Mathematical model in Biology
Angela Marie Reynold(2008. Ph.D論文)[MATHEMATICAL MODELS OF ACUTEINFLAMMATION AND A FULL LUNG MODEL OF GAS EXCHANGE UNDER INFLAMMATORY STRESS] 理由 自分の研究関連 概要 この論文では、急性炎症の数理モデルの作成と解析に注目する。これらのモデ…
James E.FerrellJr.(2008.3, Current Biology)[Feedback regulation of opposing enzymes generates robust, all-or-none bistable responses] 理由 Slackで流れてきたんだっけ 概要 正のフィードバックループと二重の負のフィードバックループが双安定性を…
Lior Strinkovsky;...; Yonatan Savir(2021.1, eLife)[Spatial correlations constrain cellular lifespan and pattern formation in corneal epithelium homeostasis] 理由 Slackで流れてきたんだっけな 概要 成体組織における恒常性は、幹細胞やそれらの前…
Pedro Gómez-Gálvez;...;Luis M. Escudero(2021.1, Development)[The complex three-dimensional organization of epithelial tissues] 理由 ラボSlackで見つけたんだっけなぁ 概要 組織の細胞組織化を理解することは、発生生物学において重要である。この複…
Sourav Kumar Sasmal;...;Yasuhiro Takeuchi(2019.5, Mathematical Biosciences and Engineering)[Dynamics and spatio-temporal patterns in a prey–predator system with aposematic prey] 理由 警告色が面白いなって思って探したやつ 概要 被食者の警告時…
Miguel A.Valderrama-Gómez;...;Michael A.Savageau(2018.10, Journal of Theoretical Biology)[Phenotype-centric modeling for elucidation of biological design principles] 理由 ラボSlackで紹介されてた 概要 最近開発された"表現型中心的な"モデリン…
Shigeru Kondo; Hideaki Shirota(2008.10, Seminars in Cell & Developmental Biology)[Theoretical analysis of mechanisms that generate the pigmentation pattern of animals] 理由 パターン形成は楽しいね 概要 動物の皮膚色素パターン形成のメカニズム…
Gürol M. Süel;...;Michael B. Elowitz(2007.3, Science)[Tunability and Noise Dependence in Differentiation Dynamics] 理由 ラボの実習で使う論文 概要 分化の動的過程は、根底にある遺伝的回路の構造と定量的パラメーターとノイズに依存する。しかしな…
Yuriy Pichugin; Arne Traulsen(2020.11, PLoS Comp.)[Evolution of multicellular life cycles under costly fragmentation] 理由 ラボSlackに上がってたやつ 概要 生活環の魅力的な富は、単細胞性から多細胞単位の協調的な断片化まで生物で観察される。し…
Satoru Okuda;...;Mototsugu Eiraku(2018.2, Scientific Reports )[Combining Turing and 3D vertex models reproduces autonomous multicellular morphogenesis with undulation, tubulation, and branching] 理由 セミナーでちょっと出てきた 概要 本研究…
Steinar Thorvaldsen; OlaHössjer(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Using statistical methods to model the fine-tuning of molecular machines and systems] 理由 JTBで最も引用されてるとかなんとか 概要 Fine-tuningは物理学で高い関心を受けて…
Yuta Shiino;...;Nobuhiro Yoshikawa(2009.4, Journal of Theoretical Biology)[Computational fluid dynamics simulations on a Devonian spiriferid Paraspirifer bownockeri (Brachiopoda): Generating mechanism of passive feeding flows] 理由 ラボセ…
Eric M Kramer(2003.5, Phys.Rev.E)[Defect coarsening in a biological system: The vascular cambium of cottonwood trees] 理由 木目っていいよね 概要 綿の木(Populus deltoides)の維管束形成相における位相欠陥のペアの消滅と欠損調節的な粗大化のミク…
ERIC M.KRAMER(2002.5, Journal of Theoretical Biology)[A Mathematical Model of Pattern Formation in the Vascular Cambium of Trees] 理由 木目について調べてたときに見つけたやつ 概要 木目に現れる美しいパターンは、木の維管束形成相における紡錘形…
Kenia L.Juayerk-Herrera;...;Godínez-Fernández(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Deterministic modeling of single-channel and whole-cell currents] 理由 JTBの新しいやつ 概要 実験研究を補完するものとして、数理モデルはイオンチャネルの機…
