2020-05-01から1ヶ月間の記事一覧
Vladimir K. Vanag and Irving R. Epstein(2003.12, PNAS)[Segmented spiral waves in a reaction-diffusion system] 理由 反応拡散系の勉強 概要 反応拡散系におけるパターン形成はしばしば生物の形態形成のメカニズムを想起させる。化学系のパターンは拡大…
Mingzhu Sun;...;Xin Zhao(2017.2, PLOS ONE)[Automated numerical simulation of biological pattern formation based on visual feedback simulation framework] 理由 反応拡散系の勉強 概要 生物のパターン形成における生命現象は実に多様かつ魅力的であ…
Yoshihiro Yamanishi;...;Susumu Goto(2014.7, Nucleic Acids Res)[DINIES: drug–target interaction network inference engine based on supervised analysis] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章18. 「データ駆動型の創薬」の参考文献 概要 DINIES(教師つ…
Hiroshi Haeno;...;Franziska Michor(2012.1, Cell)[Computational modeling of pancreatic cancer reveals kinetics of metastasis suggesting optimum treatment strategies] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章17. 「発がん過程の進化プロセスとしてのモ…
Shingo Iwami;...; Kei Sato(2015.10, Elife)[Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章16. 「ウイルス感染の数理科学的理解」の参考文献 概要 細胞間感染とは非感染細胞に囲まれている…
Fumiya Tatsuki,;..;Hiroki R. Ueda(2016.4, Neuron)[Involvement of Ca2+-Dependent Hyperpolarization in Sleep Duration in Mammals] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章15. 「睡眠研究における神経膜電位の数理モデリング」の参考文献2 概要 哺乳類の睡…
Satoshi Iraha;...;Michiko Mandai(2018.3, Stem Cell Reports)[Establishment of Immunodeficient Retinal Degeneration Model Mice and Functional Maturation of Human ESC-Derived Retinal Sheets afterTransplantation] 理由 実験医学数理モデル特集の…
Yuki Tsukada;...;Ikue Mori(2016.3, J Neurosci.)[Reconstruction of Spatial Thermal Gradient Encoded in Thermosensory Neuron AFD in Caenorhabditis elegans] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章14. 「神経応答のモデリング」の参考文献3 概要 移動の…
Saul Kato;...; Cornelia I. Bargmann(2014.2, Neuron. )[Temporal responses of C. elegans chemosensory neurons are preserved in behavioral dynamics] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章14. 「神経応答のモデリング」の参考文献2 概要 動物は、自然な…
Yu Toyoshima;...;Yuichi Iino(2016.6, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY)[Accurate Automatic Detection of Densely Distributed Cell Nuclei in 3D Space] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章14. 「神経応答のモデリング」の参考文献1 概要 全脳活性イメージン…
Roie Levy and Elhanan Borenstein(2013.7, PNAS)[Metabolic modeling of species interaction in the human microbiome elucidates community-level assembly rules] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章13. 「代謝ネットワークを用いた微生物生態系の可視…
Kazuhiro Takemoto(2012.9, Metabolites)[Current Understanding of the Formation and Adaptation of Metabolic Systems Based on Network Theory] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章13. 「代謝ネットワークを用いた微生物生態系の可視化」の参考文献2 概…
Karoline Faust ;...;Curtis Huttenhower(2012.6, PloS Computational Biology)[Microbial Co-occurrence Relationships in the Human Microbiome] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章13. 「代謝ネットワークを用いた微生物生態系の可視化」の参考文献1 概要…
Teusink B;...;Snoep JL.(2000.9, Eur J Biochem.)[Can yeast glycolysis be understood in terms of in vitro kinetics of the constituent enzymes? Testing biochemistry.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章12. 「細胞内中心代謝フラックスの解析」の…
Yasuhiro Inoue;...;Naoto Ueno(2016.5, Biomechanics and Modeling in Mechanobiology )[Mechanical roles of apical constriction, cell elongation, and cell migration during neural tube formation in Xenopus] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章11.…
