Pattern formation
Toshinori Namba,Shuji Ishihara(2020.2, PLOS COMPUTATIOBAL BIOLOGY)[Cytoskeleton polarity is essential in determining orientational order in basal bodies of multi-ciliated cells] 理由 ラボで紹介されてた 概要 多数の繊毛細胞においては、基底小…
Jordan Hoffmann;...;Chris H. Rycroft(2018.6, PNAS)[A simple developmental model recapitulates complex insect wing venation patterns] 理由 ラボのSlackで紹介されてた 概要 昆虫の翅は、通常翅脈と呼ばれる薄い支柱に支えられている。これらの翅脈は…
A.R.A. Anderson;...;V. Quaranta(2007, Math. Model. Nat. Phenom)[Modelling of Cancer Growth, Evolution and Invasion: Bridging Scales and Models] 理由 Volpertにのってたやつ 概要 癌は異なる長さや時間スケールで生じる事象が混ざり合った複雑な現…
Sergei V. Petrovskii;...;Ezio Venturino(2005, Biological Invasions)[Patterns of patchy spread in deterministic and stochastic models of biological invasion and biological control] 理由 Volpertに出てきたやつだったかな 概要 集団動態の時空間…
D. J. Headon; K.J. Painter(2009. Math. Model. Nat. Phenom. )[Stippling the Skin: Generation of Anatomical Periodicity by Reaction-Diffusion Mechanisms] 理由 反応拡散の勉強 概要 脊椎動物の発生の間、細胞は胚の中の位置に強く依存して異なる運命…
Hans G. Othmer,;...;Chuan Xue(2009.1, Math Model Nat Phenom)[The Intersection of Theory and Application in Elucidating Pattern Formation in Developmental Biology] 理由 反応拡散の勉強 概要 3つの異なる発生系に対する理論と実験の方法について議…
EIRIKUR PALSSON; EDWARD C. Cox(1996.2, Proc. Nati. Acad. Sci. USA)[Origin and evolution of circular waves and spirals in Dictyostelium discoideum territories] 理由 螺旋波の勉強 概要 ランダムに分布している粘菌細胞は、お互いのcAMPでシグナル…
Matthias Vigelius ,Bernd Meyer(2012.8, PLOS ONE)[Stochastic Simulations of Pattern Formation in Excitable Media] 理由 反応拡散のお勉強 概要 興奮系の反応拡散系におけるパターン形成の中視的な動的モンテカルロシミュレーションの方法を示す。2つの…
Cangiani A;...;Sutton OJ(2018.5, Proceedings. Mathematical, Physical, and Engineering Sciences, )[Revealing new dynamical patterns in a reaction-diffusion model with cyclic competition via a novel computational framework.] 理由 反応拡散系…
Louis D. Weise; Alexander V. Panfilov(2011.11, PLOS ONE)[New Mechanism of Spiral Wave Initiation in a Reaction-Diffusion-Mechanics System] 理由 反応拡散系の螺旋波の勉強 概要 心筋における螺旋波の開始は、危険な心不全の開始メカニズムである。…
Hans Dierckx;...;Alexander V Panfilov(2015.4, new journal of physics)[A theory for spiral wave drift in reaction-diffusion-mechanics systems] 理由 反応拡散波の勉強 概要 反応拡散メカニズム(RDM)系は、変形が波や渦のダイナミクスに実質的に影響…
Kaier Wang;....;Yoichi Shiraishi(2014.4, BMC Systems Biology)[Simulations of pattern dynamics for reaction-diffusion systems via SIMULINK] 理由 反応拡散系の勉強 概要 背景 反応拡散系の非線形パターン動態の研究は、ほとんどいつも定義する微分方…
Chang C;...;Chuong CM(2009.1, The International Journal of Developmental Biology,)[Reptile scale paradigm: Evo-Devo, pattern formation and regeneration.] 理由 どこで見つけたかのか、もう忘れてしまったけどストックしてたやつ 概要 この展望の目…
Vladimir K. Vanag and Irving R. Epstein(2003.12, PNAS)[Segmented spiral waves in a reaction-diffusion system] 理由 反応拡散系の勉強 概要 反応拡散系におけるパターン形成はしばしば生物の形態形成のメカニズムを想起させる。化学系のパターンは拡大…
Mingzhu Sun;...;Xin Zhao(2017.2, PLOS ONE)[Automated numerical simulation of biological pattern formation based on visual feedback simulation framework] 理由 反応拡散系の勉強 概要 生物のパターン形成における生命現象は実に多様かつ魅力的であ…
