2019-01-01から1年間の記事一覧
Yoshinobu Nagashima;...;Yoshihisa Oda(2018.8, Scientific reports)[A Rho-based reaction-diffusion system governs cell wall patterning in metaxylem vessels] 理由 セミナーで話を聞いて面白かったので 概要 Rho GTPasesは細胞極性とパターン形成にお…
lLei S.Qi;...;Wendell A.Lim(2013.10, Cell)[Repurposing CRISPR as an RNA-Guided Platform for Sequence-Specific Control of Gene Expression] 理由 進化学の勉強 概要 ゲノムワイドスケールでの標的遺伝子の制御は、細胞系の情報を得たり、摂動を与えた…
Chris P.Ponting;...;WolfReik(2009.2, Cell)[Evolution and Functions of Long Noncoding RNAs] 理由 進化の論文で面白そうなやつ 概要 RNAはDNAとタンパク質との間の伝達物質なだけではない。本質的に全ての真核生物ゲノムの転写は、発現と制御の複雑な重…
CarlosLópez-Otín;...;GuidoKroemer(2013.6, Cell)[The Hallmarks of Aging] 理由 進化学の被引用数高い論文で面白そうだった 概要 老化とは、生理学的な完全性を徐々に失うという特徴があり、機能の喪失と死に対する脆弱性の増加に繋がる。この劣化は癌や糖…
Koichiro Tamura;...;Sudhir Kumar(2011.10, Molecular Biology and Evolution)[MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods] 理由 進化学が苦手すぎて少し勉強。Web…
Norikazu Ichihashi;...;Tetsuya Yomo(2013.10, Nature Communications)[Darwinian evolution in a translation-coupled RNA replication system within a cell-like compartment] 理由 セミナーでちらっと出てきて面白かったので 概要 生物と非生物の化学成…
Christopher T. Fincher;...; Peter W. Reddien(2018.5, Science)[Cell type transcriptome atlas for the planarian Schmidtea mediterranea] 理由 ラボセミナーで若干出てきたので 概要 細胞種のトランスクリプトームはその生物学を調節する活性遺伝子を定…
Sjors van der Stelt;...;Jens D. M. Rademacher(2012.7, Journal of Nonlinear Science)[Rise and Fall of Periodic Patterns for a Generalized Klausmeier–Gray–Scott Model] 理由 Gray-Scottモデルのお勉強 概要 この論文では、なだらかな地形上における…
A.Coronel-Escamilla;...;R.F.Escobar-Jiménez(2018.2, Physica A: Statistical Mechanics and its Applications)[A numerical solution for a variable-order reaction–diffusion model by using fractional derivatives with non-local and non-singular k…
Nicholas R.Benson;...;Gerald G.Krueger(2006.10, Journal of Investigative Dermatology)[An Analysis of Select Pathogenic Messages in Lesional and Non-Lesional Psoriatic Skin Using Non-Invasive Tape Harvesting] 理由 自分の研究の参考文献にしよ…
Francesco Montefuscoa;...;Morten G. Pedersena(2019.10, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY)[Heterogeneous alpha-cell population modeling ofglucose-induced inhibition of electrical activity] 理由 JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGYで実習に近い論文が…
Mara D. Rueda-Contreras;...;Rafael A. Barrio(2018.8, PLOS ONE)[Curvature-driven spatial patterns in growing 3D domains: A mechanochemical model for phyllotaxis] 理由 セミナーで出てきたので 概要 ここでは、植物の頂端分裂組織(SAM)における葉序…
F. Campeloa;.A. Hern´andez-Machado(2006. Eur. Phys. J. E)[Dynamic model and stationary shapes of fluid vesicles] 理由 ラボセミナーでちらっと出てきたPhase Fieldの論文 概要 流体粒子の曲げエネルギーを考慮したphase-fieldモデルを示す。Canham-He…
Lee Ringham;..;Robert Gniadecki(2019.10, iScience)[Skin Patterning in Psoriasis by Spatial Interactions between Pathogenic Cytokines] 理由 自分の研究に近い論文が出ていた 概要 ヒト皮膚疾患の障害は単一の散在パターンから複雑なリングや螺旋まで…
