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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Travelling waves

カルシウムの波が細胞の押し出しを促進する

Yasuto Takeuchi;...;Yasuyuki Fujita(2020.2, Current Biology)[Calcium Wave Promotes Cell Extrusion] 理由 共同研究者が教えてくれた 概要 上皮内でガン化やアポトーシスが起こると、上皮の恒常性を維持するために有害な細胞や死細胞が組織から上に押し…

形態形成の波の遺伝的誘導と機械化学的な拡大

Anaïs Bailles;...; Thomas Lecuit(2019.8, nature)[Genetic induction and mechanochemical propagation of a morphogenetic wave] 理由 波の特性を調べてて見つけた 概要 組織の形態形成は、アクトミオシン収縮によって駆動される細胞の形の協調的な変化か…

離散双安定反応拡散系における拡大する波

Thomas Erneuxa; Grégoire Nicolis(1993.8, Physica D: Nonlinear Phenomena)[Propagating waves in discrete bistable reaction-diffusion systems] 理由 自分の研究関連 概要 N共役南雲方程式によってモデル化された離散双安定反応拡散系を考える。 漸近線…

多能性幹細胞を持つヒトの分割した時計の要約

Mitsuhiro Matsuda;...; Cantas Alev(2020.4, nature)[Recapitulating the human segmentation clock with pluripotent stem cells] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 多能性幹細胞は胚発生や器官形成の異なる側面をモデル化するためにますます使われて…

新しい計算の枠組みを介する環状競争の反応拡散モデルにおける新しい動的パターンの解明

Cangiani A;...;Sutton OJ(2018.5, Proceedings. Mathematical, Physical, and Engineering Sciences, )[Revealing new dynamical patterns in a reaction-diffusion model with cyclic competition via a novel computational framework.] 理由 反応拡散系…

生物における反応拡散波

V. Volpert; S. Petrovskii(2009, Physics of Life Reviews)[Reaction-diffusion waves in biology] 理由 反応拡散の勉強 概要 反応拡散波の理論は1930年代にはじまり、人口動態、燃焼理論そして化学反応の分野で研究されている。現在、これは非常に発展した…

変異マウスの皮膚における進行ストライプ

Noboru Suzuki;...;Shigeru Kondo(2003.6, PNAS)[Traveling stripes on the skin of a mutant mouse] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 動物発生の中で、一見形の無い卵から自律的に複雑な構造が形成される。細胞がそれぞれの細胞より大きい空間パターン…

海のエンゼルフィッシュPomacanthusの皮膚における反応拡散波

Shigeru Kondo & Rihito Asai(1995, Nature)[A reaction–diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus] 理由 論文書くときに先行研究を調べていたので 概要 1952年に、Turingは反応拡散系と呼ばれる分子メカニズム仮説を提案した。これ…

モジュールに基づいた複雑性形成:羽毛と毛における周期パターニング

Cheng‐Ming Chuong;...; Randall Widelitz(2012.5, WIREs developmental biology)[Module‐based complexity formation: periodic patterning in feathers and hairs] 理由 鳥の羽について気になったので 概要 パターンは、均質性から生じるオーダーで表現す…

解剖学的なコンピューターシミュレーション研究はヒトの心臓における螺旋波の流れを誘導する。

Sanjay R. Kharche;...;Vadim N. Biktashev(2015.10, Biomed Res Int.)[A Computer Simulation Study of Anatomy Induced Drift of Spiral Waves in the Human Atrium] 理由 Biological pattern formationの論文 概要 心臓の解剖学と、興奮の螺旋波の相互作…

社会的かつ移動性の粘液細菌は、成長、移動性そして菌体外多糖によってコロニーを拡大する

Pintu Patra;...;Oleg A. Igoshin(2016.6, PLoS Competational Biology)[Colony Expansion of Socially Motile Myxococcus xanthus Cells Is Driven by Growth, Motility, and Exopolysaccharide Production] 理由 Biological traveling waveの論文 概要 粘…

輸送方程式を共役させた波数選択

Arnd Scheel; Angela Stevens(2017.11, Journal of Mathematical Biology)[Wavenumber selection in coupled transport equations] 理由 traveling wavesの論文 概要 バクテリアのrun-and-tumbleダイナミクスの最小モデルにおける波数選択のメカニズムを調べ…

反応拡散と畳み込みとしての進化的分布と競争

Yosef Cohen;Gonzalo Galiano(2013.10, Bulletin of Mathematical Biology)[Evolutionary Distributions and Competition by Way of Reaction-Diffusion and by Way of Convolution] 理由 traveling wavesの論文 概要 自然選択による進化はかなり至る所に偏…

化学走性と集団圧力に応用する反応拡散系における位相速度

Sanjeeva Balasuriya;Georg A. Gottwald(2009.11, Journal of Mathematical Biology)[Wavespeed in reaction–diffusion systems, with applications to chemotaxis and population pressure] 理由 Biological traveling waveの論文 概要 摂動のある反応拡散…

粘液細菌の群れの拡大の2連続体モデル

Angela Gallegos;...;;Alex Mogilner(2006.5, Bulletin of Mathematical Biology)[Two continuum models for the spreading of myxobacteria swarms] 理由 Biological traveling waveの論文 概要 栄養培地上の粘液細菌バクテリアコロニーの拡大を解析する。…

