これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Pattern formation

モジホコリの輸送ネットワークの近似におけるパターン形成と進化の特徴

Jeff Jones(2010.4, Artificial Life)[Characteristics of Pattern Formation and Evolution in Approximations of Physarum Transport Networks] 理由 アリの輸送ネットワークの論文を紹介したら、後輩が教えてくれた 概要 パターン形成の多くの研究は、複…

アリの輸送ネットワークの構造と形成

Tanya Latty;...;Martin Middendorf(2011.2, J. R. Soc. Interface)[Structure and formation of ant transportation networks] 理由 助教が教えてくれた面白そうな論文 概要 多くの生物システムは物資や情報の輸送に大規模なネットワークを使う。アリも例外…

チューリングパタン形成の非線形解析

Yanyan Chen,Javier Buceta(2019.8, PLOS ONE)[A non-linear analysis of Turing pattern formation] 理由 パタン形成の復習 概要 反応拡散案は多様な分野で現象をモデル化し解釈するのに広く用いられている。この文脈で、チューリング不安定性で駆動される…

つるばら"Red Queen"の茎のトゲの空間パタンの発見とパタンの数理モデル

Kazuaki Amikura;...;Miho S. Kitazawa (2021.7, Scientific Reports)[Discovery of spatial pattern of prickles on stem of Rosa hybrida ‘Red Queen’ and mathematical model of the pattern] 理由 昔bioRxiv版を論文紹介したやつが査読を通ったようなの…

テクスチャ合成に対する応用反応拡散モデル

Allen R. Sanderson;...;Lingfa Yang(2006, Journal of Graphics Tools )[Advanced Reaction-Diffusion Models for Texture Synthesis] 理由 反応拡散の復習 概要 1990年代初頭に反応拡散モデルを用いたテクスチャ号合成が導入されてから、それはまだ広く活…

脊椎動物の皮膚パターンの局所的な促進-抑制モデル

David A.Young(1984.11, Mathematical Biosciences)[A local activator-inhibitor model of vertebrate skin patterns] 理由 自分の研究関連 概要 脊椎動物の皮膚パターンのモデルは、2種類の拡散性因子(促進因子と抑制因子)を産生する分化した(色のある)色…

自然から人工へのカモフラージュ:要素とシステム

Yang Li and Nikolaus Correll(2018.9, bioRxiv)[From Natural to Artificial Camouflage: Components and Systems] 理由 色の変化とかパターンについて調べてて見つけた 概要 作動、受容そして分散コンピューティングを含む生物に誘発される人工カモフラー…

マクロファージは後胚期の組織再構成の間に長距離シグナリングを中継する

Dae Seok Eom; David M. Parichy(2017.3, Science)[A macrophage relay for long-distance signaling during postembryonic tissue remodeling] 理由 パタン形成と免疫の関係で面白そうだったので 概要 マクロファージは免疫だけでなく、発生や恒常性におい…

目立つ体と尻尾の色を持つトカゲにおける真皮色素胞の超構造

Takeo Kuriyama;...;Masami Hasegawa(2006.9, Zoolog Sci.)[Ultrastructure of the dermal chromatophores in a lizard (Scincidae: Plestiodon latiscutatus) with conspicuous body and tail coloration] 理由 自分の研究と関連しそうなので 概要 身体に縞…

Gray-Scottモデルにおける電場誘導性空間パターン形成の多様な性質を解明する

Amitava Giri and Sandip Kar(2019.3, The Journal of Chemical Physics)[Unraveling the diverse nature of electric field induced spatial pattern formation in Gray-Scott model] 理由 ラボSlackに来た・・っけ? 概要 イオン性反応物と自己触媒で構成…

大量処理数理解析によって、等しく拡散するシグナルを持つパターニングのチューリングネットワークが見つかった。

Luciano Marcon;..; Patrick Müller()2016.4, eLife)[High-throughput mathematical analysis identifies Turing networks for patterning with equally diffusing signals] 理由 自分の研究関連 概要 チューリング反応拡散モデルから、同一の細胞がどのよう…

木は同じ分岐角度をもつか?

Robert M.Beyer;...;HansPretzsch(2021.3, Journal of Theoretical Biology)[Do trees have constant branch divergence angles?] 理由 気になったやつ 概要 多くの草本植物の特徴は中心の軸に沿った側方器官の驚くほど規則的な配置である。これらの葉序パタ…

Hox遺伝子は、成体の動物における無性的生殖行動と組織分節化を制御する

Christopher P. Arnold;...;Alejandro Sánchez Alvarado(2021.1, bioRxiv)[Hox genes regulate asexual reproductive behavior and tissue segmentation in adult animals] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 Hox遺伝子は、胚の前後(A/P)軸の分節パターニ…

体節化の時間と場所

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

後生動物の進化と発生における対称性の変換

Valeria V. Isaeva;...;Nickolay V. Kasyanov (2021.1, Symmetry)[Symmetry Transformations in Metazoan Evolution and Development] 理由 ラボSlackに流れ着いたやつ 概要 この総説では、後生動物の進化と発生、遺伝的基盤そして異なる軸のボディプランの…

空間的な相関は、角膜上皮の恒常性における細胞の寿命とパターン形成を拘束する

Lior Strinkovsky;...; Yonatan Savir(2021.1, eLife)[Spatial correlations constrain cellular lifespan and pattern formation in corneal epithelium homeostasis] 理由 Slackで流れてきたんだっけな 概要 成体組織における恒常性は、幹細胞やそれらの前…

