予測生物学：微生物の複雑性の再現、理解、利用

Allison J. Lopatkin & James J. Collins(2020.5, Nature Reviews Microbiology)[Predictive biology: modelling, understanding and harnessing microbial complexity]

理由

ラボセミナーで出てきた

概要

予測生物学は、特に微生物における合成生物学とシステム生物学における次の大きな章である。かつて実行不可能のように見えた課題は、複雑な知覚機能と作動機能を行う内在の合成遺伝子回路の設計・実装や、特異的かつ事前定義された構成を持つ複数種類の細菌集団の蓄積のように次第に達成されている。これらの達成は、生物・物理・工学の多様な専門の統合により可能になった結果、生物の設計の出現と定量的な理解に繋がった。これまで拡張したマルチオミックスデータが可能になったので、理論の応用に変える潜在的な効用は、生物システムを支配する定量的な原理に強く根差している。この総説では、微生物学で注目されている予測生物学の重要な分野と、微生物の本質的な複雑性を関連する困難、そして微生物学をより予測可能にする定量的な方法の価値について議論する。

印象的な図

Fig2. 従来のシステムの方法は動的モデリングと実験検証間の継続的なフィードバックにで定義される

雑記

機械学習、学習しなきゃなぁ