Kei Sugihara;...;Hiroki Kurihara(2015.12, Cell Reports)[Autonomy and Non-autonomy of Angiogenic Cell Movements Revealed by Experiment-Driven Mathematical Modeling] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章10. 「血管を伸長する細胞メカニズムの解析…
Levchenko A, Iglesias PA. (2002, Biophs.J)[Models of eukaryotic gradient sensing: application to chemotaxis of amoebae and neutrophils.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章9. 「時空間的なシグナルの検出とは何か？」の参考文献 概要 真核細胞は…
Meinhardt H, Gierer A.(2000.8, Bioessays.)[Pattern formation by local self-activation and lateral inhibition.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章8. 「ゼブラフィッシュのチューリングパターン形成メカニズムの解析」の参考文献 概要 1972年に、我…
Mayu Sugiyama ;..;Tadahiro Iimura(2014.12, PLos Comp Biol)[Live Imaging-Based Model Selection Reveals Periodic Regulation of the Stochastic G1/S Phase Transition in Vertebrate Axial Development] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章7. 「魚類…
Katsuyuki Yugi;...;Shinya Kuroda(2014.8, Cell reports)[Reconstruction of Insulin Signal Flow from Phosphoproteome and Metabolome Data] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章6. 「リン酸化プロテオミクスに基づく数理ネットワーク解析」の参考文献2 …
Yuta Narushima;..;Masaaki Oyama(2015.12, mollecular & cellular proteomics)[Integrative Network Analysis Combined with Quantitative Phosphoproteomics Reveals Transforming Growth Factor-beta Receptor type-2 (TGFBR2) as a Novel Regulator of G…
Hiroyuki Kubota;...;Shinya Kuroda(2012.6, Mol Cell.)[Temporal coding of insulin action through multiplexing of the AKT pathway.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章5. 「確率的なERK活性化と細胞間伝搬現象の数理モデル」の参考文献2 概要 細胞内…
Akihiro Isomura, Ryoichiro Kageyama(2014 Development)[Ultradian oscillations and pulses: coordinating cellular responses and cell fate decisions] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章4. 「炎症シグナルにおけるp38活性オシレーションの解析」の参…
Taichiro Tomida;...;Haruo Saito(2015.9, nature communications)[Oscillation of p38 activity controls efficient pro-inflammatory gene expression] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章4. 「炎症シグナルにおけるp38活性オシレーションの解析」の参考…
Gianna Toffolo;...;Claudio Cobelli(2006.1, Am J Physiol Endocrinol Metab)[A minimal model of insulin secretion and kinetics to assess hepatic insulin extraction] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章3. 「血糖恒常性システムの数理モデル解析」の…
R N Bergman; … ; C Cobelli(1981, J Clin Invest.)[Physiologic evaluation of factors controlling glucose tolerance in man: measurement of insulin sensitivity and beta-cell glucose sensitivity from the response to intravenous glucose.] 理由 …
Daisuke Hoshino;....;Kazuhisa Ichikawa(2012.4, PLoS Comp.)[Establishment and Validation of Computational Model for MT1-MMP Dependent ECM Degradation and Intervention Strategies] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章1. 「細胞接着分子CADM1複合…
Daisuke Ohshima;...;Kazuhisa Ichikawa(2015.6, PLOS Computational Biology)[Spatio-temporal Dynamics and Mechanisms of Stress Granule Assembly] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章2. 「NF-κBの4D細胞シミュレーション」の参考文献1 概要 ストレス顆…
Mika Sakurai-Yageta;...;Yoshinori Murakami(2015.3, PLoS ONE)[Dynamic Regulation of a Cell Adhesion Protein Complex Including CADM1 by Combinatorial Analysis of FRAP with Exponential Curve-Fitting] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章1. 「細…
Karr JR;..;Covert MW.(2012.7, Cell)[A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype.] 理由 実験医学数理モデル特集の第3章8. 「生物機能のコンピューター支援設計(CAD)」の参考文献 概要 個々の分子とそれらの相互作用から複雑な表…
