ショウジョウバエにおける制御配列から発現パターンを予想する

Eran Segal;...;Ulrike Gaul(2008.1, Nature)[Predicting expression patterns from regulatory sequence in Drosophila segmentation]

理由

「理論生物学」第1章1-2 「理論生物学の眺め方」の参考文献

概要

正確な時間と位置における複雑な発現パターンの設立は後生動物発生に重要であるが、根底にある転写制御ネットワークの機械的な理解はまだ得られていない。ここでは、同じ制御配列の機能や結合箇所の選択傾向の機能としての発現パターンと転写因子に関与する発現を計算する新しい熱力学モデルを示す。このモデルをショウジョウバエの分節遺伝子ネットワークに応用し、驚くべき正確性のある同じ制御の発現パターンを予測し、位置情報は制御配列と入力因子分布において指定される。強い結合場所と弱い結合箇所の両方が影響し、モジュールDNAの高い占有率を起こし、変異に対する頑健性を与える。弱い結合箇所の短距離同型のクラスター形成が協調的結合を促進する。これはパターンの鋭敏化に必須である。我々の計算的枠組みは一般的にタンパク質-DNA系の多くに応用できる。

印象的な図

Fig5. セグメンテーションモジュールの制御入力と発現

雑記

しばらくはこの教科書を読んでいく