これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Pattern formation

Hox遺伝子は、成体の動物における無性的生殖行動と組織分節化を制御する

Christopher P. Arnold;...;Alejandro Sánchez Alvarado(2021.1, bioRxiv)[Hox genes regulate asexual reproductive behavior and tissue segmentation in adult animals] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 Hox遺伝子は、胚の前後(A/P)軸の分節パターニ…

体節化の時間と場所

Erik Clark(2020.12, bioRxiv)[Time and Space in Segmentation] 理由 ラボSlackに来たやつ 概要 節足動物の体節化と脊椎動物の体節形成は、発生のパターニングの実験と理論の疑問における主要分野である。しかしながら、最近の研究が複雑化してきたにも関わ…

後生動物の進化と発生における対称性の変換

Valeria V. Isaeva;...;Nickolay V. Kasyanov (2021.1, Symmetry)[Symmetry Transformations in Metazoan Evolution and Development] 理由 ラボSlackに流れ着いたやつ 概要 この総説では、後生動物の進化と発生、遺伝的基盤そして異なる軸のボディプランの…

空間的な相関は、角膜上皮の恒常性における細胞の寿命とパターン形成を拘束する

Lior Strinkovsky;...; Yonatan Savir(2021.1, eLife)[Spatial correlations constrain cellular lifespan and pattern formation in corneal epithelium homeostasis] 理由 Slackで流れてきたんだっけな 概要 成体組織における恒常性は、幹細胞やそれらの前…

警告色の被食者の被食-捕食系におけるダイナミクスと時空間パターン

Sourav Kumar Sasmal;...;Yasuhiro Takeuchi(2019.5, Mathematical Biosciences and Engineering)[Dynamics and spatio-temporal patterns in a prey–predator system with aposematic prey] 理由 警告色が面白いなって思って探したやつ 概要 被食者の警告時…

動物の色素パターンを生成するメカニズムの理論解析

Shigeru Kondo; Hideaki Shirota(2008.10, Seminars in Cell & Developmental Biology)[Theoretical analysis of mechanisms that generate the pigmentation pattern of animals] 理由 パターン形成は楽しいね 概要 動物の皮膚色素パターン形成のメカニズム…

表現形変化を生み出す発生ノイズの役割の解明と定量化

Maria Kiskowski;...;Ylenia Chiari(2018.6, bioRxiv)[Isolating and Quantifying the Role ofDevelopmental Noise in Generating Phenotypic Variation] 理由 パターン形成は面白いね 概要 生物における表現形の変化は、典型的にゲノムの変化や環境の変化、…

色素遺伝子発現における変異は、毒ガエルであるマダラヤドクガエルにおける直接の警告色と関係がある

Adam M. M. Stuckert;...;Kyle Summers (2019.4, BMC Evolutionary Biology)[Variation in pigmentation gene expression is associated with distinct aposematic color morphs in the poison frog Dendrobates auratus] 理由 どこかで見つけた論文 概要 背…

興奮性媒体としての舌

Gabriel Seiden and Sofia Curland(2015.3, New Journa of Physics)[The tongue as an excitable medium] 理由 これもなんかの論文に引用されてた 概要 地図状舌(GT)は人口の約2%に影響を与える病状であり、ゆっくりした炎症の拡大によって舌の上部を覆う乳…

スケール間イメージングによって解明された螺旋核形成における対称性の破れを起こす細胞理論

Yusuke Hara;..;Takeharu Nagai(2020.6, bioRxiv)[Cellular logics bringing the symmetry breaking in spiral nucleation revealed by trans-scale imaging] 理由 自分が参考文献にしている論文を引用している文献を見つけたので 概要 多様なシグナル伝達系…

グルタミン酸の自己組織的な複数のリング形成と匍行性迂回状紅斑との関係の可能性

Derek Michael Forrester (2015.3, Medical Hypotheses)[Self-assembled multi-ring formations of glutamine and a possible link to erythema gyratum repens] 理由 自分の研究関連 概要 体内には多量のL-グルタミンがあり、細胞の増殖に必要である。実際…

チューリングと3Dバーテックスモデルを組み合わせることで、うねりや管状、分岐のある自律的な形態形成が再現される

Satoru Okuda;...;Mototsugu Eiraku(2018.2, Scientific Reports )[Combining Turing and 3D vertex models reproduces autonomous multicellular morphogenesis with undulation, tubulation, and branching] 理由 セミナーでちょっと出てきた 概要 本研究…

ネコにおける色パターンの確立に発生遺伝学

Christopher B. Kaelin;...;Gregory S. Barsh(2020.11, bioRxiv)[Developmental Genetics of Color Pattern Establishment in Cats] 理由 Twitterで流れてきた 概要 複雑な色パターンは、ネコ科における形態的多様性の定義された側面である。形態学的と1細胞…

パターンの混ぜ合わせによって動物の配色の多様性を豊かにする

Seita Miyazawa(2020.12, Science Advances )[Pattern blending enriches the diversity of animal colorations] 理由 Twitterで流れてきたので 概要 動物は、鮮やかな多様な皮膚のパターンを示すが、この多様性の根底にあるメカニズムは、特に複雑かつ迷彩…

オーキシンとPIN1間の成熟した相互作用によって生成される葉序パターンの空間的に規則的な制御

Hironori Fujita;...;Masayoshi Kawaguchi(2018.4 PLOS Comp)[Spatial regularity control of phyllotaxis pattern generated by the mutual interaction between auxin and PIN1] 理由 これもラボSlackかなぁ 概要 葉序は、植物の茎での葉の配列であり、そ…

