SHAPE誘導性RNA構造相同性とモチーフ発見

Edoardo Morandi;...;Danny Incarnato(2022.3, Nature Communications)[SHAPE-guided RNA structure homology search and motif discovery]

理由

ラボSlackに流れてきた

概要

RNA構造プローブ法が急速に有名になったことで、可能なRNA構造情報の大量に得られるようになった。これにより、それらの反応プロファイルの直接的な構成による構造の相同性の領域で共有されるRNAsを同定する効果的な道具の開発が必要になった一方で、保存された構造特徴の発見が可能になった。ここでは、RNA分子における構造的に相同な領域を同定する大規模な配列非依存的なSHAPE誘導性アルゴリズムであるSHAPEwarpを紹介する。デングウイルスやジカウイルス、コロナウイルスの解析から、既知のRNA構造が要約され、新しく非常に保存された構造要素が同定された。本研究では、トランスクリプトーム内で共有・保存されたRNA構造的な特徴を同定する非モデル探索に向けた初歩的な段階を示す。

雑記

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