大腸菌の転写制御ネットワークにおけるネットワークモチーフ

Shai S. Shen-Orr,;...;Uri Alon(2002.4, nature genetics)[Network motifs in the transcriptional regulation network of Escherichia coli]

理由

「理論生物学」第2章2-3 「生体分子制御ネットワークの構造の力学的解明」の参考文献

概要

細胞における遺伝子発現を制御する転写制御ネットワークの設計原理については知られていない。しかしながら、データ収集と解析における最近の進歩によって、遺伝子制御ネットワークに関してかつてない量の情報が生まれている。これらの複雑な架線ダイアグラムを理解するために、このよなネットワークを基本的な構造ブロックに落とすことを考えた。配列解析で広く用いられるモチーフの考えをネットワークのレベルに一般化する。ランダムネットワークで見られるよりも高い頻度で異なるネットワークの部分で再発する内部接続のパターンとして、「ネットワークモチーフ」を定義した。体系的な検出ネットワークモチーフの新しいアルゴリズムを最も特徴的な制御ネットワークの一つに応用した。このネットワークは大腸菌における直接的な転写相互作用である。ネットワークの多くは3つの非常に有意なモチーフの繰り返しの見た目で構成されることが分かった。それぞれのネットワークモチーフは時間的な発現プログラムを生み出したり、変動する外部シグナルに対する応答を支配するような遺伝子発現を検出する特定するの関数をもつ。モチーフ構造によって、生物の既知の転写ネットワークを簡単に解釈できる。この方法は他の生物ネットワークの基本的な計算要素を決定するのに役立つかもしれない

雑記

「君は私より賢いんだから、”おでんし”と打ち込んだらミスタイプだと思って”遺伝子”に変換するくらいの気遣いはできないのかね」とPCを叱っている