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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

3次元空間における密集した細胞核の正確な自動検出

Yu Toyoshima;...;Yuichi Iino(2016.6, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY)[Accurate Automatic Detection of Densely Distributed Cell Nuclei in 3D Space]

 

理由

実験医学数理モデル特集の第4章14. 「神経応答のモデリング」の参考文献1

 

概要

全脳活性イメージングを用いるニューロンの活性を測定するためには、各ニューロンとその核に正確な検出が必要となる。線虫C. elegansの頭部領域のおいて、神経の細胞体は3次元空間において密に分布している。しかしながら、それらを充分正確に分割できる画像解析の計算機的方法は存在しない。ここでは、等光度の表面の曲率に基づく非常に正確な分割法を提案する。核の正確な位置を獲得するために、混合ガウスモデルで最小二乗フィッテイングをする新しい方法も開発した。これらの方法を組み合わせることで、3次元空間において高密度に分布している細胞核を正確に検出できる。この提案された方法は、グラフィカルユーザーインターフェースプログラムとして用いられ、自動検出の結果の視覚化と集積を可能にする。加えて、この方法は3次元カルシウムイメージングのタイムラプスデータにも適用され、この画像の多くは上手く追跡でき、測定できた。

 

印象的な図

Fig5. これまでの方法と今回提案する分割結果

 

雑記

イメージング研究ってきらきらしてるし、なんかやってる感あるからいいよね