遺伝的に同質化された季節性色パターンのゲノム構造

Karin R. L. van der Burg;...;Robert D. Reed(2020.11, Science)[Genomic architecture of a genetically assimilated seasonal color pattern] 理由 Twitterかなんかで流れてきたんじゃなかろうか 概要 発生的可塑性によって、ゲノムは環境の刺激に応答し…

枝分かれの場所での木目パターン:モデリングと解釈

Eric M. Kramer & Michael H. Borkowski(2004.7, Trees)[Wood grain patterns at branch junctions: modeling and implications] 理由 木目のパターンが気になったので 概要 2つの木の分岐間の接点の木目パターン形成の最近のモデルを用いる。モデルのシミュ…

カメの甲羅における周期的なパターニングの起源と喪失

Jacqueline E. Moustakas-Verho,;...;Scott F. Gilbert(2014 Development)[The origin and loss of periodic patterning in the turtle shell] 理由 ラボSlackに落ちてたやつ 概要 20億年前のカメの甲羅の起源は、羊膜類のボディプランを徐々に修正してきた…

上皮器官形態はパターンのあるアクトミオシンの収縮性によって生み出され、細胞外マトリックスによって維持される

Ali Nematbakhsh;...;Mark Alber (2020.8, PLOS Computational biology)[Epithelial organ shape is generated by patterned actomyosin contractility and maintained by the extracellular matrix] 理由 ラボSlackに落ちてたので 概要 上皮シートは発生中…

テントウムシにおける色パターンの発生と進化:ナミテントウの場合

Toshiya Ando; Teruyuki Niimi(2019.1, Develop Growth Differ. )[Development and evolution of color patterns in ladybird beetles: A case study in Harmonia axyridis] 理由 ラボセミナーで紹介されてておもしろそうだったので 概要 多くの生物は体に多…

微小管に基づく方向的なROP分布制限を介した頑健な縞模様の原生木部

Bas Jacobs;...;Eva E.Deinum(2020.10, Journal of Theoretical Biology)[Robust banded protoxylem pattern formation through microtubule-based directional ROP diffusion restriction] 理由 JTBの最近の記事 概要 植物の維管束組織発生において、異なる…

テントウムシのパターンのチューリングモデル

S. S. Liaw;...; T. Hong(2001.9, PHYSICAL REVIEW E,)[Turing model for the patterns of lady beetles] 理由 ラボにテントウムシの図鑑が置いてあったので 概要 特定の種類のチューリングモデルをテントウムシの硬い羽根のパターン形成のシミュレーション…

葉脈パターンを用いる遂行的な建築物覆いシステムの形態形成的方法

Sabri Gokmen(Performative and Interactive Architecture, 2013.9)[A Morphogenetic Approach for Performative Building Envelope Systems Using Leaf Venetian Patterns] 理由 Twitterで流れてきたんだっけか 概要 デザインに基づくパフォーマンスにおけ…

昆布はどのように異なる流動様式に適した形をつくるか:新しいしわ

M. A. R. Koehl:...:L. Mahadevan(Integrative and Comparative Biology, 2008.7)[How kelp produce blade shapes suited to different flow regimes: A new wrinkle] 理由 これも雑談の中で出てきたんじゃなかったか 概要 大型藻類の多くは、急な流れの水に…

アフリカツメガエルにおける二次元モルフォゲン勾配:境界形成とリアルタイム伝達反応

T. Kinoshita;...; J.B. Gurdon(2006.10, Developmental Cell)[Two‐dimensional morphogen gradient in Xenopus: Boundary formation and real‐time transduction response] 理由 ノーベル賞2012年医学生理学賞 概要 モルフォゲン勾配は、胚でのパターン形成…

単細胞トランスクリプトーム解析におけるショウジョウバエ胚

Nikos Karaiskos;...;Robert P. Zinzen(2017.10, Science)[The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution] 理由 数理生物で見つけたやつ 概要 形態形成の開始において、ショウジョウバエ胚は異なる遺伝子の組み合わせを発現する約6000個の…

腹足類の貝殻における成長率の勾配の幾何解析と推定

Koji Noshita;...;TakenoriSasaki(2016.1, Journal of Theoretical Biology)[Geometric analysis and estimation of the growth rate gradient on gastropod shells] 理由 数理生物で話を聞いて面白かったので 概要 腹足類の貝殻の形態によって貝殻の開口部…

パターンのある遺伝子発現はショウジョウバエにおける二極化した平面極性に直結する

Jennifer A Zallen; Eric Wieschaus (2004.3, Developmental cell)[Patterned Gene Expression Directs Bipolar Planar Polarity in Drosophila] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ショウジョウバエにおけ…

ディリクレ領域による細胞パターンの説明:2次元の場合

Hisao Honda(1978.6, Journal of Theoretical Biology)[Description of cellular patterns by Dirichlet domains: The two-dimensional case] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ディリクレ領域による細胞…

ハコフグの装甲の甲羅

鱗甲Wen Yang;...;Joanna McKittrick(2015.9, Acta Biomaterialia)[The armored carapace of the boxfish] 理由 サンプリングに行ったときにハコフグを見てその可愛さに気づいた 概要 ハコフグ(Lactoria cornuta)は、真皮の甲羅で構成される装甲を持つ。これ…