Reaction-Diffusion
Vladimir K. Vanag and Irving R. Epstein(2003.12, PNAS)[Segmented spiral waves in a reaction-diffusion system] 理由 反応拡散系の勉強 概要 反応拡散系におけるパターン形成はしばしば生物の形態形成のメカニズムを想起させる。化学系のパターンは拡大…
Mingzhu Sun;...;Xin Zhao(2017.2, PLOS ONE)[Automated numerical simulation of biological pattern formation based on visual feedback simulation framework] 理由 反応拡散系の勉強 概要 生物のパターン形成における生命現象は実に多様かつ魅力的であ…
Meinhardt H, Gierer A.(2000.8, Bioessays.)[Pattern formation by local self-activation and lateral inhibition.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章8. 「ゼブラフィッシュのチューリングパターン形成メカニズムの解析」の参考文献 概要 1972年に、我…
John E. Pearson(1993.7, Science)[Complex Patterns in a Simple System] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 単純な反応拡散モデルの数値計算によって、驚くほど多様な不規則な時空間パターンが明らかになった。これらのパターンは有限振幅の摂動に応答し…
Kyoung J. Lee;...;Harry L. Swinney(1993.7, Science)[Pattern Formation by Interacting Chemical Fronts] 理由 ここしばらくの教科書に載ってた参考文献 概要 連続的な供給のある薄いゲル層における双安定な化学反応での実験によって、時空間パターンの新…
Daniel Feldman;...;Irving R Epstein(2012.3, Physical Chemistry Chemical Physics)[Turing patterns in the chlorine dioxide-iodine-malonic acid reaction with square spatial periodic forcing] 理由 こないだ読んだ論文にあった参考文献 概要 感光性…
Yumino Hayase and Takao Ohta(1998.8, PHYSICAL REVIEW LETTERS)[Sierpinski Gasket in a Reaction-Diffusion System] 理由 前まで読んでた教科書の参考文献になってた 概要 計算機シミュレーションによって、1次元におけるBonhoeffer van der Pol タイプの…
Kyoung-Jin Lee;...; Harry L. Swinney(1994.5, Nature)[Experimental observation of self-replicating spots in a reaction–diffusion system] 理由 昨日まで読んでた教科書に載ってた参考文献 概要 1952年の素晴らしい論文において、Turingは化学反応拡散…
Daljit Singh J. Dhillon;...;Matthias Zwicker(2017, Bull Math Biol)[Bifurcation Analysis of Reaction Diffusion Systems on Arbitrary Surfaces] 理由 Milinkovitch先生の論文 概要 この論文では、生物のパターン形成における表面幾何の効果を調べるた…
Liana Manukyan;...;Michel C. Milinkovitch(2017.4, Nature)[A living mesoscopic cellular automaton made of skin scales] 理由 副査の先生に論文の説明に行ったら、関連論文で教えてくれた 概要 脊椎動物において、皮膚の色パターンは細胞間相互作用の非…
Sungrim Seirin-Lee;...;,Michihiro Hide(2020.1, PLOS)[A single reaction-diffusion equation for the multifarious eruptions of urticaria] 理由 自分の研究に(めちゃ)近いので 概要 蕁麻疹は一般的な皮膚疾患であり、局所的に皮膚の浮腫が急に現れて消…
Shigeru Kondo & Rihito Asai(1995, Nature)[A reaction–diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus] 理由 論文書くときに先行研究を調べていたので 概要 1952年に、Turingは反応拡散系と呼ばれる分子メカニズム仮説を提案した。これ…
Cheng‐Ming Chuong;...; Randall Widelitz(2012.5, WIREs developmental biology)[Module‐based complexity formation: periodic patterning in feathers and hairs] 理由 鳥の羽について気になったので 概要 パターンは、均質性から生じるオーダーで表現す…
Richard O. Prum; Scott Williamson(2002.3, THE ROYAL SOCIETY)[Reaction–diffusion models of within-feather pigmentation patterning] 理由 羽毛について気になったので 概要 羽毛は複雑な、ケラチン構造の分岐であり、色素パターンの多様性を示す。真皮…
Yoshinobu Nagashima;...;Yoshihisa Oda(2018.8, Scientific reports)[A Rho-based reaction-diffusion system governs cell wall patterning in metaxylem vessels] 理由 セミナーで話を聞いて面白かったので 概要 Rho GTPasesは細胞極性とパターン形成にお…
