単細胞トランスクリプトーム解析におけるショウジョウバエ胚

Nikos Karaiskos;...;Robert P. Zinzen(2017.10, Science)[The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution]

理由

数理生物で見つけたやつ

概要

形態形成の開始において、ショウジョウバエ胚は異なる遺伝子の組み合わせを発現する約6000個の細胞から成る。ここでは、正確な段階の胚の単細胞の配列と考案されたDistMapそして計算機的なマッピング戦略を用いて、胚を再構成し、単細胞解析に向かう空間的な遺伝子発現を予測する。細胞ごとに発現している約8000の遺伝子がある仮想の胚を産生した。この相互作用的なショウジョウバエの仮想的な発現探索(DVEX)データベースが3次元の仮想的なインサイチュー ハイブリダイゼーションを生み出し、遺伝子発現勾配を計算する。DVEXを用いて、パターンのある転写因子の発現と長いノンコーディングRNAとシグナリング経路要素を解明する。初期胚発生間のHippoシグナリングの空間的な制御から、非同調的な細胞増殖を設立するメカニズムが示唆された。この方法は他の複雑な組織の転写的な青写真を作り出すのに適切である。

印象的な図

Fig5. 新しい制御因子の予測の正確性と検出

雑記

シマシマみるの、楽しいね