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生物学(主に理論生物学)の論文を書くために読みます

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体腔球から着色骨材まで:ナマコ類Cucumaria frondosaの免疫反応における細胞要素と過程

GUILLAUME CAULIER;...;ANNIE MERCIER(2020.10, Biol. Bull.)[From Coelomocytes to Colored Aggregates: Cellular Components and Processes Involved in the ImmuneResponse of the Holothuroid Cucumaria frondosa] 理由 ラボセミナーで紹介されてたやつ …

一次触覚ニューロンにおけるエッジ方向処理

J Andrew Pruszynski & Roland S Johansson(2014.8, Nature Neuroscience)[Edge-orientation processing in first-order tactile neurons] 理由 Twitterで流れてきたやつ 概要 触覚系における一次触覚ニューロンの基本的な特徴は、それらの末梢軸索が皮膚で…

化学的に誘導される皮膚の発癌:実験モデルの最新

Monica Neagu;...;Aristidis M. Tsatsaki(2016.3, ONCOLOGY REPORTS )[Chemically induced skin carcinogenesis: Updates in experimental models] 理由 自分の研究関連 概要 皮膚癌は世界的にヒトに影響する最も一般的な悪性腫瘍であり、その発生は急速に増…

生物構造のボトムアップ式の進歩した工学

Vítor M. Gaspar;...; João F. Mano(2019.12, Advanced materials)[Advanced Bottom‐Up Engineering of Living Architectures] 理由 ラボセミナーで紹介されてた 概要 ボトムアップの組織工学は、元のヒトの組織の複雑な階層と生物機能を要約することを目的…

進化的な方法による等温のDNA複製の要素の最小化

Hiroki Okauchi;...;Norikazu Ichihashi(2020.9, ACS Synth. Biol.)[Minimization of Elements for Isothermal DNA Replication by an Evolutionary Approach] 理由 ラボセミナーで紹介されてたので 概要 DNA複製は、細胞の中心的な役割のひとつである。現在…

有櫛動物における発光基質セレンテラジンの新しい生合成の証拠

Manabu Bessho-Uehara;...;Steven H.D. Haddock(2020.12, iScience)[Evidence for de novo Biosynthesis of the Luminous Substrate Coelenterazine in Ctenophores] 理由 Twitterで見かけた気がする 概要 セレンテラジンは、海の生物発光に関係する重要な基…

再構成可能な生物の設計の実現可能な道筋

Sam Kriegman;...;Josh Bongard(2020.1, PNAS)[A scalable pipeline for designing reconfigurable organisms] 理由 ラボセミナーで出てきておもしろそうだったので 概要 生物はかなり頑健、多様かつ複雑、そして作られたどの技術よりも人命に協力的である。…

ヒドラ回転楕円体における対称性の破れと新しい軸形成:重要な要素としての微小管細胞骨格

Heike Sander;...;Albrecht Ott(2020.8, bioRxiv)[Symmetry breaking and de-novo axis formation in hydra spheroids: the microtubule cytoskeleton as a pivotal element] 理由 ラボSlackに投げられてたやつ 概要 細胞と組織における極性の確立は、多細胞…

自発的かつCa2+誘導的な神経伝達物質の放出におけるシナプトタグミンの遺伝的解析

Zhiping P Pang;..;Thomas C Südhof(2006.4, EMBO J)[Genetic analysis of synaptotagmin 2 in spontaneous and Ca2+‐triggered neurotransmitter release] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 シナプトタグミン2は、前脳シナプスにおける速い神経伝達…

小胞体からゴルジ体へのタンパク質輸送に必要な分子機構

Linda Hicke; Randy Schekman(1990.6, BioEssays)[Molecular machinery required for protein transport from the endoplasmic reticulum to the golgi complex] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 小胞体とゴルジ体間のタンパク質の輸送を担当する細…

小胞の出芽と融合のタンパク質機構

James E. Rothman(1996.2, PROTEIN SCIENCE)[The protein machinery of vesicle budding and fusion] 理由 ノーベル賞医学生理学賞2013年 概要 輸送小胞を出芽し融合する一般的なタンパク質機構は、細胞成長やエンドサイトーシス、ホルモン放出、神経伝達の…

ラットの海馬錐体細胞の配置と水中迷路中の空間学習

Stig A. Hollup; May‐Britt Moser Edvard I. Moser(2001.12, European Journal of Neuroscience)[Place fields of rat hippocampal pyramidal cells and spatial learning in the watermaze] 理由 ノーベル賞 2014年医学生理学賞 概要 空間学習中の海馬ニュ…

海馬場所細胞における二重相と発火頻度符号化:嗅内メッシュ細胞との関係と理論的重要性

John O'Keefe; Neil Burgess(2005.9, Hippocamous)[Dual phase and rate coding in hippocampal place cells: Theoretical significance and relationship to entorhinal grid cells] 理由 2014年ノーベル賞医学生理学賞 概要 海馬錐体細胞がEEGのθリズムに…

インドリンSpiroaminalの枠組みを含むインドールアルカロイドの非対称的全体合成

Takeshi Yamada;...;Satoshi Ōmura(2015.7, Chemistry Europe)[Asymmetric Total Synthesis of Indole Alkaloids Containing an Indoline Spiroaminal Framework] 理由 ノーベル賞シリーズ 2015年医学生理学賞(の片方) 概要 特異的なSpiroaminal の枠組みを…

LC3-Iの結晶化と初期X線解析

Kenji Sugawara;...;Yoshinori Ohsumic and Fuyuhiko Inagaki(2003.5, Acta Crystallographica Section D BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY)[Crystallization and preliminary X-ray analysis of LC3-I] 理由 ノーベル賞特集 2016年医学生理学賞 大隅先生 概要 Au…

