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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2020-01-01から1ヶ月間の記事一覧

3次元細胞移動の最小計算モデル

Yuansheng Cao;...;Wouter-Jan Rappel(2019.12, Journal of the royal society interface)[A minimal computational model for three-dimensional cell migration] 理由 Twitterで流れてきた 概要 移動の間、真核細胞は常にそれらの3次元形態を変化させるこ…

皮膚パターニングの3D機械化学的な界面モデルの数値近似

Luis MiguelDe Oliveira Vilaca;...;RicardoRuiz-Baier(2019.5, Journal of Computational Physics)[Numerical approximation of a 3D mechanochemical interface model for skin patterning] 理由 こないだ紹介された論文の著者の別論文 概要 界面によって…

皮膚スケールで作られる中間的な生物のセルオートマトン

Liana Manukyan;...;Michel C. Milinkovitch(2017.4, Nature)[A living mesoscopic cellular automaton made of skin scales] 理由 副査の先生に論文の説明に行ったら、関連論文で教えてくれた 概要 脊椎動物において、皮膚の色パターンは細胞間相互作用の非…

成人の脳における神経移動のメカニズム

Naoko Kaneko;..;Kazunobu Sawamoto(2017.3, J Neurochem. )[Mechanisms of neuronal migration in the adult brain] 理由 ラボセミナーの予習 概要 成人の神経発生は約60年前に最初に観察され、現在も神経化学の研究分野に成長している。多くの最近の研究は…

蕁麻疹の多様な発疹の単純な反応拡散方程式

Sungrim Seirin-Lee;...;,Michihiro Hide(2020.1, PLOS)[A single reaction-diffusion equation for the multifarious eruptions of urticaria] 理由 自分の研究に(めちゃ)近いので 概要 蕁麻疹は一般的な皮膚疾患であり、局所的に皮膚の浮腫が急に現れて消…

ヒトTRPA1とそれらの活性における構造的基盤におけるモノテルペンの阻害効果

Takaishi M;...;Tominaga M.(2013.10, J Physiol Sci.)[Inhibitory effects of monoterpenes on human TRPA1 and the structural basis of their activity] 理由 議論の予習 概要 一過性受容体電位チャネルの一つであるTRPA1は、侵害受容と炎症性の痛覚に関…

TRPV1とTRPM8の活性の制御を介した温度感受におけるカプサイシンとメントールの相互効果

Takaishi M;...; Tominaga M(2016.5, J Physiol Sci.)[Reciprocal effects of capsaicin and menthol on thermosensation through regulated activities of TRPV1 and TRPM8.] 理由 議論の予習 概要 一過性受容器電位バニロイド1(TPPV1)は気温の上昇によって…

温度受容体を介した皮膚表面の冷感感受

FUMITAKA FUJITA; MASAYUKI TAKAISHI(2015.7, H&PC today)[COLD PERCEPTION ON SKIN SURFACE THROUGH THERMO- RECEPTORS A REVIEW] 理由 議論の予習 概要 冷たさを感じる能力は生存に必須である。薬品や食品、歯磨き粉や化粧品製剤によく含まれるメントール…

新しく孵化し変態中の日本のヒラメParalichthys olivaceusの幼魚におけるRA合成と異化酵素の発現プロファイル

Qiran Chen;...;Tohru Suzuki(2018.12, General and Comparative Endocrinology)[Expression profiles of RA synthases and catabolic enzymes in newly hatched and metamorphosing larvae of Japanese flounder, Paralichthys olivaceus] 理由 ヒラメとカ…

海のエンゼルフィッシュPomacanthusの皮膚における反応拡散波

Shigeru Kondo & Rihito Asai(1995, Nature)[A reaction–diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus] 理由 論文書くときに先行研究を調べていたので 概要 1952年に、Turingは反応拡散系と呼ばれる分子メカニズム仮説を提案した。これ…

目の無い側の皮膚の異所的な色素化に関連する若いヒラメの背鰭の根元のSox10陽性細胞の同定

Mai Togawa;...; Tohru Suzuki(2019.1, J Exp Zool B Mol Dev Evol.)[Identification of Sox10‐positive cells at the dorsal fin base of juvenile flounder that are correlated with blind‐side skin ectopic pigmentation] 理由 カレイとヒラメの話 概要…

ヒラメにおける目の偏側の左右化と関連する左手綱における変成pitx2発現

Suzuki T:...:Hashimoto H.(2009.10, Dev Growth Differ. )[Metamorphic pitx2 expression in the left habenula correlated with lateralization of eye-sidedness in flounder.] 理由 ラボで雑談してたら、カレイとヒラメの左右はなんで決まってるんだろう…

皮膚常在細菌叢と免疫の対話

Yasmine Belkaid; Julia A. Segre(2014.11, Science)[Dialogue between skin microbiota and immunity] 理由 自分の研究の参考になりそうだったので 概要 ヒトの身体の最大の器官である皮膚は、外的病原体の侵入を妨害する物理的障害として機能する一方で、…

クジャクの尾羽における最適な構造的な特徴の解析

Stuart C.Burgess;...;Rick Hyde(2006.6, Optics & Laser Technology) [An analysis of optimal structural features in the peacock tail feather] 理由 鳥の羽シリーズ。何回目だっけ 概要 この論文では、クジャクの尾羽における最適な構造的な特徴の解析…

モジュールに基づいた複雑性形成:羽毛と毛における周期パターニング

Cheng‐Ming Chuong;...; Randall Widelitz(2012.5, WIREs developmental biology)[Module‐based complexity formation: periodic patterning in feathers and hairs] 理由 鳥の羽について気になったので 概要 パターンは、均質性から生じるオーダーで表現す…