警告色の被食者の被食-捕食系におけるダイナミクスと時空間パターン

Sourav Kumar Sasmal;...;Yasuhiro Takeuchi(2019.5, Mathematical Biosciences and Engineering)[Dynamics and spatio-temporal patterns in a prey–predator system with aposematic prey] 理由 警告色が面白いなって思って探したやつ 概要 被食者の警告時…

動物の色素パターンを生成するメカニズムの理論解析

Shigeru Kondo; Hideaki Shirota(2008.10, Seminars in Cell & Developmental Biology)[Theoretical analysis of mechanisms that generate the pigmentation pattern of animals] 理由 パターン形成は楽しいね 概要 動物の皮膚色素パターン形成のメカニズム…

表現形変化を生み出す発生ノイズの役割の解明と定量化

Maria Kiskowski;...;Ylenia Chiari(2018.6, bioRxiv)[Isolating and Quantifying the Role ofDevelopmental Noise in Generating Phenotypic Variation] 理由 パターン形成は面白いね 概要 生物における表現形の変化は、典型的にゲノムの変化や環境の変化、…

色素遺伝子発現における変異は、毒ガエルであるマダラヤドクガエルにおける直接の警告色と関係がある

Adam M. M. Stuckert;...;Kyle Summers (2019.4, BMC Evolutionary Biology)[Variation in pigmentation gene expression is associated with distinct aposematic color morphs in the poison frog Dendrobates auratus] 理由 どこかで見つけた論文 概要 背…

興奮性媒体としての舌

Gabriel Seiden and Sofia Curland(2015.3, New Journa of Physics)[The tongue as an excitable medium] 理由 これもなんかの論文に引用されてた 概要 地図状舌(GT)は人口の約2%に影響を与える病状であり、ゆっくりした炎症の拡大によって舌の上部を覆う乳…

スケール間イメージングによって解明された螺旋核形成における対称性の破れを起こす細胞理論

Yusuke Hara;..;Takeharu Nagai(2020.6, bioRxiv)[Cellular logics bringing the symmetry breaking in spiral nucleation revealed by trans-scale imaging] 理由 自分が参考文献にしている論文を引用している文献を見つけたので 概要 多様なシグナル伝達系…

グルタミン酸の自己組織的な複数のリング形成と匍行性迂回状紅斑との関係の可能性

Derek Michael Forrester (2015.3, Medical Hypotheses)[Self-assembled multi-ring formations of glutamine and a possible link to erythema gyratum repens] 理由 自分の研究関連 概要 体内には多量のL-グルタミンがあり、細胞の増殖に必要である。実際…

チューリングと3Dバーテックスモデルを組み合わせることで、うねりや管状、分岐のある自律的な形態形成が再現される

Satoru Okuda;...;Mototsugu Eiraku(2018.2, Scientific Reports )[Combining Turing and 3D vertex models reproduces autonomous multicellular morphogenesis with undulation, tubulation, and branching] 理由 セミナーでちょっと出てきた 概要 本研究…

ネコにおける色パターンの確立に発生遺伝学

Christopher B. Kaelin;...;Gregory S. Barsh(2020.11, bioRxiv)[Developmental Genetics of Color Pattern Establishment in Cats] 理由 Twitterで流れてきた 概要 複雑な色パターンは、ネコ科における形態的多様性の定義された側面である。形態学的と1細胞…

パターンの混ぜ合わせによって動物の配色の多様性を豊かにする

Seita Miyazawa(2020.12, Science Advances )[Pattern blending enriches the diversity of animal colorations] 理由 Twitterで流れてきたので 概要 動物は、鮮やかな多様な皮膚のパターンを示すが、この多様性の根底にあるメカニズムは、特に複雑かつ迷彩…

オーキシンとPIN1間の成熟した相互作用によって生成される葉序パターンの空間的に規則的な制御

Hironori Fujita;...;Masayoshi Kawaguchi(2018.4 PLOS Comp)[Spatial regularity control of phyllotaxis pattern generated by the mutual interaction between auxin and PIN1] 理由 これもラボSlackかなぁ 概要 葉序は、植物の茎での葉の配列であり、そ…

遺伝的に同質化された季節性色パターンのゲノム構造

Karin R. L. van der Burg;...;Robert D. Reed(2020.11, Science)[Genomic architecture of a genetically assimilated seasonal color pattern] 理由 Twitterかなんかで流れてきたんじゃなかろうか 概要 発生的可塑性によって、ゲノムは環境の刺激に応答し…

枝分かれの場所での木目パターン:モデリングと解釈

Eric M. Kramer & Michael H. Borkowski(2004.7, Trees)[Wood grain patterns at branch junctions: modeling and implications] 理由 木目のパターンが気になったので 概要 2つの木の分岐間の接点の木目パターン形成の最近のモデルを用いる。モデルのシミュ…

カメの甲羅における周期的なパターニングの起源と喪失

Jacqueline E. Moustakas-Verho,;...;Scott F. Gilbert(2014 Development)[The origin and loss of periodic patterning in the turtle shell] 理由 ラボSlackに落ちてたやつ 概要 20億年前のカメの甲羅の起源は、羊膜類のボディプランを徐々に修正してきた…