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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Textbook

第4章 生物の形づくり(後編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 4.4 分化細胞を均一に点在させる 4.4.1 早い者勝ちルールが支配する細胞集団 ショウジョウバエ胞胚の神経芽細胞形成 細…

第4章 生物の形づくり(前編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 4.1 はじめに 細胞が外からの入力を感知し自分を変える能力が、細胞内の化学反応からどのようにして作られるか 4.2 多…

第3章 生物の表面パターンと数理モデル(後編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 3.3 数理モデルを使って生物現象を理解する 3.3.1 チューリングモデルの復活 近藤らの研究は、実際の生物におけるパタ…

第3章 生物の表面パターンと数理モデル(前編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 3.1 はじめに ここでは、反応拡散系を用いた形態形成現象の数理モデルを中心に紹介する 3.2 チューリングの基本アイデ…

第2章 蝶の翅のパターンと進化(後編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 2.3 カラーパターン形成 2.3.3 グローバルパターン グローバルパターンとグランドプラン:グランドプランからタテハチ…

第2章 蝶の翅のパターンと進化(中編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 2.3 カラーパターン形成 2.3.1 カラーパターンとは何か 翅のカラーパターンの機能は何か:自身の生存を助ける 翅の色は…

第2章 蝶の翅のパターンと進化(前編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 2.1 はじめに 平行配列パターン:翅の基部から外縁方向に向かって平行に並んでいる。すべてのチョウ・ガに共通して観察…

第1章 バクテリアコロニーの多様性(後編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 1.5 コロニー形成の実験と理論の橋渡し-モデルの構築 1. 自己相似的な複雑形状のコロニーパターン形成を記述するDLAモ…

第1章 バクテリアコロニーの多様性(前編)

三村昌泰(2005.11, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第2巻 生物にみられるパターンとその起源] 理由 パターン形成の勉強 概要 1.1 はじめに-バクテリアとそのコロニー 本章では、もっとも単純な生物体の1つであるバクテリアのコロニー形成のふるま…

第4章 縮約理論

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 局在した解間の弱い相互作用と分岐点近傍における中心多様体の理論で反応拡散系の挙動を解析する 4.1 パルス状局在解の相互作用 1.…

第3章 発熱反応拡散系に現れる時空間パターン(後編)

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 3.5 進行パルスの被衝突消滅現象 進行パルスの反射現象が起こる要因:進行パルスの速度が遅い FHNやBZ反応:分岐が亜臨界型分岐で…

第3章 発熱反応拡散系に現れる時空間パターン(前編)

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 3.1 発熱反応モデル 興奮性を持つ解軌道:初期値が1点の平衡点Oから離れた時Oから大きく離れていくが、その後Oに戻ってくる。代表…

第2章 自己触媒系に現れる自己複製パターンと時空カオス(後編)

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 2.5 グレイ-スコットモデルにおける極限点の整列階層構造 2.5.1 さまざまな時空間パターン グレイ-スコットモデルではパラメーター…

第2章 自己触媒系に現れる自己複製パターンと時空カオス(中編)

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 2.4 遷移ダイナミクス 遷移ダイナミクス:遷移の過程に一時的に現れる解の特徴的なふるまい 遷移ダイナミクスと解の大域的な構造と…

第2章 自己触媒系に現れる自己複製パターンと時空カオス(前半)

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 2.1 初めに 遷移パターンの1つの典型例である自己複製パターンを例に、遷移パターンの解析に対する1つのアプローチを紹介する 2.2 …

第1章 反応拡散方程式への誘い

三村昌泰(2006.2, 東京大学出版会)[非線形・非平衡現象の数理 第4巻 パターン形成とダイナミクス] 理由 反応拡散の勉強 概要 1.1 初めに 拡散:物質の濃度が場所によって異なるとき、時間と共に濃度が一様になる現象 1952年 Turing「拡散は空間非一様化を促…

6. 作っては壊す生成と消滅の循環構造

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 自己複製過程と自己崩壊過程をうまく組み合わせる。回帰性とカオスの代表例として間欠性とシルニコフ分岐を述べる 6.1 回帰性とカオス 間欠性 1次元写像 極限点…

5. 自己複製と自己崩壊

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 粒子パターン間の強い相互作用を考える。2つの安定な1次元粒子パターンをぶつけると同じ方程式の解であっても反射したり対消滅したりする。この章では散逸系の…

4. 粒子パターン

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 空間的に局在したパターン:安定な1次元パルス波・2次元スポット解 これらの特徴:一定の形を保っている・それらが相互作用する場合もうんと近づくまではほとん…

3. 広がるパターン

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 チューリングの発見 相互作用し、安定な平衡点を持つ2つの異なる物質の拡散の速さに違いがあれば、これらが拡散しつつ反応すれば、平衡点は不安定化し、かわり…

2. 生まれるパターン

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 チューリングの発見 相互作用し、安定な平衡点を持つ2つの異なる物質の拡散の速さに違いがあれば、これらが拡散しつつ反応すれば、平衡点は不安定化し、かわり…

1. うつろいゆくもの

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 グレイスコットモデル 数値結果:島状のスポットが次々と分裂し、領域を埋め尽くした後は消滅と分裂を繰り返す。 問題提起:「分裂」や「消滅」さらに解がどの…