Meinhardt H, Gierer A.(2000.8, Bioessays.)[Pattern formation by local self-activation and lateral inhibition.] 理由 実験医学数理モデル特集の第4章8. 「ゼブラフィッシュのチューリングパターン形成メカニズムの解析」の参考文献 概要 1972年に、我…
Seita Miyazawa;...; Shigeru Kondo(2010.9, Nature Communications)[Blending of animal colour patterns by hybridization] 理由 実験医学数理モデル特集の第1章3. 「反応拡散型数理モデル」の参考文献 概要 生物学者は長い間動物の色のパターンの驚くべき…
Jie Yin;...;Xi Chen(2008.12, PNAS)[Stress-driven buckling patterns in spheroidal core/shell structures] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 多くの自然界の果実や野菜はおおよそ回転楕円体の形を採用しており、異なる波打ち形トポロジーの特徴を持つ…
Noboru Suzuki;...;Shigeru Kondo(2003.6, PNAS)[Traveling stripes on the skin of a mutant mouse] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 動物発生の中で、一見形の無い卵から自律的に複雑な構造が形成される。細胞がそれぞれの細胞より大きい空間パターン…
K. J. Painter;...;H. G. Othmer(1996.11, PNAS)[Stripe formation in juvenile Pomacanthus explained by a generalized Turing mechanism with chemotaxis] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 パターン形成における最近の興味は、チューリングによる萌芽…
John E. Pearson(1993.7, Science)[Complex Patterns in a Simple System] 理由 教科書に載ってた参考文献 概要 単純な反応拡散モデルの数値計算によって、驚くほど多様な不規則な時空間パターンが明らかになった。これらのパターンは有限振幅の摂動に応答し…
Kyoung J. Lee;...;Harry L. Swinney(1993.7, Science)[Pattern Formation by Interacting Chemical Fronts] 理由 ここしばらくの教科書に載ってた参考文献 概要 連続的な供給のある薄いゲル層における双安定な化学反応での実験によって、時空間パターンの新…
Daniel Feldman;...;Irving R Epstein(2012.3, Physical Chemistry Chemical Physics)[Turing patterns in the chlorine dioxide-iodine-malonic acid reaction with square spatial periodic forcing] 理由 こないだ読んだ論文にあった参考文献 概要 感光性…
Yumino Hayase and Takao Ohta(1998.8, PHYSICAL REVIEW LETTERS)[Sierpinski Gasket in a Reaction-Diffusion System] 理由 前まで読んでた教科書の参考文献になってた 概要 計算機シミュレーションによって、1次元におけるBonhoeffer van der Pol タイプの…
Kyoung-Jin Lee;...; Harry L. Swinney(1994.5, Nature)[Experimental observation of self-replicating spots in a reaction–diffusion system] 理由 昨日まで読んでた教科書に載ってた参考文献 概要 1952年の素晴らしい論文において、Turingは化学反応拡散…
Pierre Rechoa;...;Edouard Hannezoe(2019, PNAS)[Theory of mechanochemical patterning in biphasic biological tissues] 理由 これもたしかラボSlackで流れてきたやつ 概要 自己組織的なパターンの形成は多細胞生物の形態形成の鍵であるが、生物学的なパ…
Morgane Belle;..;Alain Chédotal(2017.3, Cell)[Tridimensional Visualization and Analysis of Early Human Development] 理由 ラボSlack 概要 ヒトの胚の正確な細胞または分子的な地図を作成することは、健康な状態もしくは病的な状態における器官形成の…
Jean Rabault;..;Andreas Carlson(2019.1, PHYSICAL REVIEW LETTERS)[Curving to Fly: Synthetic Adaptation Unveils Optimal Flight Performance of Whirling Fruits] 理由 ラボのSlackに落ちてた 概要 種子や果実、その他飛散物(分散物)の付属物は風による…
Takuma Hoshino;...;Shigeyuki Komura(2019.3, PHYSICAL REVIEW E)[Pattern formation of skin cancers: Effects of cancer proliferation and hydrodynamic interactions] 理由 ラボで紹介されてたやつ 概要 癌と健康な細胞を含む2進システムの数値計算の方…
Asja Radja;...;Alison M. Sweeney(2019.2, Cell)[Pollen Cell Wall Patterns Form from Modulated Phases] 理由 だいぶ前に野外実習やってるときに花粉の形って面白いねって話をしてたので 概要 花粉粒の華やかな幾何的な細胞壁は数十年間科学者を触発して…
