Mathematical model in Biology
Jordi Garcia-Ojalvo(2011.3, ArXiv)[Physical approaches to the dynamics of geneticcircuits: A tutorial] 理由 どこで見つけたのかもうわからない 概要 細胞のふるまいは、遺伝子制御過程によって支配されている。この遺伝子制御過程は本質的に動的であ…
Christophe Godin;..;Stéphane Douady(2020.10, Development)[Phyllotaxis as geometric canalization during plant development] 理由 Twitterで流れてきた 概要 内部や外部の変化の源が様々にあるにも関わらず、比較的頑健に生物の形が発生するのはなぜか…
Atsushi Mochizuki;...;Daisuke Saito(2013.10, Journal of Theoretical Biology)[Dynamics and control at feedback vertex sets. II: A faithful monitor to determine the diversity of molecular activities in regulatory networks] 理由 こないだ読ん…
Atsushi Mochizuki(2008.1, Journal of Theoretical Biology)[Structure of regulatory networks and diversity of gene expression patterns] 理由 こないだ読んだ論文の理論パートの参考文献になってたやつ 概要 遺伝子制御ネットワークの複雑性は、細胞の…
Daniel Boocock;...; Tsuyoshi Hirashima; and Edouard Hannezo(2020.9, nature physics)[Theory of mechanochemical patterning and optimal migration in cell monolayers] 理由 Twitterで流れてきて、面白そうだったので 概要 選択的な細胞移動は、非平衡…
Dirk Helbing;...;Tamás Vicsek (2000.9, nature)[Simulating dynamical features of escape panic] 理由 これも数理生物で見つけたやつかなぁ 概要 選択的な人の行動の最も悲惨な形態の一つは、混乱によって誘導される群衆の押し寄せであり、しばしば人が衝…
Daisuke Taniguchi;...;Satoshi Sawai（2013.3, PNAS)[Phase geometries of two-dimensional excitable waves govern self-organized morphodynamics of amoeboid cells] 理由 これも数理生物で見つけたんだっけか 概要 ランダムに動く粘菌も哺乳類の細胞も…
Kenji Kobayashi;...;Yutaka Satou(2018.6, iScience.)[Controlling Cell Fate Specification System by Key Genes Determined from Network Structure] 理由 数理生物で見つけたやつだった気がする 概要 多くの生物系において、生物分子間の制御を説明する…
Koji Noshita(2014.12, Journal of Theoretical Biology)[Quantification and geometric analysis of coiling patterns in gastropod shells based on 3D and 2D image data] 理由 数理生物学会で見て面白かったので 概要 腹足類の貝殻の形態は、生態や進化…
Koji Noshita;...;TakenoriSasaki(2016.1, Journal of Theoretical Biology)[Geometric analysis and estimation of the growth rate gradient on gastropod shells] 理由 数理生物で話を聞いて面白かったので 概要 腹足類の貝殻の形態によって貝殻の開口部…
Bert Wang-Chak Chan(2019.3, arXiv)[Lenia — Biology of Artificial Life] 理由 数理生物学会の発表で面白かったので 概要 (”滑らかな"を意味するラテン語のlenisから)leniaと呼ばれる人工生命の新しい系を報告する。これは連続的な時空間状態と一般的な局…
Daniel Koch(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[Homo-Oligomerisation in Signal Transduction: Dynamics, Homeostasis, Ultrasensitivity, Bistability] 理由 JTB読もうキャンペーン 概要 タンパク質のホモ二量体形成は遍在する現象であり、その正確…
Ricardo Martinez-Garcia;...; Justin M.Calabrese(2020.8, Journal of Theoretical Biology)[How range residency and long-range perception change encounter rates] 理由 JTBを読もうね 概要 遭遇率は、種内と種間特異的な相互作用の移動戦略を結び付け…
A.W.Omta;...;M.J.Follows(2020.6, Journal of Theoretical Biology)[Quantifying nutrient throughput and DOM production by algae in continuous culture] 理由 JTBを読もう 概要 淡水と海水の藻類は、吸収と蓄積と滲出を制御することで栄養の要求と入手…
Lee Worden(2020.5, Journal of Theoretical Biology)[Conservation of community functional structure across changes in composition in consumer-resource models] 理由 JTBを読もう 概要 メタゲノムやメタトランスクリプトーム技術のような大量処理の配…
