微生物学におけるメタゲノミクスとバイオインフォマティクス：最近の状態と展望

Satoshi Hiraoka;...;Wataru Iwasaki(2016.7, Microbes Environ.)[Metagenomics and Bioinformatics in Microbial Ecology: Current Status and Beyond]

理由

実験医学数理モデル特集の第1章2.「バイオインフォマティクスの全体像」の参考文献

概要

メタゲノミクスの方法が今や微生物においてよく用いられ、実験的には培養できない多くの系を含めて詳細に微生物環境を調べている。バイオインフォマティクス解析によって、巨大なメタゲノミクスデータセットを探索し、微生物生態系を支配する一般パターンを発見することができる。しかしながら、メタゲノミクスとバイオインフォマティクス解析の発見は、環境における微生物の生態と進化をまだ十分に記述していない。多くの解析はまだ参照データベースに対する簡単な類似配列検索に依存している。ここでは、微生物生態学におけるメタゲノミクスとバイオインフォマティクスの最近の状態をまとめ、この分野の将来の方向性を議論する。新しい技術によって、既存の解析を超えることができ、微生物生態系に関する知識を広げることができる。我々は、参照データベースを豊富にし、多様なメタゲノミクスデータセットの大規模かつ複雑な解析が可能な枠組みを促進し、長い読み取り配列情報を有効化するデバイスを作成し、多様な観点からデータを解析するより強力なバイオインフォマティクスを開発する必要がある。

雑記

「デスクワーク時にはモニターを目の高さに！」って見たけど、その高さに持ち上げるためのデバイスがみかん箱くらいしかない