MEGA5:最尤推定、進化的距離そして最大節約法を用いる分子進化的遺伝子解析

Koichiro Tamura;...;Sudhir Kumar(2011.10, Molecular Biology and Evolution)[MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods]

理由

進化学が苦手すぎて少し勉強。Web Of Science の進化の被引用数1位のやつ

概要

種の進化的歴史を再構成し、遺伝子と種の進化を形成する選択圧の特性と強さを推測するためには、分子配列データの比較解析が必須である。分子進化的遺伝子解析version5(MEGA5)のリリースをここに報告する。これはオンラインデータベースの探索、シークエンス配列比較と系統樹の作成、そして基礎生物学、生物医学そして進化における進化的バイオインフォマティクスの方法を用いるために使える使いやすいソフトウェアである。最新のMEGA5では、進化的系統樹の推測や最適代用モデル(核酸かアミノ酸か)の選択、祖先状態と祖先配列の推測(確率と共に)、そしてサイトごとの進化速度の推定を行うために最尤推定(ML)解析を集めている。計算機シミュレーション解析において、MEGA5におけるML 系統樹推測アルゴリズムを他のソフトウェアパッケージと好意的に比較した。比較点は計算の効率性、系統樹の推定の正確性、置換パラメーター、そして速度の変異率である。MEGAユーザーインターフェースは、初心者と経験のある科学者の双方にとって利用しやすいように活発に変化している。MEGAのこのバージョンはWindowsプラットフォームのために作成されており、Mac OS XとLinuxデスクトップでの利用も構成されている。

雑記

たしか実習でこのソフトウェア使ったわ、どうりで被引用数が1位なわけだ