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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2021-03-01から1ヶ月間の記事一覧

T細胞ダイナミクスの定量化:テロメアからDNAラベリングまで

José A. M. Borghans; Rob J. De Boer(2007.3, Immunological reviews)[Quantification of T‐cell dynamics: from telomeres to DNA labeling] 理由 自分の研究関連 概要 免疫学は、従来免疫系やそれらの機能の細胞や分子要素を記述する定性科学であった。ご…

数理モデルから、インフルエンザに対する再起応答における記憶性CD8T細胞集団の役割が解明された

Veronika I. Zarnitsyna;...;Rustom Antia(2016.5, Front Immunol.)[Mathematical Model Reveals the Role of Memory CD8 T Cell Populations in Recall Responses to Influenza] 理由 自分の研究関連 概要 現在のインフルエンザのワクチンは、ワクチンに含…

組織常在T細胞由来のサイトカインは単純ヘルペスウイルス感染細胞を除去する

Pavitra Roychoudhury;...; Joshua T. Schiffer(2020.3, The Journal of Clinical Investigation)[Tissue-resident T cell–derived cytokines eliminate herpes simplex virus-2–infected cells] 理由 自分の研究関連 概要 CD8+とCD4+組織常在性T細胞(Trm細…

皮膚常在T細胞:免疫の場所での上昇と下降

Rachael A. Clark(2010.2 J Invest Dermatol.)[Skin resident T cells: the ups and downs of on site immunity] 理由 自分の研究関連 概要 通常の成人個体の皮膚表面には、全循環系におけるほぼ2倍の数である約200億のT細胞が存在する。最近の研究から、通…

炎症と疾患におけるIL-10ファミリーの制御と機能

Wenjun Ouyang;...; Sarah G. Hymowitz(2011.4, Annual Review of Immunology)[Regulation and Functions of the IL-10 Family of Cytokines in Inflammation and Disease] 理由 自分の研究関連 概要 サイトカインのIL-10ファミリーは、IL-10, IL-19, IL-20,…

ニッケルとクロム由来の接触皮膚炎の数理モデリング

J. P. Ward;...;G. S. Evans(2019.6, Journal of Mathematical Biology)[Mathematical modelling of contact dermatitis from nickel and chromium] 理由 自分の研究関連 概要 金属の抗原に晒された皮膚の応答は、刺激性とアレルギー性接触皮膚炎(ACD)を引き…

皮膚損傷治癒中の表皮-真皮相互作用の多段階ハイブリッド数理モデル

Yangyang Wang;...; Qing Nie(2020.4, Exp Dermatol.)[A multiscale hybrid mathematical model of epidermal-dermal interactions during skin wound healing] 理由 自分の研究関連 概要 損傷の後、皮膚は複雑な損傷治癒プログラムを活性化する。損傷治癒の…

ヒト皮膚組織培養におけるLPS誘導性の動力学的サイトカイン分泌プロファイル

Raanan Gvirtz;...;Guy Cohen(2020.3, pharmaceutics)[Kinetic Cytokine Secretion Profile of LPS-Induced Inflammation in the Human Skin Organ Culture] 理由 自分の研究関連 概要 局所的な皮膚炎の異なる側面を模倣する生体外モデルはいくつか存在する…

ハマサンゴ礁の物理特性への環境の影響

Molly A. Moynihan;...; Ali Miserez(2021.3, Coral Reefs)[Environmental impact on the mechanical properties of Porites spp. corals] 理由 ラボSlack 概要 サンゴ礁の骨格構造の経済的かつ生態的重要性と将来の気候変動に対する予測される脆弱性にもか…

自己組織的な合成形態形成リポソームは、局所光刺激に対する形の変化に応答する

Konstantin Gavriljuk;...;Philippe I. H. Bastiaens(2021.3, Nature Communications)[A self-organized synthetic morphogenic liposome responds with shape changes to local light cues] 理由 ラボSlackだったはず 概要 細胞外シグナルを細胞骨格変化に…

大腸菌の走化性は情報が制限されている

H.H. Mattingly;...;T. Emonet(2021.2, bioRxiv)[E. coli chemotaxis is information-limited] 理由 ラボSlackに流れてきた気がする 概要 生物はそれらの行動を左右するため環境情報を獲得して利用しなければならない。しかしながら、情報が行動を制限するの…

組織の成長が根の組織の輪郭を同じ形状に制約する

Motohiro Fujiwara;...;Koichi Fujimoto(2021.2, Development)[Tissue growth constrains root organ outlines into an isometrically scalable shape] 理由 自分の分野関連 概要 組織の形態は多様であるだけでなく、種間で共有される発生的制約下で保存され…

木は同じ分岐角度をもつか?

Robert M.Beyer;...;HansPretzsch(2021.3, Journal of Theoretical Biology)[Do trees have constant branch divergence angles?] 理由 気になったやつ 概要 多くの草本植物の特徴は中心の軸に沿った側方器官の驚くほど規則的な配置である。これらの葉序パタ…

概日リズムに基づく炎症応答-呼吸器疾患と治療の解釈

Maria Comas;...;Craig L. Phillips(2017.9, BMC Sleep Science and Practice)[A circadian based inflammatory response – implications for respiratory disease and treatment] 理由 自分の研究関連 概要 概日時計は、我々の生理、代謝、生化学機能の日内…

炎症、治癒、そして再生におけるマクロファージ

Yumiko Oishi; Ichiro Manabe(2018.8, International Immunology)[Macrophages in inflammation, repair and regeneration] 理由 自分の研究関連 概要 組織損傷は、組織と細胞の損傷によって活性化する炎症から始まり、治癒を進める複雑な細胞応答を引き起こ…