Anna Konstorum;...;Suzy V.Torti(2020.5, Journal of Theoretical Biology)[Systems biology of ferroptosis: A modeling approach] 理由 JTBを読もうキャンペーン 概要 フェロトーシスは、最近発見された鉄依存的制御の細胞死(RCD)の形態であり、多価不飽…
Peter A. Spiro,;...;Hans G. Othmer(1997.7, PNAS)[A model of excitation and adaptation in bacterial chemotaxis] 理由 マレー数理生物学入門 第11章「反応拡散、走化性、非局所メカニズム」の参考文献 概要 手に入れやすく、シグナル伝達や興奮、適応、…
Akira Okubo(1986. Advances in Biophysics)[Dynamical aspects of animal grouping: Swarms, schools, flocks, and herds] 理由 マレー数理生物学入門 第11章「反応拡散、走化性、非局所メカニズム」の参考文献 概要 動物の群れの形成は、群れの形成時に大…
Alexey Kazarnikovac and Heikki Haario(2020.9, Journal of Theoretical Biology)[Statistical approach for parameter identification by Turing patterns] 理由 専門分野の雑誌で気になったやつ 概要 形態形成や多細胞構造の発生などの、生物のパターン形…
Richard Bailleul;..;Jonathan Touboul(2020.7, Cell)[A “Numerical Evo-Devo” Synthesis for the Identification of Pattern-Forming Factors] 理由 ラボSlackに流れてきたよ 概要 動物たちは彼らの衣服を飾るモチーフにおける広い多様性を示すが、これらの…
Hisao Honda;...;TatsuzoNagai(Journal of Theoretical Biology}[A three-dimensional vertex dynamics cell model of space-filling polyhedra simulating cell behavior in a cell aggregate] 理由 「理論生物学」第4章4-3「器官形成ダイナミクスの数理」…
STUART A. NEWMAN and WAYNE D. COMPER(1990, Development)['Generic' physical mechanisms of morphogenesis and pattern formation] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 形態形成とパターン形成における’…
Jennifer A Zallen; Eric Wieschaus (2004.3, Developmental cell)[Patterned Gene Expression Directs Bipolar Planar Polarity in Drosophila] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ショウジョウバエにおけ…
Hisao Honda;...;Masaharu Tanemura(2008.6, Developmental Dynamics)[Two different mechanisms of planar cell intercalation leading to tissue elongation] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 ウニの腸…
MICHAEL WELIKY and GEORGE OSTER(1990 Development)[The mechanical basis of cell rearrangement I. Epithelial morphogenesis during Fundulus epiboly] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 多くの形態形…
Athanasius F. M. Mare´e and Paulien Hogeweg(2001.1, PNAS)[How amoeboids self-organize into a fruiting body: Multicellular coordination in Dictyostelium discoideum] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献…
Till Bretschneider; ...;Cornelis J.Weijer(1997.7, Journal of Theoretical Biology)[A Model for Dictyostelium Slug Movement] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 粘菌の移動は、10の5乗の細胞で構成さ…
Eirikur Palsson and Hans G. Othmer(200.7, PNAS)[A model for individual and collective cell movement in Dictyostelium discoideum] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 細胞間シグナリングやシグナル…
François Graner; Yasuji Sawada(1993.10, Journal of Theoretical Biology)[Can Surface Adhesion Drive Cell Rearrangement? Part II: A Geometrical Model] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要 細胞再配…
Dirk Drasdo Gabor Forgacs(2000.9, DEVELOPMENTALDYNAMICS)[Modeling the Interplay of Generic and Genetic Mechanisms in Cleavage, Blastulation, and Gastrulation] 理由 「理論生物学」第4章4-2「多細胞体形態形成のための細胞モデル」の参考文献 概要…
