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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2020-10-01から1ヶ月間の記事一覧

植物発生における空間の拘束

Przemyslaw Prusinkiewicz;..;Pierre Barbier de Reuille(2010.4, Journal of Experimental Botany)[Constraints of space in plant development] 理由 ラボで駄弁ってたら出てきたやつ 概要 自然にある全ての形と同じように、植物は空間の特性の影響を受け…

皮膚の微小血管系の空間分布と皮膚での薬剤投与後の局所的な薬剤除去

Gregor Cevc; Ulrich Vierl(2007.3, Journal of Controlled Release)[Spatial distribution of cutaneous microvasculature and local drug clearance after drug application on the skin] 理由 自分の研究関連 概要 通常の皮膚における微小血管系の分布を…

遺伝的回路におけるダイナミクスに対する物理的アプローチ

Jordi Garcia-Ojalvo(2011.3, ArXiv)[Physical approaches to the dynamics of geneticcircuits: A tutorial] 理由 どこで見つけたのかもうわからない 概要 細胞のふるまいは、遺伝子制御過程によって支配されている。この遺伝子制御過程は本質的に動的であ…

植物の発生中の幾何的な運河化としての葉序

Christophe Godin;..;Stéphane Douady(2020.10, Development)[Phyllotaxis as geometric canalization during plant development] 理由 Twitterで流れてきた 概要 内部や外部の変化の源が様々にあるにも関わらず、比較的頑健に生物の形が発生するのはなぜか…

リウマチ性疾患の患者の生物製剤に対する奇異性の皮膚反応

Simone Garcovich;..;Angelo Valerio Marzano(2019.3, Flontiers in Pharmacology)[Paradoxical Skin Reactions to Biologics in Patients With Rheumatologic Disorders] 理由 色んな皮膚炎の形を調べてて見つけたやつ 概要 生物学的製剤を用いた免疫調節を…

関節リウマチを理解するための定量的予測的なモデリング方法:短いレビュー

Fiona R. Macfarlane;...;Raluca Eftimie(2019.12, Cells)[Quantitative Predictive Modelling Approaches to Understanding Rheumatoid Arthritis: A Brief Review] 理由 自分の研究発表で使う数式化の参考に 概要 関節リウマチは主な公衆衛生の問題である…

自然免疫系の計算機モデリング

Alexandre Bittencourt Pigozzo;...;Marcelo Lobosco(2013.4, BMC Bioinformatics)[On the computational modeling of the innate immune system] 理由 自分の研究関連 概要 近年、ヒトの免疫系(HIS)の数理的、計算機的モデリングへの関心が高まってきた。HI…

常在細菌に対する免疫は乾癬状の皮膚炎を促進する

Charlotte Hurabielle;...;Yasmine Belkaid(2020.7, PNAS)[ Immunity to commensal skin fungi promotes psoriasiform skin inflammation] 理由 自分の研究関連 概要 定常状態下では、免疫系は微生物を感知して反応する準備が出来ている。このように、T細胞…

学際的研究の結晶:異常なバラ状の紅斑の征服

Nitin Verma;..;Muhammad Amjad Khan(2016.1, Case Reports in Pediatrics)[The "Pearls" of Multidisciplinary Team: Conquering the Uncommon Rosette Rash] 理由 色んな形の皮膚炎をさがしていたので 概要 線状IgA水疱性皮膚症(LAD)は、子供の慢性水疱性…

フィードバックバーテックスセットの動態と制御:制御ネットワークにおける分子活性の多様性を決定する忠実な指標

Atsushi Mochizuki;...;Daisuke Saito(2013.10, Journal of Theoretical Biology)[Dynamics and control at feedback vertex sets. II: A faithful monitor to determine the diversity of molecular activities in regulatory networks] 理由 こないだ読ん…

制御ネットワークの構造と遺伝子発現パターンの多様性

Atsushi Mochizuki(2008.1, Journal of Theoretical Biology)[Structure of regulatory networks and diversity of gene expression patterns] 理由 こないだ読んだ論文の理論パートの参考文献になってたやつ 概要 遺伝子制御ネットワークの複雑性は、細胞の…

単層細胞における機械化学的なパターンと最適移動の理論

Daniel Boocock;...; Tsuyoshi Hirashima; and Edouard Hannezo(2020.9, nature physics)[Theory of mechanochemical patterning and optimal migration in cell monolayers] 理由 Twitterで流れてきて、面白そうだったので 概要 選択的な細胞移動は、非平衡…

アフリカツメガエルにおける二次元モルフォゲン勾配:境界形成とリアルタイム伝達反応

T. Kinoshita;...; J.B. Gurdon(2006.10, Developmental Cell)[Two‐dimensional morphogen gradient in Xenopus: Boundary formation and real‐time transduction response] 理由 ノーベル賞2012年医学生理学賞 概要 モルフォゲン勾配は、胚でのパターン形成…

自発的かつCa2+誘導的な神経伝達物質の放出におけるシナプトタグミンの遺伝的解析

Zhiping P Pang;..;Thomas C Südhof(2006.4, EMBO J)[Genetic analysis of synaptotagmin 2 in spontaneous and Ca2+‐triggered neurotransmitter release] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 シナプトタグミン2は、前脳シナプスにおける速い神経伝達…

小胞体からゴルジ体へのタンパク質輸送に必要な分子機構

Linda Hicke; Randy Schekman(1990.6, BioEssays)[Molecular machinery required for protein transport from the endoplasmic reticulum to the golgi complex] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 小胞体とゴルジ体間のタンパク質の輸送を担当する細…