羽毛内の上皮のパターン形成の反応拡散モデル

Richard O. Prum; Scott Williamson(2002.3, THE ROYAL SOCIETY)[Reaction–diffusion models of within-feather pigmentation patterning] 理由 羽毛について気になったので 概要 羽毛は複雑な、ケラチン構造の分岐であり、色素パターンの多様性を示す。真皮…

自然における美学:クジャクの尾の羽のケーススタディ

Stuart Burgess(200.8, INTERNATIONAL CONFERENCE ON ENGINEERING DESIGN)[AESTHETICS IN NATURE: CASE STUDY OF THE PEACOCK TAIL FEATHERS] 理由 鳥の羽模様2 概要 自然には、美しい形態や質感の例が多く存在する。加えて、自然はクジャクの誇示羽のように…

マルチスペクトル画像データから主成分分析類似因子を用いた反射の分類

José M. Medina;...;Pete Vukusic(2015.3, Optics EXPRESS)[Classification of peacock feather reflectance using principal component analysis similarity factors from multispectral imaging data ] 理由 形態形成について色々話してたら、鳥の羽ってど…

居住地が乱されたときの草本植物の戦略

Peter Schippers;...;Roderick Hunt(2001.11, Nordic Society Oikos)[Herbaceous Plant Strategies in Disturbed Habitats] 理由 ラボセミナーで出てきて面白かったので 概要 体系的な理論評価は、成体の寿命と種子の寿命、そして種子量の3つの重要な植物の…

エピジェネティックなフィードバック制御によるワディントンの地形におけるホメオレシス

Yuuki Matsushita; Kunihiko Kaneko(2019.12, arXiv)[Homeorhesis in Waddington's Landscape by Epigenetic Feedback Regulation] 理由 金子先生シリーズ 概要 多細胞生物において、初期発生期に細胞は異なる様々な種類に分化する。それぞれの細胞種の割合…

適応進化での変動と応答における一般的な関係

Chikara Furusawa;Kunihiko Kaneko(2015.2, Journal of The Royal Society Interface)[Global Relationships in Fluctuation and Response in Adaptive Evolution] 理由 金子先生シリーズ。あと残り2回 概要 細胞は自身の内部状態を変えて環境変化に適応し、…

アロステリック分子における緩和経路における対称性の破れ:酵素動力学的保存モデル

Tetsuhiro S Hatakeyama;Kunihiko Kaneko(2018.8, )[Symmetry breaking in relaxation paths in allosteric molecules: enzymatic kinetically constrained model] 理由 金子先生シリーズ 概要 時間スケールの階層性は生物系の至る所に存在し、そこでは酵素…

必須な代謝産物の漏出の利点とその結果の多様な種の共生

Jumpei F Yamagishi, Nen Saito, Kunihiko Kaneko(2019.4, arXiv)[The advantage of leakage of essential metabolites and resultant symbiosis of diverse species] 理由 金子先生シリーズ 概要 微生物集団はかなりの多様性を示す。単一の栄養源が制限され…

成長する原始細胞における分子多様性とネットワーク複雑性

Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko(2019.6, Life)[Molecular Diversity and Network Complexity in Growing Protocells.] 理由 金子先生シリーズ 概要 細胞の中には、分子要素の素晴らしい多様性が包まれている。細胞複製のためにそれらの要素のそれぞれが…

繰り返し囚人のジレンマにおける対称性の破れとしての搾取の出現

Yuma Fujimoto, Kunihiko Kaneko(2019.5, Phys.Rev.Research.)[Emergence of Exploitation as Symmetry Breaking in Iterated Prisoner's Dilemma] 理由 金子先生シリーズ 概要 社会には、相互協力、逃亡そして非対称な搾取関係は一般的である。協力と放棄は…

連続学習の繰り返しによって、再帰型神経ネットワークにおける効率的な相関除去を介して記憶効率が上昇する

Tomoki Kurikawa;....;Kunihiko Kaneko(2019.6, arXiv)[Repeated sequential learning increases memory capacity via effective decorrelation in a recurrent neural network] 理由 金子先生シリーズ 概要 神経系における記憶は、神経と外部入力下の学習ダ…

表現型空間における進化的次元圧縮

Takuya U. Sato, Kunihiko Kaneko(2019.10, arXiv)[Evolutionary dimension reduction in phenotypic space] 理由 金子先生シリーズ2 概要 一般的に、細胞要素の濃度によって測定されるものである細胞の表現型は自由度が非常に大きい。しかしながら、最近の…

高次元トーラスにおけるカオス

Jumpei F. Yamagishi; Kunihiko Kaneko(2019.8, arXiv)[Chaos on a High-Dimensional Torus] 理由 こないだ金子先生の講義聞いたらとても良かったので 概要 多くの周波数を持つ準周期性からカオスへの遷移は円周写像を共役した一般的なN次元を用いて研究され…

八文字DNAとRNA:8個のブロックがある遺伝システム

Shuichi Hoshika;...; Steven A. Benner(2019.2, Science)[Hachimoji DNA and RNA: A genetic system with eight building blocks] 理由 Twitterか何かで見て「は?」ってなったので 概要 遺伝暗号の拡張 DNAとRNAは、元来対になるように水素結合を形成する4…

共生微生物叢は皮膚の遺伝子発現を調節する

Jacquelyn S. Meisel;...;Elizabeth A. Grice(2018.1, Microbiome)[Commensal microbiota modulate gene expression in the skin] 理由 自分の研究の参考文献になりそうなので 概要 背景 皮膚は複雑な常在の微生物集団を泊めているが、その生理学的役割や皮…