これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Signalling

反対の酵素のフィードバック制御が頑健かつ全か無かの双安定の反応を生み出す。

James E.FerrellJr.(2008.3, Current Biology)[Feedback regulation of opposing enzymes generates robust, all-or-none bistable responses] 理由 Slackで流れてきたんだっけ 概要 正のフィードバックループと二重の負のフィードバックループが双安定性を…

LPS刺激したマクロファージにおけるp35の初期合成とCDKの活性は、インターロイキン10産生を抑制する

Yi Rang Na;...; Seung Hyeok Seok(2015.11, Science Signaling )[The early synthesis of p35 and activation of CDK5 in LPS-stimulated macrophages suppresses interleukin-10 production] 理由 自分の研究関連 概要 インターロイキン-10(IL-10)は主にマ…

シグナル伝達におけるホモ二量体形成:ダイナミクス、恒常性、過感受性、双安定性

Daniel Koch(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[Homo-Oligomerisation in Signal Transduction: Dynamics, Homeostasis, Ultrasensitivity, Bistability] 理由 JTB読もうキャンペーン 概要 タンパク質のホモ二量体形成は遍在する現象であり、その正確…

生物シグナル伝達ネットワークにおける意思決定の出現

Tomáš Helikar;...;Jim A. Rogers(2008.2, PNAS)[Emergent decision-making in biological signal transduction networks] 理由 「理論生物学」第2章2-2 「不確定環境下における細胞の運命決定理論」の参考文献 概要 生化学的な細胞内シグナル伝達ネットワー…

確率性と細胞運命

Richard Losick and Claude Desplan(2008.4, Science.)[Stochasticity and Cell Fate] 理由 「理論生物学」第2章2-2 「不確定環境下における細胞の運命決定理論」の参考文献 概要 生きている細胞の基本は、特別な属性のあるサブタイプに分化する収容能力であ…

リン酸化プロテオームとメタボロームデータからインスリンシグナルの流れを再構成する

Katsuyuki Yugi;...;Shinya Kuroda(2014.8, Cell reports)[Reconstruction of Insulin Signal Flow from Phosphoproteome and Metabolome Data] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章6. 「リン酸化プロテオミクスに基づく数理ネットワーク解析」の参考文献2 …

定量的リン酸化プロテオミクスを組み合わせる統合ネットワーク解析によって、膠芽腫の幹細胞特性の新しい制御因子としての形質転換増殖因子β受容体2を解明する

Yuta Narushima;..;Masaaki Oyama(2015.12, mollecular & cellular proteomics)[Integrative Network Analysis Combined with Quantitative Phosphoproteomics Reveals Transforming Growth Factor-beta Receptor type-2 (TGFBR2) as a Novel Regulator of G…

AKT経路の多重化を介するインスリン活性の時間的暗号化

Hiroyuki Kubota;...;Shinya Kuroda(2012.6, Mol Cell.)[Temporal coding of insulin action through multiplexing of the AKT pathway.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章5. 「確率的なERK活性化と細胞間伝搬現象の数理モデル」の参考文献2 概要 細胞内…

p38活性の振動が炎症性遺伝子発現を効果的に制御する

Taichiro Tomida;...;Haruo Saito(2015.9, nature communications)[Oscillation of p38 activity controls efficient pro-inflammatory gene expression] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章4. 「炎症シグナルにおけるp38活性オシレーションの解析」の参考…

ノイズと細胞間伝播によって誘導されるERKの確率的な活性は細胞密度依存的な増殖を制御する

Kazuhiro Aoki;..; Michiyuki Matsuda(2013.11, Molecular Cell)[Stochastic ERK Activation Induced by Noise and Cell-to-Cell Propagation Regulates Cell Density-Dependent Proliferation] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章3. 「数理モデル解析を用…

合成的な側方抑制が頑健な割合の細胞種分岐を支配する

Mitsuhiro Matsuda;...;Miki Ebisuya(2015.2, Nature Communications )[Synthetic lateral inhibition governs cell-type bifurcation with robust ratios] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章3. 「数理モデル解析を用いたシグナル伝達機構の解明」の参考文…

トランスクリプトームと全体的なクロマチン免疫沈降データからの転写制御の予測のための重みづけエンリッチメント法

Eiryo Kawakami;...;Hiroaki Kitano(2016.6, Nucleic Acids Res.)[Weighted enrichment method for prediction of transcription regulators from transcriptome and global chromatin immunoprecipitation data] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章1. 「公…

生化学的適応を達成できるネットワークトポロジーの定義

Ma W;...;Tang C(2009.8, Cell)[Defining network topologies that can achieve biochemical adaptation.] 理由 「実験医学 数理モデル特集」第1章1. システム生物学 の参考文献 理由 多くのシグナル伝達系は適応を示す。すなわち、刺激に応答した後それらを…

3次元細胞移動の最小計算モデル

Yuansheng Cao;...;Wouter-Jan Rappel(2019.12, Journal of the royal society interface)[A minimal computational model for three-dimensional cell migration] 理由 Twitterで流れてきた 概要 移動の間、真核細胞は常にそれらの3次元形態を変化させるこ…

酵母プロテオームにおけるパルスダイナミクス

Chiraj K. Dalal;...;Michael B. Elowitz(2014.9, Current Biology)[Pulsatile Dynamicsin the Yeast Proteome] 理由 実習で使う論文 概要 環境条件に応答する転写因子の活性は、細胞制御の基本である。最近の研究によって、転写因子のなかには一定の環境下…

