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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2020-08-01から1ヶ月間の記事一覧

細胞の再配置の機械的基盤 1.メダカの被包中の表皮形成

MICHAEL WELIKY and GEORGE OSTER(1990 Development)[The mechanical basis of cell rearrangement I. Epithelial morphogenesis during Fundulus epiboly] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 多くの形態形…

アメーバは子実体へどのように自己組織化するか:細胞性粘菌における多細胞の協調

Athanasius F. M. Mare´e and Paulien Hogeweg(2001.1, PNAS)[How amoeboids self-organize into a fruiting body: Multicellular coordination in Dictyostelium discoideum] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献…

細胞性粘菌の移動のモデル

Till Bretschneider; ...;Cornelis J.Weijer(1997.7, Journal of Theoretical Biology)[A Model for Dictyostelium Slug Movement] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 粘菌の移動は、10の5乗の細胞で構成さ…

細胞性粘菌の各自の選択的な細胞移動のモデル

Eirikur Palsson and Hans G. Othmer(200.7, PNAS)[A model for individual and collective cell movement in Dictyostelium discoideum] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 細胞間シグナリングやシグナル…

表面接着は細胞の配列を駆動できるか?Ⅱ部 幾何モデル

François Graner; Yasuji Sawada(1993.10, Journal of Theoretical Biology)[Can Surface Adhesion Drive Cell Rearrangement? Part II: A Geometrical Model] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 細胞再配…

分裂と胞胚形成と原腸陥入における一般的かつ遺伝的メカニズムの相互作用のモデリング

Dirk Drasdo Gabor Forgacs(2000.9, DEVELOPMENTALDYNAMICS)[Modeling the Interplay of Generic and Genetic Mechanisms in Cleavage, Blastulation, and Gastrulation] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要…

ランダムな細胞の梱包から生まれる哺乳類上皮の自発的な構造の組織化

Hisao Honda; Shuhei Imayama(1996.2, Journal of Investigative Dermatology)[Spontaneous Architectural Organization of Mammalian Epidermis from Random Cell Packing] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 …

哺乳類の皮膚における上皮細胞列の設立

Hisao Honda;,,,;AkiraTanabe(1979.12, Journal of Theoretical Biology)[Establishment of epidermal cell columns in mammalian skin: Computer simulation] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 この調査…

細胞分裂中の幾何学的な構成の計算機シミュレーション

H.Honda;... ;M.Dan-Sohkawa(1984.2, Journal of Theoretical Biology)[A computer simulation of geometrical configurations during cell division] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ヒトデAsterina pe…

ディリクレ領域による細胞パターンの説明:2次元の場合

Hisao Honda(1978.6, Journal of Theoretical Biology)[Description of cellular patterns by Dirichlet domains: The two-dimensional case] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ディリクレ領域による細胞…

モルフォゲン勾配の頑健性の根底には自己増進的なリガンド減少がある

Avigdor Eldar;...;Naama Barkai(2003.10, Developmental cell)[Self-Enhanced Ligand Degradation Underlies Robustness of Morphogen Gradients] 理由 「理論生物学」第4章4-1「反応拡散系のパターン形成」の参考文献 概要 モルフォゲン勾配は、発生場中に…

真正粘菌のリズム的な原形質の動きの数理モデル

Ryo Kobayashi;...;Toshiyuki Nakagaki(2006.6, Journal of Mathematical Biology)[Mathematical Model for Rhythmic Protoplasmic Movement in the True Slime Mold] 理由 「理論生物学」第3章3-5「真正粘菌の運動と知性」の参考文献 概要 真正粘菌Physarum…

変形粘菌のリズム的なアメーバの動きの保存則のある共役振動子モデル

A. Tero;...T. Nakagaki(2005.6, Physica D: Nonlinear Phenomena)[A coupled-oscillator model with a conservation law for the rhythmic amoeboid movements of plasmodial slime molds] 理由 「理論生物学」第3章3-5「真正粘菌の運動と知性」の参考文献 …

変形菌類による経路発見における獲得輸送ネットワークの数理モデル

Atsushi Tero;...;Toshiyuki Nakagaki(2007.2, Journal of Theoretical Biology)[A mathematical model for adaptive transport network in path finding by true slime mold] 理由 「理論生物学」第3章3-5「真正粘菌の運動と知性」の参考文献 概要 変形菌類…

神経回路モデルを用いて、スパイクタイミング依存シナプス可塑性による網膜視蓋系における方向選択性の発達機構を解析する

Minoru Honda,;....;Shinya Kuroda(2011.1, J Neurosci.)[Analysis of Development of Direction Selectivity in Retinotectum by a Neural Circuit Model with Spike Timing-Dependent Plasticity] 理由 「理論生物学」第3章3-4「視覚学習を構成論的に理解…

計算機シミュレーションによって、安定な逆平行の微小管相互作用を生み出すモーター特性が解明された。

François Nédélec(2002.9, Jounal of Cell Biology)[Computer simulations reveal motor properties generating stable antiparallel microtubule interactions] 理由 「理論生物学」第3章3-3「細胞骨格の力に依存した細胞構造の動態」の参考文献 概要 微…