A.Coronel-Escamilla;...;R.F.Escobar-Jiménez(2018.2, Physica A: Statistical Mechanics and its Applications)[A numerical solution for a variable-order reaction–diffusion model by using fractional derivatives with non-local and non-singular k…
Lee Ringham;..;Robert Gniadecki(2019.10, iScience)[Skin Patterning in Psoriasis by Spatial Interactions between Pathogenic Cytokines] 理由 自分の研究に近い論文が出ていた 概要 ヒト皮膚疾患の障害は単一の散在パターンから複雑なリングや螺旋まで…
Titikan Somboon;...;On-Uma Kheowan(2015.1, Phys. Chem. Chem. Phys.)[The effect of acetone on the dynamics of temporal oscillations and waves in the ruthenium-catalyzed Belousov–Zhabotinsky reaction] 理由 螺旋とか環状のパターンを勉強するた…
Alexander Tam;...;Benjamin J.Binder(2018.7, Journal of Theoretical Biology)[Nutrient-limited growth with non-linear cell diffusion as a mechanism for floral pattern formation in yeast biofilms] 理由Biological Traveling wavesの論文 概要先行…
Pintu Patra;...;Oleg A. Igoshin(2016.6, PLoS Competational Biology)[Colony Expansion of Socially Motile Myxococcus xanthus Cells Is Driven by Growth, Motility, and Exopolysaccharide Production] 理由 Biological traveling waveの論文 概要 粘…
Sanjeeva Balasuriya;Georg A. Gottwald(2009.11, Journal of Mathematical Biology)[Wavespeed in reaction–diffusion systems, with applications to chemotaxis and population pressure] 理由 Biological traveling waveの論文 概要 摂動のある反応拡散…
Watanabe M1, Kondo S.(2012.2, Pigment Cell Melanoma Res. )[Changing clothes easily: connexin41.8 regulates skin pattern variation.] 理由 今度の発表のIntroに使おうとおもったので 概要 動物の皮膚パターンは彼らの生存にとても重要であるが、皮膚…
Toshio Sekimura;...;Philip Maini(2000.6, Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences )[A model for colour pattern formation in the butterfly wing of Papilio dardanus] 理由 昨日読んだ蝶の翅模様の著者の別論文 概要 蝶のオスジロア…
Cordula Reisch;Dirk Langemann(2019.9, Journal of Biological Physics)[Chemotactic effects in reaction-diffusion equations for inflammation] 理由 ラボの先生が教えてくれたので 概要 捕食者-被食者系は肝感染の間のウイルス数とリンパ球数の時間変化…
Shunshi Kohyama;...;Nobuhide Doi(2019.7, eLIFE)[Cell-sized confinement controls generation and stability of a protein wave for spatiotemporal regulation in cells] 理由 ラボに同じような研究をしてるひとがいるので 概要 Min系はバクテリアの細胞…
Lee A. Segel;..;Sidney N. Klaus(1992.1, Theoretical and Experimental Insights into Immunology)[Rash Theory] 理由 研究内容が近い、というかもはや同じなので 概要 発疹の観察される空間分布を導くであろう病原体-免疫相互作用の数理モデル化に向けた…
Kondo, Shigeru;Miura, Takashi(2010.9)[Reaction-Diffusion Model as a Framework for Understanding Biological Pattern Formation] 理由 新シリーズ、三浦先生第一弾です 概要 チューリング、すなわち反応拡散(RD)モデルは発生中の動物胚の自己制御的なパ…
Otsuji, Mikiya;...;Kuroda, Shinya(2007.6)[A mass conserved reaction-diffusion system captures properties of cell polarity] 理由 望月先生シリーズ9 概要 細胞極性は移動する好中球やタマホコリカビ類のように様々な細胞種に見られる一般的な細胞過程…
Kawasaki, K;…;Shigesada, N(1997.9)[Modeling spatio-temporal patterns generated by Bacillus subtilis] 理由 望月先生シリーズ4 概要 薄いアガープレート面で成長する枯草菌というバクテリアのコロニーは栄養濃度やアガー培地の硬さ、そして温度などの環…
Inomata, Hidehiko(2013)[Scaling of Dorsal-Ventral Patterning by Embryo Size-Dependent Degradation of Spemann's Organizer Signals] 理由 生物での反応拡散やってる論文を読みたくなったので 概要 シュペーマンオーガナイザーは、腹側化する骨形態形成…
