生化学的適応を達成できるネットワークトポロジーの定義

Ma W;...;Tang C(2009.8, Cell)[Defining network topologies that can achieve biochemical adaptation.]

理由

「実験医学　数理モデル特集」第1章1. システム生物学　の参考文献

理由

多くのシグナル伝達系は適応を示す。すなわち、刺激に応答した後それらをリセットする。ここでは、適応を行える可能性のある3

ノード酵素ネットワークトポロジーを全て計算的に探索した。頑健な解としてたった2ちの主要なトポロジーが現れた。1つは緩和ノードを持つ負のフィードバックループ、もう1つは比例制御ノードを持つインコヒーレントフィードフォワードループである。これらのトポロジーを含む最小の回路は、適切なパラメーター領域で十分に適応を示す。適応を頑健に示すより複雑な回路もすべて、少なくとも一つのこれらのトポロジーを核として持っている。この解析により、適応回路の有限集合を明らかにする表を作ることができる。可能な生化学ネットワークの多様性にも関わらず、主要なトポロジーの有限集合は特定の関数の中にのみ存在する。これらの設計ルールによって、複雑な自然界のネットワークを関数的に分類する枠組みと、工学的ネットワークのマニュアルが与えられる。

印象的な図

Fig7. 大腸菌の化学走性における完全適応のネットワークは適応回路の負のフィードバックループに所属する

雑記

バファリン、Bufferingで緩和するって意味だったのか！こういうの気づくの楽しいな

薬の名前から英語勉強するのもいいかも