計算機シミュレーションと画像処理によって、線虫の雄性前核の移動の初期メカニズムとしての長さ依存的な引き力が解明された。

Akatsuki Kimura;...;Shuichi Onami(2005.5, Development)[Computer Simulations and Image Processing Reveal Length-Dependent Pulling Force as the Primary Mechanism for C. elegans Male Pronuclear Migration] 理由 「理論生物学」第3章3-3「細胞骨格…

粘菌の細胞集団における長期間の自己組織化の自己制御回路

Satoshi Sawai;...;Edward C. Cox(2005.1, Nature)[An autoregulatory circuit for long-range self-organization in Dictyostelium cell populations] 理由 「理論生物学」第3章3-2「微生物の集団的な振舞い」の参考文献 概要 栄養を奪われた粘菌アメーバは…

合成的な多細胞クオラムセンシング

Jordi Garcia-Ojalvo;...;Steven H. Strogatz(2004.7, PNAS)[Modeling a synthetic multicellular clock: Repressilators coupled by quorum sensing] 理由 理論生物学」第3章3-2「微生物の集団的な振舞い」の参考文献 概要 多様な生化学リズムは、いくらか…

超高感度のシグナル伝達におけるノイズシグナル増幅

Tatsuo Shibata; Koichi Fujimoto(2005.2, Proceedings of the National Academy of Sciences)[Noisy signal amplification in ultrasensitive signal transduction] 理由 理論生物学」第3章3-1 「細胞における情報処理の確率性と自発的対称性の破れ」の参考…

生細胞の走化性シグナル系におけるノイズ生成と増加と伝搬

Tatsuo Shibata; MasahiroUeda(2008.7, Biosystems)[Noise generation, amplification and propagation in chemotactic signaling systems of living cells] 理由 理論生物学」第3章3-1 「細胞における情報処理の確率性と自発的対称性の破れ」の参考文献 概要…

真核細胞の走化性反応における確率シグナル過程と伝達

Masahiro Ueda; Tatsuo Shibata(2007.7 Biophys J.)[Stochastic Signal Processing and Transduction in Chemotactic Response of Eukaryotic Cells] 理由 理論生物学」第3章3-1 「細胞における情報処理の確率性と自発的対称性の破れ」の参考文献 概要 真核…

ハコフグの装甲の甲羅

鱗甲Wen Yang;...;Joanna McKittrick(2015.9, Acta Biomaterialia)[The armored carapace of the boxfish] 理由 サンプリングに行ったときにハコフグを見てその可愛さに気づいた 概要 ハコフグ(Lactoria cornuta)は、真皮の甲羅で構成される装甲を持つ。これ…

高周波数のペースの障害物に支えられる螺旋波の固定解除の数理的方法

Hiroyuki Kitahata and Masanobu Tanaka(2018.9, Biophys Physicobiol.)[Mathematical approach to unpinning of spiral waves anchored to an obstacle with high-frequency pacing] 理由 螺旋波を探しています 概要 螺旋波は多様な反応拡散系で観察される…

獲得免疫の制御:インターロイキン10の役割

T. H. Sky Ng;..;David C. Wraith(2013.5, Frontier in immunology)[Regulation of adaptive immunity; the role of interleukin-10] 理由 免疫分子の制御関係を調べていた 概要 1980年代にインターロイキン10(IL-10)が発見されてから、大量の研究によって自…

負のフィードバックはIL-10を分泌するTh1細胞の抗原に誘導された分化を通じて自己免疫反応を制御する

Leona Gabryšová;...;David C. Wraith(2009.8, J Exp Med)[Negative feedback control of the autoimmune response through antigen-induced differentiation of IL-10–secreting Th1 cells] 理由 免疫分子の制御関係を調べていた 概要 自己抗原と外来抗原に…

化学系における共鳴パターン形成

Valery Petrov;...;Harry L. Swinney(1997.8, nature)[Resonant pattern formation in achemical system] 理由 螺旋波の勉強をしてるときに見つけた 概要 非線形の振り子に応用される周期的な力は、周期が同調する振り子を生じさせる。これは、適応的な周期…

制御ネットワークの構造から生分子の動態の定常状態解析

Atsushi Mochizuki; Daisuke Saito(2010.9, Journal of Theoretical Biology)[Analyzing steady states of dynamics of bio-molecules from the structure of regulatory networks] 理由 「理論生物学」第2章2-3 「生体分子制御ネットワークの構造の力学的解…

制御ネットワークの構造と遺伝子発現パターンの多様性

AtsushiMochizuki(2008.1, Journal of Theoretical Biology)[Structure of regulatory networks and diversity of gene expression patterns] 理由 「理論生物学」第2章2-3 「生体分子制御ネットワークの構造の力学的解明」の参考文献 概要 遺伝子制御ネット…

フィードフォワードループネットワークモチーフの構造と機能

S. Mangan and U. Alon(2003.10, PNAS)[Structure and function of the feed-forward loop network motif] 理由 「理論生物学」第2章2-3 「生体分子制御ネットワークの構造の力学的解明」の参考文献 概要 工学系はしばしば重要な役割を行う回路モジュールを…