近発見された鉄依存的制御の細胞死(RCD)の形態であり、多価不飽…

ガン誘導性免疫抑制によって、双安定性を介した免疫治療の有効性が可能になる:数理モデルと計算機的試験

Victor Garcia;..; FengFu(2020.5, Journal of Theoretical Biology)[Cancer-induced immunosuppression can enable effectiveness of immunotherapy through bistability generation: A mathematical and computational examination] 理由 JTBを読もうキャ…

悪性腫瘍の計算機モデル達

Marco Albrecht;,,,;Thomas Sauter(BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Computational models of melanoma] 理由 よく読む論文雑誌の最近のやつ 概要 遺伝子やタンパク質、細胞は相互に影響しあい、結果的にパターンを作る。このパターンは実験…

急性炎症反応における概日リズムの影響のモデリング

Jeremy D.Scheff;...;Ioannis P.Androulakis(2010.6, Journal of Theoretical Biology)[Modeling the influence of circadian rhythms on the acute inflammatory response] 理由 なんか溜まってたやつ 概要 炎症の理解に向けて多種多様なモデリング技術が適…

炎症過程としてモデル化されたアテローム性動脈硬化の開始

N. El Khatib;...;V. Volpert(2007, Math. Model. Nat. Phenom)[Atherosclerosis Initiation Modeled as an Inflammatory Process] 理由 Volpertにのってたやつ 概要 本研究では、アテローム性動脈硬化の発生を引き起こす炎症過程を研究する。反応拡散系に基…

ウイルス性動物原性感染症の炎症反応におけるサイトカイン動態のモデル

Wenjing Zhang;...;Linda J S Allen(2019.9, Math Med Biol.)[Models of cytokine dynamics in the inflammatory response of viral zoonotic infectious diseases] 理由 炎症促進と抑制の相互作用を知りたくて 概要 鳥インフルエンザやハンタウイルス、そし…

言語埋め込み法を用いる微生物言語の解読と炎症性腸疾患における応用

Christine A. Tataru ,Maude M. David(2020.5, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY)[Decoding the language of microbiomes using word-embedding techniques, and applications in inflammatory bowel disease] 理由 ラボで紹介されてた論文 概要 微生物はヒトの疾…

HIVによる細胞間感染はウイルス感染の半年間に寄与する

Shingo Iwami;...; Kei Sato(2015.10, Elife)[Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章16. 「ウイルス感染の数理科学的理解」の参考文献 概要 細胞間感染とは非感染細胞に囲まれている…

細胞外マトリックス分解と血管新生に関する数理的研究

Minerva, Dhisa(2016.9, 博士論文)[Mathematical Studies on ECM Degradation and Angiogenesis] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章6. 「高次現象のシミュレーション法」の参考文献 概要 本研究は2つのトピックから成る。1つ目は、癌浸潤に関連する細胞外…

UGM:大規模複数検査問題のより安定な過程と癌原遺伝子の同定の新しい解決法

Chengyou Liu;...;Hang Qin, Yong Ding & Hongbing Jiang(2019.12, Theoretical Biology and Medical Modelling)[UGM: a more stable procedure for large-scale multiple testing problems, new solutions to identify oncogene] 理由 TBMM読もうキャンペー…