生細胞におけるプログラム可能なタンパク質回路

Xiaojing J. Gao;...;Michael B. Elowitz(2018.9, Science)[Programmable protein circuits in living cells] 理由 実習関連 概要 合成的なタンパクレベルの回路は、強力かつ新しい細胞のふるまいの制御を可能にする。理論的なタンパク回路設計は、構成可能…

遺伝回路におけるパルスの機能的役割

Joe H. Levine;…:Michael B. Elowitz(2013.12, Science)[Functional Roles of Pulsing in Genetic Circuits] 理由 実習で使うかもしれない論文 概要 生物学における根本的な問題は、遺伝的回路がどのように主要な細胞機能を実装するかである。タイムラプスの…

2種の細菌間の相互作用の分離もしくは協力の研究

Chandra N Jack;...;Joan E Strassmann(2008.10, BMC)[Segregate or cooperate- a study of the interaction between two species of Dictyostelium] 理由 ラボセミナーで紹介されていたので 概要 背景 進化生物学における主な挑戦は、特に一つのグループや…

NMDAR-調節性Ca2+の増加は樹状突起における頑健な情報輸送を示す

Takehiro Tottori;...;Shinya Kuroda(2019.5, Biophysical Jornal)[NMDAR-Mediated Ca2+ Increase Shows Robust Information Transfer in Dendritic Spines] 理由 黒田先生シリーズ 概要 樹状突起は他のニューロンからの入力時間経過情報を処理するニューロ…

率志向性のトランスオミクス:反応動態に基づいた複数オミックデータの統合

Katsuyuki Yugi;...;Shinya Kuroda(2019.6, Current Opinion in Systems Biology)[Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics] 理由 黒田先生シリーズ 概要 ここでは、複数のオミック層を機構的に接…

低糖質食事法およびレジスタンス運動が身体組成と血中代謝物・ホルモン濃度に与える影響

伊藤 翔;...;黒田 真也(2019, 体力科学)[Effects of low-carbohydrate diet and resistance exercise training on physical characteristics and concentrations of plasma metabolites and hormones ] 理由 黒田先生シリーズ 概要 我々はヒトにおける、低炭…

ヒトにおける血中グルコースを最小化する口腔グルコース接種パターンの論理デザイン

Masashi Fujii;...; Shinya Kuroda(2019.2, Systems Biology and Applications)[Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans] 理由 黒田先生シリーズ2 概要 食後の血中グルコースレベルの過剰な増加は大血管障害…

細胞内情報伝達における追加ノイズに対する頑健性

Takehiro Tottori;...;Shinya Kuroda(2019.10, PHYSICAL REVIEW E)[Robustness against additional noise in cellular information transmission] 理由 私が初めて手に取った理論系の生物分野の研究室が、黒田研だったな、と思い出したので 概要 細胞内反応(…

フィードバックループのある生化学シグナル伝達におけるマクスウェルの悪魔

Sosuke Ito; Takahiro Sagawa(2015.4, Nature Communications)[Maxwell’s demon in biochemical signal transduction with feedback loop] 理由 youtubeで生物物理の紹介してる動画を見つけたので。この先生の論文を探してみた 物理で生物を考えるwith情報理…

上皮の生物学におけるNF-κBの役割

Manolis Pasparakis(2012. Immunological Reviews)[Role of NF-jB in epithelial biology] 理由 埋もれ論文8 概要 発見されてから、核因子-κB(NF-κB)は免疫反応の重要な制御因子として認識されてきた。初期の研究では、免疫細胞の発達と機能におけるNF-κBの…

NF-κB, 炎症と代謝疾患

Rebecca G. Backer;...;Sanaker Ghosh(2012.1, Cell metabolism)[NF-κB, inflammation and metabolic disease]理由埋もれ論文6概要肥満を含む代謝疾患、二型糖尿病そしてアテローム性動脈硬化症は歴史的に栄養過多によってもたらされる脂質蓄積症として見な…

混雑した媒体でのERK MAPキナーゼリン酸化の定量的モデル

Kazuhiro Aoki;...;Kazunari Kaizu3 & Michiyuki Matsuda(2013.3, SCIENTIFIC REPORTS)[A Quantitative Model of ERK MAP Kinase Phosphorylation in Crowded Media] 理由 青木先生シリーズ2 概要 細胞質はかなり高密度で巨大分子を大量に含んでいる。分子ク…

ノイズによって起こる確率的なERK活性と細胞間拡散が細胞密度依存的な増殖を制御する

Kazuhiro Aoki;...;Matsuda, Michiyuki(2013.11, MOLECULAR CELL)[Stochastic ERK Activation Induced by Noise and Cell-to-Cell Propagation Regulates Cell Density-Dependent Proliferation] 理由 創傷治癒について調べてたら近くにそれっぽいことをやっ…

カタツムリ、イボニシにおけるエストロゲン受容体の組織優先的発現

Kajiwara, Masaaki;...;Takahashi, Yuji(2006.9)[Tissue preferential expression of estrogen receptor gene in the marine snail, Thais clavigera] 理由 三浦先生シリーズ5 概要 性ステロイドホルモンは軟体動物で幅広く観察され、性決定や、生殖腺の成熟…

大脳新皮質の発生に関与するHedgehogシグナリング

Komaba, Munekazu;...;Ishibashi, Makoto(2008.8)[Hedgehog signalling is involved in development of the neocortex] 理由 三浦先生シリーズ4 概要 Sonic hedgehogの機能は特に、中央神経系の腹側領域においてパターニングと細胞運命決定に必要不可欠であ…