LauraLema-Perez;...;Hernan Alvarez(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[A phenomenological-based semi-physical model of the kidneys and its role in glucose metabolism] 理由 JTBの新しい論文を読もうね 概要 腎臓は3つの方法でグルコース代謝…
Seita Miyazawa(2020.12, Science Advances )[Pattern blending enriches the diversity of animal colorations] 理由 Twitterで流れてきたので 概要 動物は、鮮やかな多様な皮膚のパターンを示すが、この多様性の根底にあるメカニズムは、特に複雑かつ迷彩…
Cody E.Fitz; Geralda James P.Keener(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[The PafBC-mediated response sensitizes a bistable DNA damage response in Mycobacteria] 理由 JTBの新しい論文 概要 抗酸菌が住んでいる環境の遺伝毒性に厳しい環境のため…
Takuya Okabe;...;Jin Yoshimura(2021.1, Journal of Theoretical Biology)[Two-step mechanism of spiral phyllotaxis] 理由 JTBのアラートでおもしろそうだったので 概要 5,8,13といったフィボナッチ数は、植物における頂端の側方器官の螺旋配置に生じる。…
Shuhei S. Sugai;...;Hiroki R. Ueda(2017.4, Cell reports)[A Design Principle for an Autonomous Post-translational Pattern Formation] 理由 ラボセミナーで紹介されてたやつ 概要 他の多細胞生物と一緒に、植物は適切な組織成長と形態形成を達成するた…
Rotem Ben-Shachar,:..:H Frederik Nijhout(2012.12, Theoretical Biology and Medical Modelling )[The biochemistry of acetaminophen hepatotoxicity and rescue: a mathematical model] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medical Modellingの中で、最…
Edward A Rietman;...; Jack A Tuszynski(2011.6, Theoretical Biology and Medical Modelling)[Review and application of group theory to molecular systems biology] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medical Modellingの中で、最もアクセスされてる…
Janet Best;...,Michael Reed (2010.8, Theoretical Biology and Medical Modelling)[Serotonin synthesis, release and reuptake in terminals: a mathematical model] 理由 BMCのTheoretical Biology and Medical Modellingの中で、最もアクセスされてる論…
József Garay;...;Tamás F.Móri(2020.10, Journal of Theoretical Biology)[When optimal foragers meet in a game theoretical conflict: A model of kleptoparasitism] 理由 JTBを読もう 概要 労働寄生はゲーム理論問題と採餌戦略で同時に考えられているの…
Bas Jacobs;...;Eva E.Deinum(2020.10, Journal of Theoretical Biology)[Robust banded protoxylem pattern formation through microtubule-based directional ROP diffusion restriction] 理由 JTBの最近の記事 概要 植物の維管束組織発生において、異なる…
Lin Liu; Alexander Bockmayr(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Regulatory dynamic enzyme-cost flux balance analysis: A unifying framework for constraint-based modeling] 理由 JTBを読もう 概要 代謝モデリングと遺伝子制御を統合することは…
Steinar Thorvaldsen; OlaHössjer(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Using statistical methods to model the fine-tuning of molecular machines and systems] 理由 JTBの最近のを読もうね 概要 微調整(Fine-tuning)は物理学において注目されており…
S. S. Liaw;...; T. Hong(2001.9, PHYSICAL REVIEW E,)[Turing model for the patterns of lady beetles] 理由 ラボにテントウムシの図鑑が置いてあったので 概要 特定の種類のチューリングモデルをテントウムシの硬い羽根のパターン形成のシミュレーション…
M. A. R. Koehl:...:L. Mahadevan(Integrative and Comparative Biology, 2008.7)[How kelp produce blade shapes suited to different flow regimes: A new wrinkle] 理由 これも雑談の中で出てきたんじゃなかったか 概要 大型藻類の多くは、急な流れの水に…
Przemyslaw Prusinkiewicz;..;Pierre Barbier de Reuille(2010.4, Journal of Experimental Botany)[Constraints of space in plant development] 理由 ラボで駄弁ってたら出てきたやつ 概要 自然にある全ての形と同じように、植物は空間の特性の影響を受け…