CHRISTIAN HEINTZEN;...;DOROTHEE STAIGER(1997, Proc. Natl. Acad. Sci. USA)[AtGRP7, a nuclear RNA-binding protein as a component of a circadian-regulated negative feedback loop in Arabidopsis thaliana] 理由 植物の周期について 概要 概日リズム…
Sabrina E. Sanchez;...;Marcelo J. Yanovsky(2010.11, nature)[A methyl transferase links the circadian clock to the regulation of alternative splicing] 理由 概日時計について調べてた頃の名残 概要 生物は、概日リズムによって生物学的過程を昼夜サ…
Robert Marsland;...;Pankaj Mehta(2019.7, arXiv)[The Community Simulator:A Python package for microbial ecology] 理由 実習で使いかけた論文 概要 自然界の微生物集団は何千もの相互作用する種を含んでいる。この理由から、計算機シミュレーションは微…
Nathan I Johns;...;Harris H Wang(Current Opinion in Microbiology)[Principles for designing synthetic microbial communities] 理由 実習で使いかけた論文 概要 明白かつ調節できる特徴を持つ微生物を作るための合成生物学の進歩によって、多種の集団を…
Christoph Ratzke;...;Jeff Gore(2019.6, bioRxiv)[Strength of species interactions determines biodiversity and stability in microbial communities] 理由 実習で使いかけた論文 概要 生物、特に微生物は複雑な集団で暮らす傾向がある。これらの生態系…
Joshua E. Goldford;...;Alvaro Sanchez(2018.8, Science)[Emergent simplicity in microbialcommunity assembly] 理由 実習で使うかもしれない(使わないことが確定した) 概要 微生物細菌叢における主な未解決問題は、自然のコミュニティの調査で見られる複…
Jean C. C. Vila;...;James Rosindell(2019.8, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION)[Uncovering the rules of microbial community invasions] 理由 実習で使う(使わないことになった) 概要 生物学的侵略の結果を決定する生態学的・進化学的過程を理解することは、…
Chiraj K. Dalal;...;Michael B. Elowitz(2014.9, Current Biology)[Pulsatile Dynamicsin the Yeast Proteome] 理由 実習で使う論文 概要 環境条件に応答する転写因子の活性は、細胞制御の基本である。最近の研究によって、転写因子のなかには一定の環境下…
Xiaojing J. Gao;...;Michael B. Elowitz(2018.9, Science)[Programmable protein circuits in living cells] 理由 実習関連 概要 合成的なタンパクレベルの回路は、強力かつ新しい細胞のふるまいの制御を可能にする。理論的なタンパク回路設計は、構成可能…
Yihan Lin;...;& Michael B. Elowitz(2015, NATURE)[Combinatorial gene regulation by modulation of relative pulse timing] 理由 実習関連 概要 個々の生細胞の研究によって、同じ細胞の中で多くの転写因子が動的に活性化し、しばしば確率的にパルスを出…
Lori Niehaus;...;Babak Momeni(2019.5, nature communication)[Microbial coexistence through chemical-mediatedinteractions] 理由 実習で使いそうな論文 概要 相互作用する種の集団内では、多くの微生物機能が起こる。異なる増殖率を持つ種がどのように…
Gürol M. Süel;...;Michael B. Elowitz(2007, Science)[Tunability and Noise Dependence in Differentiation Dynamics] 理由 実習で使うかもしれないので 概要 分化の動的な過程は、遺伝的回路の根底にある構造や定量的パラメーターやノイズに依存する。し…
Jin Park;...;Michael B. Elowitz(2018.3, Cell System)[Molecular Time Sharing through Dynamic Pulsing in Single Cells] 理由 実習で使いそう 概要 細胞内では、特異制御因子が限られた主要な酵素資源量をとりあっている。元来、競争によって一定量の制…
Joe H. Levine;…:Michael B. Elowitz(2013.12, Science)[Functional Roles of Pulsing in Genetic Circuits] 理由 実習で使うかもしれない論文 概要 生物学における根本的な問題は、遺伝的回路がどのように主要な細胞機能を実装するかである。タイムラプスの…
Patrice A. Salome;C. Robertson McClung(2005.3, American Society of Plant Biologists)[PSEUDO-RESPONSE REGULATOR 7 and 9 Are Partially Redundant Genes Essential for the Temperature Responsiveness of the Arabidopsis Circadian Clock] 理由 植物…
David Alabadı́;...;Steve A.Kay(2002.4, Current Biology)[Critical Role for CCA1 and LHY in Maintaining Circadian Rhythmicity in Arabidopsis] 理由 植物の振動 概要 概日時計は自己調節的で内在的なメカニズムであり、これによって、バクテリアから人…