実験と数値的方法を介した生物に学ぶロボット波打ち鰭の鰭筋軌道の追跡の評価

Xiaojia Xiang;...;Han Zhou(2014.1, International Journal of Advanced Robotic Systems)[Evaluating the Fin-Ray Trajectory Tracking of Bio-Inspired Robotic Undulating Fins via an Experimental-Numerical Approach] 理由 Biological waveの論文 概要…

リズム的なシグナルを作り出す二重連鎖構造のある神経振動子の理論的かつ進化的パラメーターチューニング

Yuya Hattori;...;Toshio Tsuji(2012.2, Neural computation)[Theoretical and Evolutionary Parameter Tuning of Neural Oscillators with a Double-Chain Structure for Generating Rhythmic Signals] 理由 Biological waveを扱う論文 概要 二重連鎖を持つ…

適応型数値スキームのある拡張非線形Kierstead–Slobodkin反応輸送モデルの空間地形効果

Owolabi, Kolade M.;...;Patidar, Kailash C.(SPRINGERPLUS, 2016.3,)[Effect of spatial configuration of an extended nonlinear Kierstead–Slobodkin reaction‑transport model with adaptive numerical scheme] 理由 "biological wave"の論文 概要 この…

アラスカクック湾におけるゴマフアザラシの移動場所の空間モデル

R. A. Montgomery;...;P. L. Boveng(2007.7, MARINE ECOLOGY PROGRESS SERIES)[Spatial modeling of haul-out site use by harbor seals in Cook Inlet, Alaska] 理由 "Biological wave"の論文のうち被引用数が1位のもの 概要 ゴマフアザラシPhoca vitulina…

心筋細胞におけるフィードバック制御誘導性のパタン形成:数理モデル研究

Gaeta, Stephen A.;...;Christini, David J.(2010.10, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY)[Feedback-control induced pattern formation in cardiac myocytes: A mathematical modeling study] 理由 生物の”波"について知りたくなったので 概要 心臓の不整脈は…

細胞サイズの制限によって、細胞における時空間的制御のタンパク質の波が生成され、安定化される。

Shunshi Kohyama;...;Nobuhide Doi(2019.7, eLIFE)[Cell-sized confinement controls generation and stability of a protein wave for spatiotemporal regulation in cells] 理由 ラボに同じような研究をしてるひとがいるので 概要 Min系はバクテリアの細胞…

動物はどのようにその皮膚パターンを得るのか:生体チューリング波の魚の上皮パターン

Kondo, Shigeru; Iwashita, Motoko; Yamaguchi, Motoomi(2009)[How animals get their skin patterns: fish pigment pattern as a live Turing wave] 理由 近藤先生シリーズ5 概要 生物学的なパタン形成のメカニズムを説明するために、アランチューリングが…

角質細胞成長因子シグナリング:表皮創傷治癒における真皮-表皮相互関係の数理モデル

Wearing, HJ; Sherratt, JA(2000.5)[Keratinocyte growth factor signalling: a mathematical model of dermal-epidermal interaction in epidermal wound healing: 理由 Mathematical model" skin のろんぶん 概要 大量の成長因子が治癒過程に関係する多様…

炎症障害の一つであるアテローム性動脈硬化の数理モデル

N. EL KHATIB;...;V. VOLPERT(2009)[Mathematical modelling of atherosclerosisas an inflammatory disease] 理由 前回の論文"Reaction-Diffusion waves in biology"の中の印象的な図の元文献 概要 アテローム性動脈硬化は炎症性の疾患である。アテローム性…

炎症反応の一つであるアテローム性動脈硬化の数理モデル

Ibragimov, AI; ...Walton, JR(2005.12)[A mathematical model of atherogenesis as an inflammatory response] 理由 前回の論文"Reaction-Diffusion waves in biology"の中の印象的な図の元文献 概要 この論文では、慢性炎症反応であるアテローム性動脈硬化…

生物学における反応拡散

Volpert, V.; Petrovskii, S.(2009.12)[Reaction-diffusion waves in biology] 理由 "Traveling wave"のBiology分野の被引用数5位くらいの論文 概要 反応拡散波の理論は集団動態分野や、燃焼理論や化学的な反応速度論研究で1930年に始まった。現在では、スカ…

ハタネズミの周期的個体数における空間的な非同期性と周期的進行波

Lambin, X; ...MacKinnon, JL(1998.8)[Spatial asynchrony and periodic travelling waves in cyclic populations of field voles] 理由 "Traveling wave"のBiology分野の被引用数3位 概要 この論文では、空間的に参考にした時系列データを単純かつ経験的な…

動脈循環モデルの波動循環

Wang, JJ; Parker, KH(2004.4)[Wave propagation in a model of the arterial circulation] 理由 "Traveling wave"のBiology分野の被引用数2位 概要 巨大な全身の動脈内での動脈パルス波の波動は、心臓で作られる波に従うように特性解析の線形化法を用いて計…

離散時間の進行波:生態学の例

KOT, M(1992.2)[DISCRETE-TIME TRAVELING WAVES - ECOLOGICAL EXAMPLES] 理由 "Traveling waves"のBiology分野の被引用数1位 概要 積分差分方程式は持続時間の反応拡散方程式の多くの特性を持つ離散時間モデルである。それらは離散非重複世代やよく定義され…