決定された因子によるマウス胚と成体繊維芽細胞培養からの多能性幹細胞の誘導

Kazutoshi Takahashi; Shinya Yamanaka(2006.8, Cell)[Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors] 理由 ノーベル賞特集やってみましょう 概要 分化した細胞は卵細胞への核の移植や胚性幹…

血清バイオマーカーに基づく上皮性卵巣ガンにおける術前診断予測と予後予測のための人工知能の応用

Eiryo Kawakami;...;Aikou Okamoto(2019.5, CLINICAL CANCER RESEARCH)[Application of Artificial Intelligence for Preoperative Diagnostic and Prognostic Prediction in Epithelial Ovarian Cancer Based on Blood Biomarkers] 理由 数理生物で聞いて面…

多能性幹細胞を持つヒトの分割した時計の要約

Mitsuhiro Matsuda;...; Cantas Alev(2020.4, nature)[Recapitulating the human segmentation clock with pluripotent stem cells] 理由 ラボSlackに流れてきたやつ 概要 多能性幹細胞は胚発生や器官形成の異なる側面をモデル化するためにますます使われて…

確率性と細胞運命

Richard Losick and Claude Desplan(2008.4, Science.)[Stochasticity and Cell Fate] 理由 「理論生物学」第2章2-2 「不確定環境下における細胞の運命決定理論」の参考文献 概要 生きている細胞の基本は、特別な属性のあるサブタイプに分化する収容能力であ…

バクテリアの化学走性における受容体の感受性

Victor Sourjik and Howard C. Berg(2002.1, PNAS)[Receptor sensitivity in bacterial chemotaxis] 理由 「理論生物学」第1章1-3 「バクテリア走化性のシステム論実験と理論の展開」の参考文献 概要 大腸菌における化学受容体は、不安定なリン酸化中間体Che…

Min系の計算モデルへの実験者のガイド

Karsten Kruse;...;William Margolin(2007.1, molecular microbiology)[An experimentalist's guide to computational modelling of the Min system] 理由 「理論生物学」第1章1-2 「理論生物学の眺め方」の参考文献 概要 Minタンパク質の時空間振動は、大腸…

作用力が機械的不安定性を通じて中期の紡錘体を形作る

David Oriola;...;Jan Brugués(2020.5, PNAS)[Active forces shape the metaphase spindle through a mechanical instability] 理由 ラボSlackに流れてきたはず 概要 中期の紡錘体は細胞分裂の間の染色体分離を組織化する動的な構造である。最近、ソフトマタ…

速さと倹約:多様な歩行戦略が獣脚類恐竜における脚の伸長を駆動する

T. Alexander Dececchi;...Hans C. E. Larsson(2020.5, PLOS ONE)[The fast and the frugal: Divergent locomotory strategies drive limb lengthening in theropod dinosaurs] 理由 これもラボSlackに落ちてたやつかな 概要 脚の長さと歩行性そしてスピード…

針デザインの全般的な可塑的メカニズム

Kaare H. Jensen,;...;Keunhwan Park(2020.6, Nature Physics )[Universal elastic mechanism for stinger design] 理由 ラボSlackで紹介されてた 概要 生物は針を使う。この針は幅広い生物分類群に亘る10ナノメートルから数センチメートルまでの8のオーダー…

動物の最も近い生物種における繊毛とアメーバの切り替え

Thibaut Brunet1;..;Nicole King(bioarXiv, 2020.6)[A flagellate-to-amoeboid switch in the closest living relatives of animals] 理由 ラボSlackで流れてきた 概要 異なる細胞種の進化は初期動物進化の重要な過程である。上皮細胞とアメーバ細胞の2つの…

イソギンチャクは表面の接着に分泌型接着と複雑な足盤の形態を用いる

Jessica L. Clarke;...;Nick Aldred(2020.6, BMC Zoology)[Sea anemones (Exaiptasia pallida) use a secreted adhesive and complex pedal disc morphology for surface attachment] 理由 なんか流れてきた 概要 背景 イソギンチャクが水面下で表面に接着し…

ヤモリの接着メカニズムにおける毛の角度と柔軟性

Congcong Hu and P. Alex Greaney(2014.8, JOURNAL OF APPLIED PHYSICS)[Role of seta angle and flexibility in the gecko adhesion mechanism] 理由 twitterかなんかで見たやつ 概要 トカゲの観察接着の可逆的な性質を記述するためにモデルを作成する。こ…

採餌における費用と便益の決定の神経関係において見られる単純な美的感覚と中毒の出現

Ekaterina D. Gribkova;...;Rhanor Gillette(2020.6, Scientifis reports)[Simple Aesthetic Sense and Addiction Emerge in Neural Relations of Cost-Benefit Decision in Foraging] 理由 twitterかなんかで見つけたやつかな 概要 初歩的な美的感覚は、初…

軸形成と成長を経る節足動物細胞場における縞形成過程の多様性の定量研究

NatsukiHemmi;...;HirokiOda(2018.5, Developmental Biology)[A quantitative study of the diversity of stripe-forming processes in an arthropod cell-based field undergoing axis formation and growth] 理由 セミナーで紹介されてたので 概要 節足動…

生殖系のP顆粒は制御された溶解と濃縮によって局在化する液滴である

Clifford P. Brangwynne;..;Anthony A. Hyman(2009.1, Science)[Germline P Granules Are Liquid Droplets That Localize by Controlled Dissolution/Condensation] 理由 ストックしててたやつ。最早いつ見つけたか忘れた 概要 性生殖の生物において、胚は生…