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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

2019-11-01から1ヶ月間の記事一覧

植物における細胞基質と葉緑体のフリーカルシウムの概日振動

CH Johnson;...;A Trewavas(1995.9, Science)[Circadian oscillations of cytosolic and chloroplastic free calcium in plants] 理由 植物の振動について 概要 タバコとシロイヌナズナなどの植物で、カルシウム感受性蛍光タンパク質アポエクオリンの導入遺…

ZEITLUPEは青色光においてGIGANTEAによって安定化される概日光受容体である。

Woe-Yeon Kim;...; David E. Somers(2007.8, nature)[ZEITLUPE is a circadian photoreceptor stabilized by GIGANTEA in blue light] 理由 植物の周期に関して知りたくなったので 概要 概日時計は多くの重要な細胞過程の適切な位相づけるを調節するのに必須…

植物の概日時計は光合成や成長、生存そして競争の有利さを上昇させる

Antony N. Dodd;...; Andrew J. M(2005.7, Science)[Plant Circadian Clocks Increase Photosynthesis, Growth, Survival, and Competitive Advantage] 理由 こないだ植物にも周期があるという話をきいたので 概要 概日時計は植物に利点を与えると信じられて…

日陰の植物プランクトンのパラドックス:弱光下で植物プランクトンが増殖するとき

Masato Yamamichi;...;Jotaro Urabe(2018.6, PROCEEDINGS)[A shady phytoplankton paradox: when phytoplankton increases under low light] 理由 実習で使うかもしれない論文 概要 光は生態系ダイナミクスの基本的な駆動物であり、光合成と初期産生の速度に…

宿主-ウイルス競合の時空間ダイナミクス:インフルエンザAのモデル研究

John Whitman;....;Ciriyam Jayaprakash(2020.1, Journal of Theoretical Biology)[Spatio-temporal dynamics of Host-Virus competition: A model study of influenza A] 理由 JTBの新しい論文に免疫の時空間ダイナミクスの内容があったので 概要 ここでは…

ペースを設定する:ハコクラゲの遊泳における中枢パターン生成器の新しい概念

Anna Lisa Stöckl;...;Dan-Eric Nilsson(2011.11, PLOS ONE)[Setting the Pace: New Insights into Central Pattern Generator Interactions in Box Jellyfish Swimming] 理由 ラボセミナーで紹介されていたので 概要 中枢パターン発生器(CPG)は全ての動物界…

神経管閉鎖中のセプチン支配性繊毛の葉酸依存的メチル化

Manami Toriyama;...; Richard H. Finnell(2017.4, FASEB J.)[Folate-dependent methylation of septins governs ciliogenesis during neural tube closure] 理由 議論の予習4 概要 妊娠前後の母体の葉酸(ビタミンB9)サプリの接種は神経管閉鎖(NTDs)の有病率…

低張性に誘導された細胞膨張はTRPA1を活性化する

Fujita F;...;Tominaga M(2018, J Physiol Sci.)[Hypotonicity-induced cell swelling activates TRPA1.] 理由 議論の予習 概要 低張性の溶液は、鼻や眼の粘膜において痛覚を起こしうるが、その分子メカニズムは完全に理解されたわけではない。ヒトTRPA1(hTR…

全組織免疫染色によって、ヒト汗腺における3次元の細胞の形と配列

Ryuichiro Kurata;...;Kiyotoshi Sekiguchi(2017.6, PLOS ONE)[Three-dimensional cell shapes and arrangements in human sweat glands as revealed by whole-mount immunostaining] 概要 議論の予習 概要 汗の分泌は汗腺の構造の機械的収縮によって促進さ…

造血幹細胞の増加に重要なシグナル分子を解明するためのモチーフ設計型受容体のデザイン

Ishizuka S;...; Kawahara M(2018.7, ACS Synth Biol. )[Designing Motif-Engineered Receptors To Elucidate Signaling Molecules Important for Proliferation of Hematopoietic Stem Cells.] 理由 こないだいった研究交流会で会ったひとが話に来るとのこ…

総合的な回路によって、遺伝子制御ネットワークが進化をどのようなメカニズムで拘束するかを解明する

Yolanda Schaerli;...;Andreas Wagner(2018, Molecular systems biology)[Synthetic circuits reveal how mechanisms of gene regulatory networks constrain evolution] 理由 ラボセミナーで紹介されていたので 概要 表現型の多様性は適応性のダーウィン進…

生殖隔離の交配、自然選択、進化:ヤブカ複合の蚊の2つの兄弟間の人工同所的な領域を25年間調査した

Sandra Urbanelli;...;Giuseppe Nascetti(2014.7, The New York Academy of Sciences)[HYBRIDIZATION, NATURAL SELECTION, AND EVOLUTION OF REPRODUCTIVE ISOLATION: A 25‐YEARS SURVEY OF AN ARTIFICIAL SYMPATRIC AREA BETWEEN TWO MOSQUITO SIBLING SPEC…

動物の放射性のはじまり:エディアカラ動物群の系統発生と生態と進化

Shuhai Xiao;Marc Laflamme(2009.1, Trends in Ecology & Evolution)[On the eve of animal radiation: phylogeny, ecology and evolution of the Ediacara biota] 理由 Biomimeticsの論文 概要 エディアカラ化石はカンブリア爆発の直前に重要な進化エピソー…

2種の細菌間の相互作用の分離もしくは協力の研究

Chandra N Jack;...;Joan E Strassmann(2008.10, BMC)[Segregate or cooperate- a study of the interaction between two species of Dictyostelium] 理由 ラボセミナーで紹介されていたので 概要 背景 進化生物学における主な挑戦は、特に一つのグループや…