小胞の出芽と融合のタンパク質機構

James E. Rothman(1996.2, PROTEIN SCIENCE)[The protein machinery of vesicle budding and fusion] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 輸送小胞を出芽し融合する一般的なタンパク質機構は、細胞成長やエンドサイトーシス、ホルモン放出、神経伝達の…

ラットの海馬錐体細胞の配置と水中迷路中の空間学習

Stig A. Hollup; May‐Britt Moser Edvard I. Moser(2001.12, European Journal of Neuroscience)[Place fields of rat hippocampal pyramidal cells and spatial learning in the watermaze] 理由 ノーベル賞 2014年医学生理学賞 概要 空間学習中の海馬ニュ…

海馬場所細胞における二重相と発火頻度符号化:嗅内メッシュ細胞との関係と理論的重要性

John O'Keefe; Neil Burgess(2005.9, Hippocamous)[Dual phase and rate coding in hippocampal place cells: Theoretical significance and relationship to entorhinal grid cells] 理由 2014年ノーベル賞医学生理学賞 概要 海馬錐体細胞がEEGのθリズムに…

インドリンSpiroaminalの枠組みを含むインドールアルカロイドの非対称的全体合成

Takeshi Yamada;...;Satoshi Ōmura(2015.7, Chemistry Europe)[Asymmetric Total Synthesis of Indole Alkaloids Containing an Indoline Spiroaminal Framework] 理由 ノーベル賞シリーズ 2015年医学生理学賞(の片方) 概要 特異的なSpiroaminal の枠組みを…

LC3-Iの結晶化と初期X線解析

Kenji Sugawara;...;Yoshinori Ohsumic and Fuyuhiko Inagaki(2003.5, Acta Crystallographica Section D BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY)[Crystallization and preliminary X-ray analysis of LC3-I] 理由 ノーベル賞特集 2016年医学生理学賞 大隅先生 概要 Au…

決定された因子によるマウス胚と成体繊維芽細胞培養からの多能性幹細胞の誘導

Kazutoshi Takahashi; Shinya Yamanaka(2006.8, Cell)[Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors] 理由 ノーベル賞特集やってみましょう 概要 分化した細胞は卵細胞への核の移植や胚性幹…

一貫しない刺激下でのIL-10駆動型マクロファージ表現型の制御

Yishan Chuang;...;Joshua N. Leonard(2017.2, Innate Immun)[Regulation of the IL-10-driven macrophage phenotype under incoherent stimuli] 理由 自分の研究関連 概要 マクロファージは遍在する自然免疫細胞であり、異なる表現型に機能的に”分極化する”…

混乱を避ける動的特徴のシミュレーション

Dirk Helbing;...;Tamás Vicsek (2000.9, nature)[Simulating dynamical features of escape panic] 理由 これも数理生物で見つけたやつかなぁ 概要 選択的な人の行動の最も悲惨な形態の一つは、混乱によって誘導される群衆の押し寄せであり、しばしば人が衝…

二次元の興奮系の波の位相形状が、アメーバ細胞の自己組織的な形態ダイナミクスを支配する

Daisuke Taniguchi;...;Satoshi Sawai(2013.3, PNAS)[Phase geometries of two-dimensional excitable waves govern self-organized morphodynamics of amoeboid cells] 理由 これも数理生物で見つけたんだっけか 概要 ランダムに動く粘菌も哺乳類の細胞も…

PD-1阻害の有効性を促進する治療戦略の組み合わせ:ガン免疫治療の新時代

P. S. Chowdhury;..; T. Honjo(Journal of Internal madicine)[Combination therapy strategies for improving PD‐1 blockade efficacy: a new era in cancer immunotherapy] 理由 数理生物で出てきて、そういえば読んだことないと思ったので 概要 プログラ…

単細胞トランスクリプトーム解析におけるショウジョウバエ胚

Nikos Karaiskos;...;Robert P. Zinzen(2017.10, Science)[The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution] 理由 数理生物で見つけたやつ 概要 形態形成の開始において、ショウジョウバエ胚は異なる遺伝子の組み合わせを発現する約6000個の…

ネットワーク構造から決定される重要な遺伝子による細胞運命特殊化システムの制御

Kenji Kobayashi;...;Yutaka Satou(2018.6, iScience.)[Controlling Cell Fate Specification System by Key Genes Determined from Network Structure] 理由 数理生物で見つけたやつだった気がする 概要 多くの生物系において、生物分子間の制御を説明する…

血清バイオマーカーに基づく上皮性卵巣ガンにおける術前診断予測と予後予測のための人工知能の応用

Eiryo Kawakami;...;Aikou Okamoto(2019.5, CLINICAL CANCER RESEARCH)[Application of Artificial Intelligence for Preoperative Diagnostic and Prognostic Prediction in Epithelial Ovarian Cancer Based on Blood Biomarkers] 理由 数理生物で聞いて面…

3次元と2次元の画像データに基づく腹足類の貝殻における巻き方のパターンの定量的かつ幾何的な解析

Koji Noshita(2014.12, Journal of Theoretical Biology)[Quantification and geometric analysis of coiling patterns in gastropod shells based on 3D and 2D image data] 理由 数理生物学会で見て面白かったので 概要 腹足類の貝殻の形態は、生態や進化…

腹足類の貝殻における成長率の勾配の幾何解析と推定

Koji Noshita;...;TakenoriSasaki(2016.1, Journal of Theoretical Biology)[Geometric analysis and estimation of the growth rate gradient on gastropod shells] 理由 数理生物で話を聞いて面白かったので 概要 腹足類の貝殻の形態によって貝殻の開口部…