ゲノムにおける二塩基進化の解析のためのメチル化駆動型モデル

Jian-Hong Sun;...;Shu-Qun Liu(2020.4, BMC Theoretical Biology and Medical Modelling)[Methylation-driven model for analysis of dinucleotide evolution in genomes]

理由

いつも使ってる論文収集サイトにTBMが載っておらず、読み損ねていたので

概要

背景

脊椎動物のゲノムの主なメチル化箇所であるCpGsは、CpGのメチル化形からTpG/CpAへの高い変異率を示すため、ゲノム構成の進化に影響する。しかしながら、二塩基の頻度や特性の観点におけるゲノム構成の進化におけるCpGからTpG/CpA変異の定量的な影響はまだほとんど理解されていない。

結果

分子進化の中立説に基づき、16の二塩基の頻度と特性における変化とCpGからTpG/CpA変異の既知の数を与えるゲノムのGC要素における変化の予測を可能にするメチル化駆動型モデル(MDM)を提案する。既知の脊椎ゲノムのMDMを応用することで、16の二塩基とGC要素のほとんどで、推定される初期値に関連する頻度と要素における変化が予測と観察でよく合っていた。さらに、低次の脊椎ゲノムよりも哺乳類のゲノムにおいてモデルの結果がよかった。モデルの結果はゲノム構成の特徴やゲノムの推定初期状態そして推定パラメーターに依存する。これらのうち一つ以上によって、低次の脊椎動物ゲノムと哺乳類の異なる適用効果や、それらの観察頻度から少ない二塩基予測頻度の偏差の大きさが生まれる。

結論

現在のモデルの制限にも関わらず、高次の脊椎動物(哺乳類)ゲノム観察にうまく合っている。これはゲノム二塩基構成の進化の駆動におけるメチル化の役割を理解するための研究を促進する

雑記

哺乳類を「高等動物」っていう人、心の中では少し苦手(生き物は皆すごいので)