これはブログではない

生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

Population Dynamics

チューリングパターンによるパラメーター決定のための統計的方法

Alexey Kazarnikovac and Heikki Haario(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Statistical approach for parameter identification by Turing patterns] 理由 専門分野の雑誌で気になったやつ 概要 形態形成や多細胞構造の発生などの、生物のパターン形…

化学系における共鳴パターン形成

Valery Petrov;...;Harry L. Swinney(1997.8, nature)[Resonant pattern formation in achemical system] 理由 螺旋波の勉強をしてるときに見つけた 概要 非線形の振り子に応用される周期的な力は、周期が同調する振り子を生じさせる。これは、適応的な周期…

日本の先島諸島における擬態蝶Papilio polytesの人口動態のモデル

ToshioSekimura;....;YasuhiroTakeuchi(2014.11, Journal of theoretical biiology)[A model for population dynamics of the mimetic butterfly Papilio polytes in the Sakishima Islands, Japan] 理由 セミナーで紹介されてた論文 概要 日本の先島諸島に…

集団シミュレーター:微生物生態学のためのPythonパッケージ

Robert Marsland;...;Pankaj Mehta(2019.7, arXiv)[The Community Simulator:A Python package for microbial ecology] 理由 実習で使いかけた論文 概要 自然界の微生物集団は何千もの相互作用する種を含んでいる。この理由から、計算機シミュレーションは微…

合成微生物集団をデザインする原理

Nathan I Johns;...;Harris H Wang(Current Opinion in Microbiology)[Principles for designing synthetic microbial communities] 理由 実習で使いかけた論文 概要 明白かつ調節できる特徴を持つ微生物を作るための合成生物学の進歩によって、多種の集団を…

種間相互作用の強さによって微生物集団における生物多様性と安定性が決定される

Christoph Ratzke;...;Jeff Gore(2019.6, bioRxiv)[Strength of species interactions determines biodiversity and stability in microbial communities] 理由 実習で使いかけた論文 概要 生物、特に微生物は複雑な集団で暮らす傾向がある。これらの生態系…

微生物集団集合における単純性の出現

Joshua E. Goldford;...;Alvaro Sanchez(2018.8, Science)[Emergent simplicity in microbialcommunity assembly] 理由 実習で使うかもしれない(使わないことが確定した) 概要 微生物細菌叢における主な未解決問題は、自然のコミュニティの調査で見られる複…

微生物コミュニティの侵略のルールを解明する

Jean C. C. Vila;...;James Rosindell(2019.8, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION)[Uncovering the rules of microbial community invasions] 理由 実習で使う(使わないことになった) 概要 生物学的侵略の結果を決定する生態学的・進化学的過程を理解することは、…

化学調節的な相互作用を通じた微生物の共存

Lori Niehaus;...;Babak Momeni(2019.5, nature communication)[Microbial coexistence through chemical-mediatedinteractions] 理由 実習で使いそうな論文 概要 相互作用する種の集団内では、多くの微生物機能が起こる。異なる増殖率を持つ種がどのように…

分化ダイナミクスにおける同調性とノイズ依存

Gürol M. Süel;...;Michael B. Elowitz(2007, Science)[Tunability and Noise Dependence in Differentiation Dynamics] 理由 実習で使うかもしれないので 概要 分化の動的な過程は、遺伝的回路の根底にある構造や定量的パラメーターやノイズに依存する。し…