反射防止コーティング:重要かつ詳細な総説

Hemant Kumar Raut;...;Seeram Ramakrishna(2011.8, Energy Environ. Sci.,)[Anti-reflective coatings: A critical, in-depth review] 理由 Biomimeticsの論文 概要 反射防止コーティング(ARCs)は様々な視覚や光電気的な装置の効率的な反射率と強光減少要素…

生物に影響を受けた特別な濡れ性における最近の発達

Kesong Liu;...;Lei Jiang(Chemical Society Reviews, 2010)[Recent developments in bio-inspired special wettability] 理由 Biomimeticsの論文 概要 自然は科学者と技術者にとっての学び舎である。4.5億年の厳しい進化の後、自然の生き物が魅力的な表面の…

バイオミメティクス:自然から学ぶ-概要

Bharat Bhushan(2009.4, Philos Trans A Math Phys Eng Sci. )[Biomimetics: lessons from nature--an overview.] 理由 Biomimetics論文 概要 自然はマクロスケールからナノスケールで機能する物質や物体や反応を生み出す。これらは、3.8億年の進化を経験し…

超撥水、自己洗浄、低接着そして抗力低下を持つ自然とバイオミメティクな人工表面

lBharatBhushan;Yong ChaeJung(2011.1, Progress in Materials Science)[Natural and biomimetic artificial surfaces for superhydrophobicity, self-cleaning, low adhesion, and drag reduction] 理由 Biomimeticsの論文が読みたくなったので 概要 自然界…

樹状的な機能の要約:バイオミメティクスから物質科学への自然な場所分離原理の応用

Stefan Hecht; Jean M. J. Fréchet Prof.(2001.1, Angewandte Chemie International Edition )[Dendritic Encapsulation of Function: Applying Nature's Site Isolation Principle from Biomimetics to Materials Science] 理由 Biomimeticsの論文 概要 選…

人工細菌鞭毛:製作と磁気制御

Li Zhang;...;Bradley J. Nelson(2009.1, Appl. Phys. Lett.)[Artificial bacterial flagella: Fabrication and magnetic control] 理由 Biomimeticsの論文 概要 鞭毛細菌の自然界のデザインから着想を得て、ここではそれらの生物に匹敵する形とサイズを持ち…

生物医学の表面科学:未開の地への基盤

David G.Castner; Buddy D.Ratner(2002.3, Surface Science)[Biomedical surface science: Foundations to frontiers] 理由 Biomimeticsの論文 概要 ほとんどの生物反応は表面や境界面で起こるため、表面というのは生物や医学で重要な(vial→vitalの誤植?)役…

層ごとの生物医学的応用:バイオミメティクスから組織工学

Zhiyong Tang;...;Nicholas A. Kotov(2006, ADVANCED MATERIALS)[Biomedical Applications of Layer-by-LayerAssembly: From Biomimetics to TissueEngineering] 理由 Biomimeticsの論文 概要 分子レベルでの応用的なナノ構造の物質のデザインは生物医学分野…

分子バイオミメティクス:生物学を通じたナノ技術

Mehmet Sarikaya;...;François Baneyx (2003.9, nature materials)[Molecular biomimetics: nanotechnology through biology] 理由 ラボでオナモミの話をしてからBiomimeticsに興味が出てきたので 概要 タンパク質はお互いの巨大分子と無機物間の特異的な相…

2.生まれるパターン 

西浦廉政(2003.2, 岩波書店)[自己複製と自己崩壊のパターンダイナミクス] 理由 理論の勉強 概要 相互作用を行こない、かつ安定な平衡点を持ち、拡散の速さに違いがある2つの異なる物質を考える チューリング不安定性:これらの物質が拡散しつつ反応すれば平衡…

NMDAR-調節性Ca2+の増加は樹状突起における頑健な情報輸送を示す

Takehiro Tottori;...;Shinya Kuroda(2019.5, Biophysical Jornal)[NMDAR-Mediated Ca2+ Increase Shows Robust Information Transfer in Dendritic Spines] 理由 黒田先生シリーズ 概要 樹状突起は他のニューロンからの入力時間経過情報を処理するニューロ…

率志向性のトランスオミクス:反応動態に基づいた複数オミックデータの統合

Katsuyuki Yugi;...;Shinya Kuroda(2019.6, Current Opinion in Systems Biology)[Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics] 理由 黒田先生シリーズ 概要 ここでは、複数のオミック層を機構的に接…

低糖質食事法およびレジスタンス運動が身体組成と血中代謝物・ホルモン濃度に与える影響

伊藤 翔;...;黒田 真也(2019, 体力科学)[Effects of low-carbohydrate diet and resistance exercise training on physical characteristics and concentrations of plasma metabolites and hormones ] 理由 黒田先生シリーズ 概要 我々はヒトにおける、低炭…

ヒトにおける血中グルコースを最小化する口腔グルコース接種パターンの論理デザイン

Masashi Fujii;...; Shinya Kuroda(2019.2, Systems Biology and Applications)[Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans] 理由 黒田先生シリーズ2 概要 食後の血中グルコースレベルの過剰な増加は大血管障害…

細胞内情報伝達における追加ノイズに対する頑健性

Takehiro Tottori;...;Shinya Kuroda(2019.10, PHYSICAL REVIEW E)[Robustness against additional noise in cellular information transmission] 理由 私が初めて手に取った理論系の生物分野の研究室が、黒田研だったな、と思い出したので 概要 細胞内反応(…

バラの茎のトゲのパターニングとパターンの数理モデルの発見

Kazuaki Amikura, Hiroshi Ito(2019.10, bioRxiv)[Discovery of the prickle patterning on the stem of rose and the mathematical model of the pattern] 理由 Twitterで見て、面白い研究だなと思ったので 概要 生物の多くの発生パターンが、因子の拡散に…