炎症促進と炎症抑制シグナルの動的なバランスは疾患を制御し、病理を制限する

Joseph M Cicchese;...;Denise E Kirschner(2018.9, Immunol Rev.)[Dynamic balance of pro- and anti-inflammatory signals controls disease and limits pathology] 理由 自分の研究関連 概要 病原体に対する免疫反応は複雑であり、多くの疾患でよく理解さ…

炎症における免疫細胞の移動:現在と将来の治療標的

Andrew D Luster;...;Ulrich H von Andrian(2005.11, Nature Immunology)[Immune cell migration in inflammation: present and future therapeutic targets] 理由 自分の研究関連 概要 リンパ球移動の急成長分野は、臨床で新しく興味深い機会を生み出してき…

胚盤葉上層の管腔形成の解明から、胚成長とパターン形成の原始羊膜腔制御が解明された

Yung Su Kim;...;Ivan Bedzhov(2021.3, Science Advances)[Deciphering epiblast lumenogenesis reveals proamniotic cavity control of embryo growth and patterning] 理由 ラボSlackで来たやつ 概要 着床前後の段階の間、マウス胚はその見た目を根本的に…

コヒーレント X 線回折によって解明された卵白ゲルの不均一なダイナミクスとネットワーク形成の力学

Nafisa Begam;...; Frank Schreiber(2021.3, Phys. Rev. Lett.)[Kinetics of Network Formation and Heterogeneous Dynamics of an Egg White Gel Revealed by Coherent X-Ray Scattering] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 X線光子相関分光法と超小角X線散…

機能的革新によりアリの超高速アゴ捕獲メカニズムの進化における形態の多様化が促進される

Douglas B. Booher;...;Evan P. Economo(2021.3, PLOS BIOLOGY)[Functional innovation promotes diversification of form in the evolution of an ultrafast trap-jaw mechanism in ants] 理由 ラボSlack 概要 進化的革新は生命史における2つの長期的な傾向…

ヒドラの睡眠様状態から、中枢神経系の進化的発生の間で保存された睡眠メカニズムが解明された

Hiroyuki J. Kanaya;...;Taichi Q. Itoh(2020.10, Science Advances)[A sleep-like state in Hydra unravels conserved sleep mechanisms during the evolutionary development of the central nervous system] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 睡眠行…

ヒドラにおけるパターン形成のモデリング:発生の重要な段階の理解への道筋

HANS MEINHARDT(2012.1 ,Int. J. Dev. Biol)[Modeling pattern formation in hydra: A route to understanding essential steps in development] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 ヒドラにおけるパターン形成のモデリングは、複雑かつ自己制御的なパタ…

形態の複雑性の進化と発生に関して:遺伝子制御ネットワークの観点から

Pascal F. Hagolani;...;Isaac Salazar-Ciudad (2021.2, PLoS Comput Biol)[On the evolution and development of morphological complexity: A view from gene regulatory networks] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 形態の複雑性はどのように進化するのか…

2次元の川系における魚の移動の個体ベースモデリング

Marcía N. Snyder;...;Druscilla Keenan (2019.3, Landscape Ecology)[Individual based modeling of fish migration in a 2-D river system: model description and case study] 理由 ラボSlackに流れてきた 概要 文脈 太平洋岸北西部における通し回遊魚の…

葉序の遷移における一連の対称性の破れ

HIROYASU YAMADA;...;TOSHIYUKI NAKAGAKI(2004, Bulletin of Mathematical Biology)[Sequences of Symmetry-Breaking in Phyllotactic Transitions] 理由 ラボセミナーで取り上げられてた 概要 この論文では、群論的な方法で葉序パターンの遷移を研究する。…

細胞運命決定における確率性と決定論

Christoph Zechner;...;Caren Norden(2020.7, Development)[Stochasticity and determinism in cell fate decisions] 理由 ラボセミナーで出てきて面白そうだったので 概要 発生の間、正確な数と種類の細胞が、正確な時間と場所で確定するように保証するため…

進化的多様化に対する進化する表現型分布の重要性に関して

Gil Jorge Barros Henriques;...;Michael Doebeli(2021.2, PLoS Comp. Biol.)[On the importance of evolving phenotype distributions on evolutionary diversification] 理由 ラボSlack 概要 単峰形の表現型分布の集団が、2つ以上の系統を含む多峰性の分布…

ヒト頭蓋形態に応用する発生の運河化のモデル

Philipp Mitteroecker; Ekaterina Stansfield(2021.2, PLOS Comp. Biol.)[A model of developmental canalization, applied to human cranial form] 理由 ラボSlackで流れてきたやつ 概要 生物の発達(目的成長や代償成長)の摂動を方向付けて補填する発生メカ…

概日リズムとドーパミンの数理モデル

Ruby Kim; Michael C. Reed(2021.2, Theoretical Biology and Medical Modelling)[A mathematical model of circadian rhythms and dopamine] 理由 購読してた雑誌から久々に新着記事来た 概要 背景 視交叉上核(SCN)は、哺乳類の一次概日時計(24h)を与え、睡…

ヒト大脳オルガノイドの転写因子プロファイルへの初期の幾何的閉じ込めの効果

Dilara Sen;..;Albert J. Keung(2021.2, bioRxiv)[Effects of early geometric confinement on the transcriptomic profile of human cerebral organoids] 理由 ラボSlackで拾った 概要 背景:形や機械的な力のような生物物理学的要因は、幹細胞分化や胚発生…