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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

フィードフォワードループネットワークモチーフの構造と機能

S. Mangan and U. Alon(2003.10, PNAS)[Structure and function of the feed-forward loop network motif]

 

理由

「理論生物学」第2章2-3 「生体分子制御ネットワークの構造の力学的解明」の参考文献

 

概要

工学系はしばしば重要な役割を行う回路モジュールを何度も構築する。生細胞の応答を制御する転写ネットワークは最近同様の原理に従うことが分かった。それらはネットワークモチーフと呼ばれる生化学結合パターンをいくつか含む。このネットワークモチーフはネットワークを通して生じる。これらのモチーフの一つはフィードフォワードループ(FFL)である。FFLは三つの遺伝子パターンであり、2つの入力転写因子で構成され、そのうち1つがもう1つを制御しており、両方が標的遺伝子に結合して制御している。FFlは8つの取りうる構造タイプを持つ、というのもFFL内の3つの相互作用のそれぞれが活性と抑制を持ちうるからである。ここでは、これら8つの構造タイプの機能を理論的に解析する。脈絡のないFFLsと呼ばれるFFLタイプのうち4つが入力に敏感な一方向の加速装置として働くことを見つけた。それらは一方向(オフ→オン)における刺激に従う標的遺伝子発現の応答時間を加速させるが、別の方向(オン→オフ)における刺激では加速させない。他の4つのタイプは脈絡のあるFFLであり、入力感受的な遅延として働く。いくつかのFFLタイプは他の物よりも高い頻度で転写ネットワークデータベースに出現することが分かった。いくつかの場合において、稀なFFL種類は機能性(2つの入力の一つに対する応答)を減少させる。これは部分的になぜそれらが選択的に抑制するかを部分的に説明する。このようなパルス生成と協調性のような追加の機能を議論する。この研究によって、転写ネットワークにおける回路要素の最も意義のある再発の機能が定義される。

 

雑記

初めて釣りをやったが、ギャンブルの類と同じ中毒性を感じた